حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين: الفرق بين النسختين

عدل الوصلات
هذه المقالة غير مكتملة. فضلًا ساعد في توسيعها.
من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
تصفح التاريخ تفاعلياً
[نسخة منشورة][نسخة منشورة]
→ التعديل السابقالتعديل اللاحق ←
تم حذف المحتوى تمت إضافة المحتوى
مرئينص الويكي
JarBot (نقاش | مساهمات)
17٬592٬533 edits
ط بوت:إزالة/إصلاح عنوان مرجع غير موجود
إضافة عنوان: تضاعف الدنا
سطر 150: سطر 150:
بعض تسلسلات الدنا غير المشفرة تلعب أدوارا بنيوية في الصبغيات، تحتوي [[قسيم طرفي|القسيمات الطرفية]] و[[قطعة مركزية|القطع المركزية]] على بعض الجينات لكنها مهمة لوظيفة واستقرار الصبغيات <ref name=Nugent/><ref>{{cite journal | vauthors = Pidoux AL, Allshire RC | title = The role of heterochromatin in centromere function | journal = Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences | volume = 360 | issue = 1455 | pages = 569–79 | date = March 2005 | pmid = 15905142 | pmc = 1569473 | doi = 10.1098/rstb.2004.1611 }}</ref>. [[جين كاذب|الجينات الكاذبة]] نوع وافر في الجينوم البشري من الدنا غير المشفر وهي نسخ من جينات تم تعطيلها بواسطة الطفرات <ref>{{cite journal | vauthors = Harrison PM, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe NM, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M | title = Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22 | journal = Genome Research | volume = 12 | issue = 2 | pages = 272–80 | date = February 2002 | pmid = 11827946 | pmc = 155275 | doi = 10.1101/gr.207102 }}</ref>، هذه الجينات الكاذبة عبارة عن [[مستحاثات]] جزيئية رغم أنها تلعب أحيانا دور المادة الجينية الخام لإنشاء جينات جديدة عبر عملية [[تكرار (وراثة)|التضاعف]] الجيني وعملية [[تطور تباعدي|التطور التباعدي]]. <ref>{{cite journal | vauthors = Harrison PM, Gerstein M | title = Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution | journal = Journal of Molecular Biology | volume = 318 | issue = 5 | pages = 1155–74 | date = May 2002 | pmid = 12083509 | doi = 10.1016/S0022-2836(02)00109-2 }}</ref>
بعض تسلسلات الدنا غير المشفرة تلعب أدوارا بنيوية في الصبغيات، تحتوي [[قسيم طرفي|القسيمات الطرفية]] و[[قطعة مركزية|القطع المركزية]] على بعض الجينات لكنها مهمة لوظيفة واستقرار الصبغيات <ref name=Nugent/><ref>{{cite journal | vauthors = Pidoux AL, Allshire RC | title = The role of heterochromatin in centromere function | journal = Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences | volume = 360 | issue = 1455 | pages = 569–79 | date = March 2005 | pmid = 15905142 | pmc = 1569473 | doi = 10.1098/rstb.2004.1611 }}</ref>. [[جين كاذب|الجينات الكاذبة]] نوع وافر في الجينوم البشري من الدنا غير المشفر وهي نسخ من جينات تم تعطيلها بواسطة الطفرات <ref>{{cite journal | vauthors = Harrison PM, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe NM, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M | title = Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22 | journal = Genome Research | volume = 12 | issue = 2 | pages = 272–80 | date = February 2002 | pmid = 11827946 | pmc = 155275 | doi = 10.1101/gr.207102 }}</ref>، هذه الجينات الكاذبة عبارة عن [[مستحاثات]] جزيئية رغم أنها تلعب أحيانا دور المادة الجينية الخام لإنشاء جينات جديدة عبر عملية [[تكرار (وراثة)|التضاعف]] الجيني وعملية [[تطور تباعدي|التطور التباعدي]]. <ref>{{cite journal | vauthors = Harrison PM, Gerstein M | title = Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution | journal = Journal of Molecular Biology | volume = 318 | issue = 5 | pages = 1155–74 | date = May 2002 | pmid = 12083509 | doi = 10.1016/S0022-2836(02)00109-2 }}</ref>


=== تضاعف الدنا===
==التليف الكيسي==
{{مفصلة| جين | التليف الكيسي}}
{{مفصلة|تضاعف الدنا}}
[[انقسام خلوي|انقسام الخلايا]] عملية أساسية لنمو الكائن، وحين تتم هذه العملية فعلى الخلية مضاعفة الدنا في جينومها لكي تحصل الخليتين البنت على نفس المعلومات المتواجدة في الخلية الأم، توفر هيئة الدنا اللولبية المزدوجة طريقة بسيطة لتضاعف الدنا. أثناء عملية التضاعف تقوم إنزيمات ال[[توبوإيزوميراز]] بفك التواء السلسلة المضاعفة ثم تقوم إنزيمات ال[[هيليكاز]] بحل الروابط الهيدروجينية بين النوكليوتيدات وفصل السلسلتين عن بعضهما وبعدها يتم إنتاج سلسلتين متكاملتين بواسطة إنزيم [[بوليميراز الدنا]]، تقوم هذه الإنزيمات بإنتاج سلسلة مكملة بإيجاد القاعدة الصحيحة عبر [[نيوكليوتيد مكمل|ترابط القواعد المكمل]] ثم ربطها بالسلسلة الأصلية، ولأن إنزيمات بوليمراز الدنا لا تُنتج السلاسل سوى في الاتجاه [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)#5' إلى 3'|5' إلى 3']] يتم استخدام طريقة أخرى لنسخ سلاسل التوازي العكسي في لولب الدنا المضاعف <ref>{{cite journal | vauthors = Albà M | title = Replicative DNA polymerases | journal = Genome Biology | volume = 2 | issue = 1 | pages = REVIEWS3002 | year = 2001 | pmid = 11178285 | pmc = 150442 | doi = 10.1186/gb-2001-2-1-reviews3002 | nopp = true }}</ref>. بهذه الطريقة القاعدة في السلسلة القديمة تحدد القاعدة التي ستظهر في السلسلة الجديدة ويغدو لدى الخلية نسخة جديدة من دناها.
[[ملف:DNA replication ar.png|600px|تصغير|مركز|[[تضاعف الدنا]]. يتم فك لولب الدنا المضاعف بواسطة إنزيمي [[توبوإيزوميراز]] وال[[هيليكاز]]، بعدها ينتج إنزيم بوليميراز الدنا δ نسخة من السلسلة القائدة، أما السلسلة المتأخرة فيقوم إنزيم بوليميراز الدنا α بإنتاج قطع غير مستمرة (تسمى [[قطع أوكازاكي]]) ليقوم بعدها إنزيم [[ليغاز الدنا]] بتجميعها مع بعض لإنتاج سلسلة كاملة.]]
=== النسخ والترجمة ===
{{مفصلة|نسخ (وراثة)|ترجمة (وراثة)}}


== انظر أيضا ==
== انظر أيضا ==

نسخة 13:52، 2 مارس 2018

نموذج لمقطع من الدنا على شكل حلزون مزدوج في فضاء ثلاثي الأبعاد.
مقارنة بين تركيبي الدي أن إيه والآر أن إيه، ويبين الشكل أيضا مكونات كل منهما. الآر أن إيه يكون في شكل ضلع حلزوني أوحد.

الحمض الريبوزي النووي المنزوع الأكسجين أو حمض الديوكسي ريبونيوكليك[1] أو الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين أو الحمض النووي الصبغي أو كما يسمى في هذه المقالة دي إن إيه (DNA) بالإنجليزية، والدِنا هو مجموعات كبيرة متكررة من الأحماض النووية تتشكل في هيئة سلسلتين طويلتين حلزونتين من الجزيئات وتربط بين السلسلتين أحماضا نووية مثل درجات السلم. الدي أن إيه هو العماد الأساسي للكائنات الحية ووجود الحياة على الأرض. إذ أنه يمكن أن يكرر نفسه، أي يصنع مثيلا له. وهو الذي يحتوي على التعليمات الجينية التي تصف التطور البيولوجي للكائنات الحية ومعظم الفيروسات؛ كما أنه يحوي التعليمات الوراثية اللازمة لتكوين أعضاء الجنين سواء في الرحم أو البيضة أو النبات، أي لكل الكائنات الحية.

يعتبر وسيلة التخزين الطويل الأجل للمعلومات الوراثية وهي الوظيفة الأساسية لجزيئات الدي أن إيه بالإضافة إلى أنه يمكن من خلال هذه الجزيئات الحصول على المعلومات اللازمة لبناء البروتينات والحمض الريبي النووي (بالإنجليزية: RNA)‏. تسمى قطع الدي أن إيه (DNA) التي تحمل معلومات وراثية يمكن ترجمتها لبروتينات بالمورثات أو الجينات. تتواجد بعض قطع الدي أن إيه لأغراض تركيبية وتنظيمية.

كيميائياً؛ يتكون الدي أن إيه من سلسلتين من الجزيئات مرتبطتين ببعضهما البعض وتشكل اللولب المزدوج. وهذه السلسلتان تمثلان ضلعي "سلم"، وحداته البنائية تسمى النيوكليوتيدات. وتتكون السلسلتان من سكر خماسي الكربون ريبوزي منقوص الأكسجين ومجموعة فوسفات. وتربط القواعد النتروجينية - وهي تمثل درجات السلم - بين السلسلتين؛ وهذه القواعد النتروجينة هي: غوانين (G) وأدينين (A) وثيمين (T) وسيتوزين (C). وكل قاعدتين تشكل درجة من درجات "السلم" تربط الضلعين ببعضهما البعض. وكل اثنين من تلك النيوكليوتيدات (القواعد النتروجينية) ترتبط مع بعضها البعض برابطة تساهمية، ويتم الإرتباط بين جزيئات السكر والفوسفات بشكل متتابع لتكوين ما يعرف بهيكل سكر الفوسفات (الضلعين). وبناء على قواعد الإرتباط، فإن كل سلسلة دي أن إيه تحتوي على قواعد نيتروجينية ترتبط ببعضها (الأدنين مع الثيامين والجوانين مع السايتوسين) برابطة هيدروجينية مكونة بذلك الروابط العرضية للحلزون المزدوج (السلم).

لكل من غوانين (G) وأدينين (A) وثيمين (T) وسيتوزين (C) شكله الخاص. فشكل الأدينين (A) يرتبط ب ثيمين (T)؛ والسيتوزين (C) يمكن أن يرتبط مباشرة بالغوانين (G). وتسمى هذه "أزواج قواعد" Base pairs. ويمكن بناءا على ذلك تخيل أن جزيء الدي أن إيه عبارة عن سلم حلزوني تتكون فيه كل درجة من زوج قواعد واحد. وعلى هذا الأساس تكون هناك أربعة احتمالات للترابط وتكوين درجة للسلم T-A , A-T : C-G , G-C : فإذا حدث وأن أصاب أحد القواعد تلفا أو ضاع، فإن تعويضه يمكن أن يتم بسهولة عن طريق نصف الدرجة الباقي فلا يتم تعويض ثيمين T مثلا إلا بثيمين T. أي أن الحلزون المزدوج في استطاعته تكوين نسخة منه، حيث أن كلا الضلعين يمكن أن يكون قالبا لصناعة نسخة منه. فإذا قمت بقسم السلم إلى ضلعيه عبر الروابط بين أزواج القواعد بطول الدي أن إيه ، فإن كل من الضلعين يحوي المعلومات الكاملة لإعادة بناء نسخة من الأصل.

بالتالي يمكن تصور أن الدي أن إيه عبارة عن مخطوطة، أو برمجة سوفتوير، موجودة في نواة خلية. واللغة المكتوبة بها تتكون من أربعة حروف. والجملة المكونة من عدة كلمات منها تعرف بأنها جين. وكل جين يتكون من مئات أو آلاف الحروف. وجميع الوظائف التي تؤديها الخلية - حتى لو كانت خلية بشرية معقدة مثلنا - فهي تنظم عملها وفقا لترتيب الشفرة المكتوبة بالحروف الأربعة في هذا المخطوط.

يعطي تتابع القواعد النيتروجينية على طول هيكل سكر الفوسفات في جزيء الدي أن إيه شفرات codes يمكن من خلالها تحديد تتابع الأحماض الأمينية التي تكون البروتين. ويتم ذلك كما يلي: يتم نسخ جزيء آر أن إيه مقابلا لجزيء الدي أن إيه المحتوي على كود البروتين في عملية تسمي بعملية النسخ. ويتم ترجمة الرموز إلى أحماض أمينية مقابلة خلال عملية الترجمة لتعطي البروتين المقابل. وليس بالضرورة أن تترجم كامل الشفرة إلى بروتين إذ أن بعض جزيئات الآر أن إيه تقوم بوظائف تركيبية أخرى مثل الريبوسومات وجسيمات التضفير.

حجم الدي أن إيه داخل كل خلية ضخم فلذلك يرتبط ببروتين يسمى الهستون وهو مشحون بشحنة موجبة فيستطيع الإرتباط بالدي أن إيه ذو الشحنة السالبة فيكون تركيبات تسمى الكروموسومات، والكروموسومات في مجموعها تكون ما يعرف بالجينوم (المحتوى الجيني أو الصبغي للخلية). وقبل أنقسام الخلية تتضاعف الصبغيات فيما يعرف بتضاعف الدي أن إيه ويتم ذلك في كل من بدائيات النوى وفي حقيقيات النواة.

لمحة تاريخية

تعود أول ملاحظة للدي أن إيه في العلم الحديث للطبيب السويسري فريدريك ميسشر في سنة 1869 عندما استطاع استخلاص مادة مجهرية من القيح واسمها نووين (نيوكلين) بسبب وجودها داخل النواة. وفي سنة 1929 استطاع فيبي ليفني من اكتشاف مكونات الوحدة الأساسية للدي أن إيه وهي النوويدات وبين أن الدي أن إيه ما هو إلا تكرار لهذه الوحدة.

في سنة 1943 أجرى أوزوالد آفري تجربة بمزج بكتيريا نيموكوكس (الاسم العلمي: Pneumococcus) ميتة وتحمل خاصية السطح الناعم مع بكتيريا حية من نفس النوع ولكنها ذات سطح خشن. نتائج التجربة كانت انتقال خاصية السطح الخشن إلى البكتيريا ذات السطح الناعم. وسمي الدي أن إيه بالعامل الناقل.

و في سنة 1953 وبالاعتماد على الصور السينية المأخوذة بواسطة روزاليند فرانكلين والمعلومات المتوفرة عن القواعد وطريقة ارتباطها ببعضها، طرح كل من جيمس واتسون وفرانسيس كريك نموذجهما (اللولبي المزدوج)و نشروا تجاربهم في مجلة الطبيعة. وفي سنة 1957 وضح كريك العقيدة الأساسية لعلم الأحياء الجزيئي ووضح العلاقة ما بين الدي أن إيه والآر أن إيه(RNA) والبروتينات. وبين كريك لاحقا أن الكودونات تتكون من 3 قواعد مما ساعد علماء آخرين على فك الشيفرة الوراثية وتحديد الكودونات المشفرة للأحماض الأمينية. وفي سنة 1958 أوضح العالمان ميليسون وستال طريقة تناسخ الدي أن إيه ووصفاها بالشبه محافظة. حصل واتسون وكريك وموريس على جائزة نوبل في الطب لاكتشافاتهم في هذا الحقل في سنة 1962.

الخصائص

ملف:DNA chemical structure ar.png
الصيغة الكيميائية للدنا، الروابط الهيدروجينية تظهر على شكل خطوط منقطة.

الدنا عبارة عن بوليمر طويل مكون من وحدات متكررة تسمى نوكليوتيدات [2][3]، بُنية الدنا ديناميكية على طول امتدادها، كونها قادرة على الالتفاف إلى حلقات ضيقة وأشكال أخرى [4]. في كل الأصناف يتكون الدنا من سلسلتين لولبيتين مربوطتين إلى بعضهما البعض بواسطة روابط هيدروجينية، كلا السلسلتين ملتفتان حول نفس المحور ولهما نفس طول السن الولبي 34 أنغستروم (3.4 نانومتر) والقطر 10 أنغستروم (1 نانومتر). [5] تبعا لدراسة أخرى تم فيها القياس في محلول مختلف، كان عرض سلسلة الدنا من 22 إلى 26 أنغستروم (2.2-2.6 نانومتر) وطول نوكليوتيدة واحدة 3.3 أنغستروم (0.33 نانومتر) [6]، رغم أن وحدة النوكليوتيد المتكررة صغيرة جدا إلا أن بوليمرات الدنـا يمكن أن تكون كبيرة جدا وتحوي ملايين أو مئات الملايين من النوكليوتيدات، مثلا: الدنا في أكبر كروموسوم بشري الصبغي 1 يتكون مما يقارب 220 مليون زوج قاعدي [7] وسيبلغ طوله 85 ملم لو تمت إطالته.

لا يتواجد الدنا عـادة في الكائنات الحية على شكل جزيء واحد، وإنما زوج من الجزيئات مشدود لبعضه بشدة [5][8]، يلتف هذان الجزيئان (الشريطان) حول بعضهما البعض على شكل لولب مزدوج، تحوي النوكليوتيد على كل من الوحدة الأساسية للجزيء (التي تضمن تماسك السلسلة) وقاعدة نووية (التي تتفاعل مع الشريط الآخر في اللولب). القاعدة النووية المرتبطة بسكر تسمى نيوكليوسيد والقاعدة المرتبطة بسكر ومجموعة من الفوسفات أو أكثر تسمى نوكليوتيد. البوليمر المتكون من عدة نوكليوتيدات مترابطة يسمى عَدِيْدُ النوكليوتيد. [9]

الوحدة الأساسية لسلسة الدنـا تتكون من سكر وفوسفات [10]، السكر في الدنا هو ريبوز منقوص الأكسجين وهو بنتوز (سكر يحتوي على خمس ذرات كربون)، ترتبط جزيئات السكر ببعضها بواسطة مجموعات فوسفات والتي تشكل روابط فوسفات ثنائية الأستر بين الذرة الثالثة والخامسة لحلقتي سكر متجاورتين. هذه الروابط اللامتناظرة تعني أن لسلسلة الدنا اتجاه، وفي اللولب المزدوج اتجاه النوكليوتيدات في أحد السلسلتين مضاد للاتجاه في السلسلة الأخرى وهذا يعني أن السلسلتين عكسيتا التوازي، نهايتا سلسلتا الدنا اللامتناظرتين يقال بأن لها اتجاهية خمسة فتحة (5') و ثلاثة فتحة (3') حيث تحتوي نهاية 5' على مجموعة فوسفات طرفية والنهاية 3' على مجموعة هيدروكسيل طرفية، أحد الفروق الكبيرة بين الدنا والرنا هو السكر ففي الرنا يحل مكان الريبوز منقوص الأكسجين بنتوز وهو الريبوز. [8]

يستقر اللولب المزدوج للدنا أساسا بواسطة قوتين: الروابط الهيدروجينية بين النوكليوتيدات وتفاعلات التراص بين القواعد النووية العطرية. [11]، في الوسط المائي للخلية روابط باي (π) المترافقة لقواعد النوكليوتيدات تتراص عموديا مع محور جزيء الدنا مقللة تفاعلاتها مع الصدفة المائية. القواعد الأربعة المكونة للدنا هي أدينين (A)، سايتوسين (C)، غوانين (G) والثايمين (T)، وترتبط هذه القواعد بـ سكر-فوسفات لتشكل نوكليوتيدات كاملة (الصور بالأسفل)، يرتبط الأدينين مع الثايمين والغوانين مع سايتوسين ويمثلان بالزوج القاعدي A-T والزوج القاعدي G-C. [12][13]

تصنيف وترابط القواعد النووية

تنقسم قواعد الدنا النووية الأساسية إلى قسمين: البيورينات ويندرج ضمنها الأدنين والغوانين وهما جزيئان ثنائيي الحلقة يحويان حلقتان متغايرتان مندمجتان إحدهما سداسية والأخرى خماسية، والبريميدينات ويندرج ضمنها السايتوسين والثايمين وهما جزيئان أحاديي الحلقة عبارة عن حلقة سداسية متغايرة[8]. تتشكل الأزواج القاعدية للولب المزدوج للدنا بترابط بيورين في إحدى السلسلتين مع بيريميدين في السلسلة الأخرى بواسطة اثنتين أو ثلاثة من الروابط الهيدروجينية:

يسمى هذا الترابط لقاعدتين نوويتين من سلسلتي اللولب المزدوج برابطة واتسون-كريك، يوجد نوع آخر من الترابط يسمى ترابط هوغستين يتم فيه ترابط قاعدتي الغوانين والسايتوسين بواسطة رابطتي هيدروجين. [14]، كون الروابط الهيدروجينية غير تساهمية يسمح بكسرها وإعادة ربطها بسهولة معتبرة ومنه يمكن فصل سلسلتي اللولب المزدوج للدنا كالسحاب سواء بقوة ميكانيكية أو بدرجة حرارة مرتفعة. [15] ونتيجة لهذا التكامل في ترابط القواعد فإن جميع المعلومات التي تحويها إحدى سلسلتي اللولب المزدوج منسوخة في السلسلة الأخرى وهو أمر أساسي في عملية تضاعف الدنا ومختلف وظائفه الأخرى لدى الكائنات الحية.[3]

توجد قاعدة نووية خامسة وهي بيريميدين يسمى اليوراسيل (U) يأخذ مكان الثايمين في الرنا (RNA) ويختلف عنه بأنه لا يملك مجموعة ميثيل في حلقته، بالإضافة إلى الدنا والرنا تم إنتاج العديد من نظائر الأحماض النووية الاصطناعية لدراسة خصائصها أو لاستعمالها في التقنية الحيوية.[16]

الاتجاه وضد الاتجاه

المقالة الرئيسة: اتجاه (بيولوجيا جزيئية)
توضيح لسلسلة الاتجاه وضد الاتجاه للدنا، نسخة الرنـا بالأخضر.

لإنتاج رنـا وظيفي لا يتم سوى نسخ جزء معين من إحدى سلسلتي الدنا التي تحوي على الجين وذلك لأن السلسلتين ليستا متماثلتين، ويقال لتسلسل الدنا بأنه "اتجاه" إذا كان مماثلا للتسلسل على نسخة الرنا الرسول التي تُرجمت إلى بروتين [17] ويكون ذلك في السلسلة التي لم يتم نسخها (انظر الشكل)، أما تسلسل السلسلة القالب (التي تم نسخها) فيسمى "ضد الاتجاه" وذلك لأنه مكمل لتسلسل الرنا الرسول. تسمى أحيانا السلسلة التي يتم نسخها "سلسلة التشفير" والمقابلة لها "سلسلة اللاتشفير" إلا أن هذه الدلالة صالحة فقط بالنسبة لجين معين وذلك لأن سلسلتي نفس اللولب المزدوج من الدنا يمكن أن تشفرا بروتينات مختلفة. يمكن أن يتواجد كلا التسلسُلَين "الاتجاه" و"ضد الاتجاه" على أجزاء مختلفة من نفس سلسلة الدنا (أي يمكن لكلا السلسلتين أن تحويا كلا من الاتجاه وضد الاتجاه).

يتم إنتاج تسلسلات رنـا ضد الاتجاه في كل من حقيقيات وبدائيات النوى، إلا أن وظائفها غير واضحة بالكامل [18]، ويشير أحد الإقتراحات إلى أن سلاسل الرنا ضد الاتجاه تساهم في ضبط التعبير الجيني عبر ترابط قواعد رنا-رنا. [19]

بعض تسلسلات الدنا في بدائيات وحقيقيات النوى وبنسبة أكثر في البلازميدات والفيروسات يتعسر فيها التمييز بين سلسلتي الاتجاه وضد الاتجاه لوجود جينات متداخلة [20]. في هذه الحالات تقوم تسلسلات الدنا بوظيفة مضاعفة، تشفير بروتين معين حين تتم قراءتها على طول إحدى السلسلتين، وبروتين آخر حين تقرأ في الاتجاه المعاكس على طول السلسلة الأخرى. في البكتيريا قد يساهم هذا التداخل في ضبط نسخ الجينات [21]، أما لدى الفيروسات فيزيد في مقدار المعلومة التي يمكن تشفيرها داخل جينوم فيروسي صغير. [22]

دنا فائق الالتفاف

يكون الدنا خلال معظم عمر الخلية ملفوفا بخفة حول الهستونات ولا يكون مركزا على هيئة كروموسوم، ولا يظهر اللف الفائق للدنا على شكل كروموسومات إلا خلال مرحلة انقسام الخلية [23]. يمكن لف الدنا مثل الحبل خلال عملية تسمى لف الدنا الفائق، وفي حالة الراحة تلتف سلسلة الدنا حول محور اللولب المزدوج مرة كل 10.4 زوج قاعدي، أما إن كان الدنا ملفوفا فإن سلسلتيه تصبحان أشد أو أخف التفافا [24]. حيث إن كان ملفوفا في اتجاه اللولب المزدوج فإن القواعد تصبح متراصة أكثر ويسمى ذلك الالتفاف الفائق الموجب إما إن كان ملفوفا عكس اتجاه اللولب المزدوج فإن القواعد تصبح أقل تراصا ويسمى ذلك بالالتفاف الفائق السالب. لِمعظمِ الدنا في الطبيعة التفافٌ فائق سلبي تُحدِثـه إنزيمات التوبوايزوميراز [25] ، هذه الانزيمات مطلوبة لتزيل التفاف سلسلتي الدنا أثناء عمليتي نسخ وتضاعف الدنا. [26]

أشكال الدنا

نمطي حيود الأشعة السينية للدنا أ والدنا ب.

يتواجد الدنا على عدة أشكال منها الدنا أ، الدنا ب والدنا ز، رغم أنه لم يتم سوى ملاحظة الشكلين دنا أ ودنا ب في كائناتٍ وظيفيةٍ [10]. البنية التي يتخذها الدنا تعتمد على مستوى التميؤ، تسلسل الدنا، كمية واتجاه اللف الفائق، التغيرات الكيميائية للقواعد، نوع وتركيز الآيونات المعدنية ووجود متعددات الأمين في المحلول. [27]

لمعرفة بنية الدنا قام العلماء باستخدام تقنية دراسة البلورات بالأشعة السينية وكانت التقارير المنشورة الأولى حول أنماط حيود الأشعة السينية للدنا أ وب قد استخدمت دراسات مبنية على تحول باتيرسون التي أعطت معلومات محدودة عن هيئة سلال الدنا الموجهة [28][29]. وسنة 1953 تم اقتراح دراسات أخرى بواسطة ويلكنز وآل لأنماط حيود وانتشار الأشعة السينية للدنا ب العالي التميؤ في الكائنات الحية وكانت عبارة عن مربعات دوال بيسل [30]. وفي نفس الصحيفة قدم جيمس واتسون وفرنسيس كريك دراساتهما حول النموذج الجزيئي لأنماط حيود الأشعة السينية للدنا مقترحين أن الهيئة كانت لولبا مزدوجا. [5]

رغم أن الهيئة ب هي الأكثر شيوعا في الظروف الموجودة داخل الخلايا [31] إلا أنها ليست هيئة محددة بدقة وإنما عائلة متقاربة من هيئات الدنا [32] التي تظهر في حالات التميؤ العالية الموجودة داخل الخلايا الحية، وأنماط حيود وانتشار الأشعة السينية الخاصة بها هي سمة تميز البلورات الناقِصَة (paracrystals) مع درجة معتبرة من عدم الانتظام. [33][34]

مقارنة بالدنا ب فإن الدنا أ له قطر أكبر ويميني الإتجاه كذلك وله ثلم صغير سطحي وعريض وثلم كبير أضيق وأعمق، تظهر هذه الهيئة في الظروف غير الفيسيولوجية في عينات الدنا المجففة جزئيا، أما في الخلايا الحية فيمكن أن يتم إنتاجه في تزواج هجين لسلاسل الدنا والرنا وفي معقدات إنزيم-دنا. [35][36]، قِطعُ الدنا التي عُدِلت فيها القواعد كيميائيا بواسطة المثيلة يمكن أن تخضع لتحول كبير في الهيئة وتتخذ البنية ز التي تلتف فيها القواعد على يسار محور اللولب عكس البنية ب الأكثر شيوعا [37] هذا الشكل غير الاعتيادي يمكن التعرف عليه بواسطة بروتينات ترتبط بشكل خاص مع الدنا ز ويمكن أن يكون له دور في ضبط النسخ. [38]

من اليسار إلى اليمين: هيئة الدنا أ، هيئة الدنا ب وهيئة الدنا ز.
الخصائص الهيكلية لأشكال الدنا الرئيسية الثلاث للولب المزدوج[39] · [40] · [41]
خصائص دنا أ دنا ب دنا ز
اتجاه اللولب المزدوج يمين يمين يسار
تكرار الوحدة 1 bp 1 bp 2 bp
زاوية دوران اللولب المزدوج لكل زوج قاعدي 32,7° 34,3° 60°/2
عدد الأزواج القاعدية لكل دورة للولب المزدوج 11 10,5 12
السن اللولبي للولب المزدوج لكل دورة 2.82 نانومتر 3.32 نانومتر 4.56 نانومتر
البعد بين القواعد داخل اللولب المزدوج 0.26 نانومتر 0.34 نانومتر 0.37 نانومتر
القطر 2.3 نانومتر 2.0 نانومتر 1.8 نانومتر
انحناء الأزواج القاعدية بالنسبة لمحور اللولب المزدوج +19° −1,2° −9°
متوسط الالتواء (propeller twist) +18° +16° 0°
اتجاه القواعد بالنسبة للسكر عكس عكس بيريميدين : عكس
بيورين : مع
انحناء روابط ذرات السكر
(Sugar pucker)		 'C3-إندو 'C2 - إندو سايتوسين : 'C2 - إندو
غوانين : 'C2 - إكسو


أشكال خاصة

دنا رباعي تشكل بتكرر القسيم الطرفي. الهيئة الحلقية للوحدات الأساسية للدنا مختلفة تماما عن الهيئة الشائعة للولب المزدوج، النقاط الخضراء في المركز تمثل أيونات البوتاسيوم. [42]

هذه التسلسلات الغنية بالغوانين يمكن أن تجعل نهايات الصبغي مستقرة بتشكيل هياكل مرصوصة بوحدات رباعية القواعد بدل ثنائية القواعد المعتادة الموجودة في هياكل الدنا الأخرى، حيث تقوم أربع قواعد غوانين بتشكيل وحدة رباعية مسطحة وبعدها تتراص هذه الوحدات الرباعية فوق بعضها لتشكيل بنية رباعي-غ مستقرة [49]. تستقر هذه الهياكل الرباعية بواسطة روابط هيروجينية بين نهايات هذه القواعد وتمخلب أيون معدني في مركز كل وحدة رباعية [50].

تفرع واحد تفرع متعدد
يمكن للدنا المتفرع تكوين شبكات تحوي العديد من التفرعات.

بالإضافة إلى هذه الهياكل المرصوصة، تشكل القسيمات الطرفية كذلك هياكل تسمى حلقات القسيم الطرفي أو حلقات ت تقوم فيها سلسلة دنا منفردة بالالتواء في حلقة طويلة تستقر بواسطة إنزيمات ترتبط بالقسيمات الطرفية [51]. في نهاية الحلقة ت يتم ضم السلسلة المنفردة للقسيم الطرفي إلى منطقة لدنًا مضاعفِ السلسلة وهذا يتسبب في إخلال التزاوج القاعدي لإحدى سلسلتي هذا اللولب المزدوج وتشكيل بنية ثلاثية السلاسل تسمى حلقة الإزاحة أو الحلقة د. [49]

  • الدنا المتفرع: يحدث انسلال الدنا في إحدى نهايتي اللولب المزدوج حين تتوقف تسلسلات سلسلتَيْهِ عن كونها متكاملة حيث تفترق السلسلتان عن بعضهما وتتخذان هيئة Y، ويمكن للدنا أن يتشعب إن وُجدت سلسلة دنا ثالثة تحوي تسلسلا مكملا لكلا تسلسلي السلسلتين المفترقتين، فتتشكل هيئة مزدوجة متكاملة على شكل Y. مع أن أبسط أمثلة الدنا المتفرع تحوي ثلاث سلاسل دنا فقط فإن تواجد مركبات متفرعة تحوي سلاسل إضافية وعدة تفرعات أخرى ممكن كذلك [52]. ويتم استخدام الدنا المتفرع في تقنية النانو للدنا لإنشاء أشكال هندسية.
  • تفرع هوليداي (ببب 3CRX[53]).
    تفرع هوليداي (ببب 3CRX[53]).
  • دنا ثلاثي، السلسلة الثالثة بالأصفر.
    دنا ثلاثي، السلسلة
    الثالثة بالأصفر.

التغيرات الكيميائية وتحزيم الدنا المعدل

تغير القواعد وتحزيم الدنا

سايتوسين 5-ميثيل سايتوسين ثايمين
بنية السايتوسين مع ومن دون المجموعة 5-ميثيل، نزع الأمين يحول الـ5-ميثيل سايتوسين إلى ثايمين.

يتأثر التعبير الجيني بطريقة تحزيم الدنا في الصبغيات على هيئة تسمى كروماتين، يمكن لبعض القواعد أن تتغير حين يتم تكوين الكروماتينات في المناطق ضعيفة أو عديمة التعبير الجيني والغنية بقواعد السايتوسين عن طريق المثيلة خاصة في المناطق CpG، يمكن للهستونات التي يلتف حولها الدنا في الكروماتين أن تتغير بطريقة تساهمية ويمكن للكروماتين بحد ذاته أن يتغير بواسطة مركبات إعادة تشكيل الكروماتين، علاوة على ذلك فإن مثيلة الدنا والتعديل التساهمي للهستونات يساهمان معا في التأثير على الكروماتين والتعبير الجيني. [54]

على سبيل المثال تُنتج مثيلة السايتوسين 5-ميثيل سايتوسين وهو ضروري في تعطيل الصبغي X [55]، يختلف متوسط معدلات المثيلة بين الكائنات فالدودة ربداء رشيقة تعوز مثيلة السايتوسين في حين أن الفقاريات لديها معدل مرتفع يصل حتى 1% من الدنا الخاص بها يحوي 5-ميثيل سايتوسين [56]، رغم أهمية الـ5-ميثيل سايتوسين إلا أنه قد يتعرض إلى نزع أمين ويصبح ثايمين وكذلك السايتوسين الذي يصبح يوراسيل، قواعد السايتوسين المُمَثْيَلة عرضة للطفرات [57]. من التغييرات الأخرى للقواعد مثيلة الأدنين عند البكتيريا ووجود 5-هيدروكسي ميثيل سايتوسين في الدماغ. [58] وغلكزة اليوراسيل لإنتاج القاعدة ج لدى ذوات منشأ الحركة. [59][60] التي تعمل كإشارة إنهاء النسخ للأنزيم بوليميرايز الرنا 2. [61] [62]

تضرر

رابطة تساهمية بين الدنا وهيئة استقلاب نشطة لناتج إضافة لبنزو(a)بيرين، المطفّر الرئيسي في تدخين التبغ. [63]

يمكن للدنا التضرر بأنواع مختلفة من المطفِّرات التي تغير تسلسله، تتضمن هذه المطفرات: المؤكسدات، عوامل الألكلة والإشعاعات الكهرومغناطيسية عالية الطاقة مثل الأشعة فوق البنفسجية والأشعة السينية. يتعلق نوع الضرر الحاصل بنوع المطفّر فعلى سبيل المثال يمكن للأشعة فوق البنفسجية الإضرار بالدنا بإنتاج مثنويات الثايمين وهي روابط جانبية بين قواعد البيريميدين .[64]. من جهة أخرى تسبب المؤكسدات مثل الجذور الكيميائية الحرة أو بيروكسيد الهيدروجين أنواع مختلفة من الأضرار منها تغيير القواعد -خاصة الغوانوزين- وتقطعات في السلسلة المزدوجة للدنا [65]، حيث يبلغ متوسط عدد القواعد التي عانت أضرارا من المؤكسدات في خلية نموذجية حوالي 150 ألف قاعدة [66]. أخطر هذه الآفات التأكسدية هي تقطعات السلاسل المزدوجة وذلك لأنها صعبة الإصلاح وقد تُنتج طفرات نقطية، غرز، أو حذف في تسلسللات الدنا وكذلك انتقالات صبغية [67]. يمكن لهذه الطفرات أن تسبب السرطان بسبب آليات إصلاح الدنا المحدودة طبيعيا، لذا إن عاش البشر لوقت طويل بما فيه الكفاية فإن جميعهم في النهاية سيصاب بالسرطان. [68][69]

تضررات الدنا التي تحدث طبيعيا بسبب النشاطات الطبيعية للخلية التي تنتج كائنات متفاعلة مع الأكسجين، نشاطات الحلمأة لماء الخلية تظهر بشكل متواتر كذلك رغم أن معظم هذه الأضرار يتم إصلاحها. في أي خلية تبقى بعض تضررات الدنا رغم عمليات الإصلاح وتتراكم هذه التضرارت مع مرور الزمن في الخلايا تالية التفتل لأنسجة الثديات، هذا التراكم يبدو عاملا أساسيا مهما في الشيخوخة. [70][71][72].

تدخل العديد من المطفِّرات في الفراغ الموجود بين زوجين قاعديين متجاورين فيما يعرف بـ الإقحام ومعظم المقتحمات جزيئات عطرية و مستوية ومن الأمثلة: بروميد الإيثيديوم، الأكريدينات و داونوروبيسين، لكي يدخل المقتحم بين القواعد يجب عليه فصلها وهذا يشوه سلسلتي الدنا بسبب فك التواء اللولب المزدوج، هذا التشوه يمنع كلا من نسخ وتضاعف الدنا ويسبب تسمما وطفرات [73]. وكنتيجة لذلك يمكن لمقتحمات الدنا أن تكون مسرطنات وفي حالة الثاليدوميد، ماسخات [74]، مقتحمات أخرى مثل بنزو(a)بيرين ديول إيبوكسيد وأفلاتوكسين يشكلان نواتج إضافة تُحدث أخطاءً في التضاعف [75]. مع ذلك وبسبب قدرتها على تعطيل ومنع نسخ وتضاعف الدنا؛ تستخدم مقتحمات سامة أخرى مشابهة في العلاج الكيميائي لمنع النمو السريع للخلايا السرطانية. [76]

وظائف بيولوجية

دنا دائري بكتيري كما يبدو بالمجهر الإلكتروني.

عادة ما يكون الدنا على شكل صبغيات خطية عند حقيقيات النوى وصبغيات دائرية عند بدائيات النوى ومجموع الصبغيات في خلية واحدة يشكل الجينوم، يحتوي جينوم الإنسان على ما يقارب 3 ملايير زوج قاعدي منتظمة في 46 صبغيا [77]. المعلومات المحمولة في الدنا موجودة في تسلسلات قطع منه تسمى الجينات، يتم نقل المعلومة الوراثية بواسطة تكامل الأزواج القاعدية مثلا: حين تستخدم الخلية المعلومة الموجودة في الجين يتم نسخ تسلسل الدنا إلى تسلسل رنا مكمل عبر التجاذب بين الدنا والنوكليوتيدات الصحيحة للرنا. وتستخدم هذه النسخة -عادة- لتخليق بروتين مماثل في التسلسل عبر عملية تسمى الترجمة والذي يعتمد على نفس التجاذب بين نوكليوتيدات الرنا، ومن جهة أخرى يمكن للخلية نسخ معلوماتها الوراثية خلال عملية تسمى تضاعف الدنا، تفاصيل هذه العمليات ستذكر في العناوين التالية وسيكون التركيز في العوان التالي على التفاعلات بين الدنا والجزيئات الأخرى التي تتدخل في وظائف الجينوم.

الجينات والجينومات

المقالات الرئيسة: نواة (خلية) وكروماتين وكروموسوم وجين ودي أن إيه غير مشفر
مكان تواجد الحمض النووي الصبغي عند حقيقيات النوى.

يُحزم جينوم الدنا بشدة وانتظام خلال عملية تسمى تكثيف الدنا ليسع الأحجام الصغيرة المتوفرة في الخلية، يتواجد الدنا عند حقيقيات النوى في النواة مع كميات صغيرة في الميتوكندريون والبلاستيدات الخضراء أما عند بدائيات النوى فإن الدنا مخزن في جسيم غير منتظم الشكل يسمى نوواني [78]. المعلومات الجينية في الجينوم موجودة داخل الجينات ومجموع هذه المعلومات في كان حي يسمى نمط جيني، والجين هو وحدة وراثة وهو عبارة عن منطقة من الدنا تؤثر في صفة معينة لكائن ما، تحوي الجينات قالب قراءة مفتوح يمكن نسخه بالإضافة إلى تسلسلات معدلة مثل المحفزات والمعززات والتي تتحكم في عملية نسخ قالب القراءة المفتوح.

في العديد من الأجناس لا يٌشفِّرالبروتين سوى كيمة صغيرة من المجموع الكلي للجينوم، على سبيل المثال عند البشر 1.5% من الجينوم البشري عبارة إكسونات تشفر بروتينات، مع وجود 50% من الدنا البشري عبارة عن تسلاسلات متكررة غير مُشفِّرة [79]. يمثل سبب وجود كم كبير من الدنا غير المشفر في جينوم حقيقيات النوى والفروق الكبيرة في حجم الجينوم -القيمة س- بين الأجناس لغزا طويل الأمد يعرف بـ معضلة القيمة س [80]. رغم ذلك بعض تسلسلات الدنا غير المشفرة يمكن أن تشفر رنا غير مشفر وظيفيا مهمته ضبط التعبير الجيني. [81]

بعض تسلسلات الدنا غير المشفرة تلعب أدوارا بنيوية في الصبغيات، تحتوي القسيمات الطرفية والقطع المركزية على بعض الجينات لكنها مهمة لوظيفة واستقرار الصبغيات [47][82]. الجينات الكاذبة نوع وافر في الجينوم البشري من الدنا غير المشفر وهي نسخ من جينات تم تعطيلها بواسطة الطفرات [83]، هذه الجينات الكاذبة عبارة عن مستحاثات جزيئية رغم أنها تلعب أحيانا دور المادة الجينية الخام لإنشاء جينات جديدة عبر عملية التضاعف الجيني وعملية التطور التباعدي. [84]

تضاعف الدنا

المقالة الرئيسة: تضاعف الدنا

انقسام الخلايا عملية أساسية لنمو الكائن، وحين تتم هذه العملية فعلى الخلية مضاعفة الدنا في جينومها لكي تحصل الخليتين البنت على نفس المعلومات المتواجدة في الخلية الأم، توفر هيئة الدنا اللولبية المزدوجة طريقة بسيطة لتضاعف الدنا. أثناء عملية التضاعف تقوم إنزيمات التوبوإيزوميراز بفك التواء السلسلة المضاعفة ثم تقوم إنزيمات الهيليكاز بحل الروابط الهيدروجينية بين النوكليوتيدات وفصل السلسلتين عن بعضهما وبعدها يتم إنتاج سلسلتين متكاملتين بواسطة إنزيم بوليميراز الدنا، تقوم هذه الإنزيمات بإنتاج سلسلة مكملة بإيجاد القاعدة الصحيحة عبر ترابط القواعد المكمل ثم ربطها بالسلسلة الأصلية، ولأن إنزيمات بوليمراز الدنا لا تُنتج السلاسل سوى في الاتجاه 5' إلى 3' يتم استخدام طريقة أخرى لنسخ سلاسل التوازي العكسي في لولب الدنا المضاعف [85]. بهذه الطريقة القاعدة في السلسلة القديمة تحدد القاعدة التي ستظهر في السلسلة الجديدة ويغدو لدى الخلية نسخة جديدة من دناها.

تضاعف الدنا. يتم فك لولب الدنا المضاعف بواسطة إنزيمي توبوإيزوميراز والهيليكاز، بعدها ينتج إنزيم بوليميراز الدنا δ نسخة من السلسلة القائدة، أما السلسلة المتأخرة فيقوم إنزيم بوليميراز الدنا α بإنتاج قطع غير مستمرة (تسمى قطع أوكازاكي) ليقوم بعدها إنزيم ليغاز الدنا بتجميعها مع بعض لإنتاج سلسلة كاملة.

النسخ والترجمة

المقالات الرئيسة: نسخ (وراثة) وترجمة (وراثة)

انظر أيضا

معلومات إضافية

المراجع

  1. ^ القاموس الطبي الموحد Deoxyribonucleic acid تاريخ الولوج 14 كانون الثاني 2014 نسخة محفوظة 27 أغسطس 2017 على موقع واي باك مشين.
  2. ^ Saenger، Wolfram (1984). Principles of Nucleic Acid Structure. New York: Springer-Verlag. ISBN:0-387-90762-9. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  3. ^ أ ب Alberts، Bruce؛ Johnson، Alexander؛ Lewis، Julian؛ Raff، Martin؛ Roberts، Keith؛ Peter، Walters (2002). Molecular Biology of the Cell (ط. Fourth). New York and London: Garland Science. ISBN:0-8153-3218-1. OCLC:145080076. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة) والوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  4. ^ Irobalieva RN، Fogg JM، Catanese DJ، Catanese DJ، Sutthibutpong T، Chen M، Barker AK، Ludtke SJ، Harris SA، Schmid MF، Chiu W، Zechiedrich L (أكتوبر 2015). "Structural diversity of supercoiled DNA". Nature Communications. ج. 6: 8440. Bibcode:2015NatCo...6E8440I. DOI:10.1038/ncomms9440. PMC:4608029. PMID:26455586.
  5. ^ أ ب ت Watson JD، Crick FH (أبريل 1953). "Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid" (PDF). Nature. ج. 171 ع. 4356: 737–8. Bibcode:1953Natur.171..737W. DOI:10.1038/171737a0. PMID:13054692. مؤرشف من الأصل (PDF) في 4 فبراير 2007. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
  6. ^ Mandelkern M، Elias JG، Eden D، Crothers DM (أكتوبر 1981). "The dimensions of DNA in solution". Journal of Molecular Biology. ج. 152 ع. 1: 153–61. DOI:10.1016/0022-2836(81)90099-1. PMID:7338906.
  7. ^ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, Kaul R, Swarbreck D, Dunham A, et al. (May 2006). "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1". Nature. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Natur.441..315G. doi:10.1038/nature04727. PMID 16710414.
  8. ^ أ ب ت Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company (ردمك 0-7167-4955-6)
  9. ^ Abbreviations and Symbols for Nucleic Acids, Polynucleotides and their Constituents نسخة محفوظة 5 February 2007 على موقع واي باك مشين. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature (CBN). Retrieved 3 January 2006.
  10. ^ أ ب Ghosh A، Bansal M (أبريل 2003). "A glossary of DNA structures from A to Z". Acta Crystallographica Section D. ج. 59 ع. Pt 4: 620–6. DOI:10.1107/S0907444903003251. PMID:12657780.
  11. ^ Yakovchuk P، Protozanova E، Frank-Kamenetskii MD (2006). "Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix". Nucleic Acids Research. ج. 34 ع. 2: 564–74. DOI:10.1093/nar/gkj454. PMC:1360284. PMID:16449200.
  12. ^ Burton E. Tropp – "Molecular Biology"- Jones and Barlett Learning, (ردمك 978-0-7637-8663-2)
  13. ^ "Watson-Crick Structure of DNA – 1953". Steven Carr. Memorial University of Newfoundland. مؤرشف من الأصل في 19 يوليو 2016. اطلع عليه بتاريخ 13 يوليو 2016. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
  14. ^ Nikolova EN، Zhou H، Gottardo FL، Alvey HS، Kimsey IJ، Al-Hashimi HM (2013). "A historical account of Hoogsteen base-pairs in duplex DNA". Biopolymers. ج. 99 ع. 12: 955–68. DOI:10.1002/bip.22334. PMC:3844552. PMID:23818176.
  15. ^ Clausen-Schaumann H، Rief M، Tolksdorf C، Gaub HE (أبريل 2000). "Mechanical stability of single DNA molecules". Biophysical Journal. ج. 78 ع. 4: 1997–2007. Bibcode:2000BpJ....78.1997C. DOI:10.1016/S0006-3495(00)76747-6. PMC:1300792. PMID:10733978.
  16. ^ Verma S، Eckstein F (1998). "Modified oligonucleotides: synthesis and strategy for users". Annual Review of Biochemistry. ج. 67: 99–134. DOI:10.1146/annurev.biochem.67.1.99. PMID:9759484.
  17. ^ Designation of the two strands of DNA نسخة محفوظة 24 April 2008 على موقع واي باك مشين. JCBN/NC-IUB Newsletter 1989. Retrieved 7 May 2008
  18. ^ Hüttenhofer A، Schattner P، Polacek N (مايو 2005). "Non-coding RNAs: hope or hype?". Trends in Genetics. ج. 21 ع. 5: 289–97. DOI:10.1016/j.tig.2005.03.007. PMID:15851066.
  19. ^ Munroe SH (نوفمبر 2004). "Diversity of antisense regulation in eukaryotes: multiple mechanisms, emerging patterns". Journal of Cellular Biochemistry. ج. 93 ع. 4: 664–71. DOI:10.1002/jcb.20252. PMID:15389973.
  20. ^ Makalowska I، Lin CF، Makalowski W (فبراير 2005). "Overlapping genes in vertebrate genomes". Computational Biology and Chemistry. ج. 29 ع. 1: 1–12. DOI:10.1016/j.compbiolchem.2004.12.006. PMID:15680581.
  21. ^ Johnson ZI، Chisholm SW (نوفمبر 2004). "Properties of overlapping genes are conserved across microbial genomes". Genome Research. ج. 14 ع. 11: 2268–72. DOI:10.1101/gr.2433104. PMC:525685. PMID:15520290.
  22. ^ Lamb RA، Horvath CM (أغسطس 1991). "Diversity of coding strategies in influenza viruses". Trends in Genetics. ج. 7 ع. 8: 261–6. DOI:10.1016/0168-9525(91)90326-L. PMID:1771674.
  23. ^ What Is the Advantage of Having the DNA Tightly Wrapped Into the Chromosomes?. نسخة محفوظة 13 فبراير 2018 على موقع واي باك مشين.
  24. ^ Benham CJ، Mielke SP (2005). "DNA mechanics". Annual Review of Biomedical Engineering. ج. 7: 21–53. DOI:10.1146/annurev.bioeng.6.062403.132016. PMID:16004565.
  25. ^ Champoux JJ (2001). "DNA topoisomerases: structure, function, and mechanism". Annual Review of Biochemistry. ج. 70: 369–413. DOI:10.1146/annurev.biochem.70.1.369. PMID:11395412.
  26. ^ Wang JC (يونيو 2002). "Cellular roles of DNA topoisomerases: a molecular perspective". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. ج. 3 ع. 6: 430–40. DOI:10.1038/nrm831. PMID:12042765.
  27. ^ Basu HS، Feuerstein BG، Zarling DA، Shafer RH، Marton LJ (أكتوبر 1988). "Recognition of Z-RNA and Z-DNA determinants by polyamines in solution: experimental and theoretical studies". Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. ج. 6 ع. 2: 299–309. DOI:10.1080/07391102.1988.10507714. PMID:2482766.
  28. ^ Franklin RE، Gosling RG (6 مارس 1953). "The Structure of Sodium Thymonucleate Fibres I. The Influence of Water Content" (PDF). Acta Crystallogr. ج. 6 ع. 8–9: 673–7. DOI:10.1107/S0365110X53001939. مؤرشف من الأصل (PDF) في 9 يناير 2016. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
    Franklin RE، Gosling RG (1953). "The structure of sodium thymonucleate fibres. II. The cylindrically symmetrical Patterson function". Acta Crystallogr. ج. 6 ع. 8–9: 678–85. DOI:10.1107/S0365110X53001940.
  29. ^ Franklin RE، Gosling RG (أبريل 1953). "Molecular configuration in sodium thymonucleate" (PDF). Nature. ج. 171 ع. 4356: 740–1. Bibcode:1953Natur.171..740F. DOI:10.1038/171740a0. PMID:13054694. مؤرشف من الأصل (PDF) في 3 يناير 2011. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
  30. ^ Wilkins MH، Stokes AR، Wilson HR (أبريل 1953). "Molecular structure of deoxypentose nucleic acids" (PDF). Nature. ج. 171 ع. 4356: 738–40. Bibcode:1953Natur.171..738W. DOI:10.1038/171738a0. PMID:13054693. مؤرشف من الأصل (PDF) في 13 مايو 2011. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
  31. ^ Leslie AG، Arnott S، Chandrasekaran R، Ratliff RL (أكتوبر 1980). "Polymorphism of DNA double helices". Journal of Molecular Biology. ج. 143 ع. 1: 49–72. DOI:10.1016/0022-2836(80)90124-2. PMID:7441761.
  32. ^ Baianu, I.C. (1980). "Structural Order and Partial Disorder in Biological systems". Bull. Math. Biol. ج. 42 ع. 4: 137–141. DOI:10.1007/BF02462372. "Archived copy". مؤرشف من الأصل في 25 يوليو 2009. اطلع عليه بتاريخ 6 مايو 2009. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)صيانة الاستشهاد: الأرشيف كعنوان (link)
  33. ^ Hosemann R., Bagchi R.N., Direct analysis of diffraction by matter, North-Holland Publs., Amsterdam – New York, 1962.
  34. ^ Baianu, I.C. (1978). "X-ray scattering by partially disordered membrane systems". Acta Crystallogr A. ج. 34 ع. 5: 751–753. Bibcode:1978AcCrA..34..751B. DOI:10.1107/S0567739478001540.
  35. ^ Wahl MC، Sundaralingam M (1997). "Crystal structures of A-DNA duplexes". Biopolymers. ج. 44 ع. 1: 45–63. DOI:10.1002/(SICI)1097-0282(1997)44:1<45::AID-BIP4>3.0.CO;2-#. PMID:9097733.
  36. ^ Lu XJ، Shakked Z، Olson WK (يوليو 2000). "A-form conformational motifs in ligand-bound DNA structures". Journal of Molecular Biology. ج. 300 ع. 4: 819–40. DOI:10.1006/jmbi.2000.3690. PMID:10891271.
  37. ^ Rothenburg S، Koch-Nolte F، Haag F (ديسمبر 2001). "DNA methylation and Z-DNA formation as mediators of quantitative differences in the expression of alleles". Immunological Reviews. ج. 184: 286–98. DOI:10.1034/j.1600-065x.2001.1840125.x. PMID:12086319.
  38. ^ Oh DB، Kim YG، Rich A (ديسمبر 2002). "Z-DNA-binding proteins can act as potent effectors of gene expression in vivo". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 99 ع. 26: 16666–71. Bibcode:2002PNAS...9916666O. DOI:10.1073/pnas.262672699. PMC:139201. PMID:12486233.
  39. ^ Richard R، Sinden (15 يناير 1994). DNA structure and function. Academic Press. ص. 398. ISBN:0-12-645750-6. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط غير المعروف |édition= تم تجاهله (مساعدة)
  40. ^ Rich A, Norheim A, Wang AHJ. "The chemistry and biology of left-handed Z-DNA". Annual Review of Biochemistry. ج. 53: 791–846. DOI:10.1146/annurev.bi.53.070184.004043. PMID:6383204. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |année= تم تجاهله يقترح استخدام |date= (مساعدة)صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
  41. ^ Ho PS (27 سبتمبر 1994). "The non-B-DNA structure of d(CA/TG)n does not differ from that of Z-DNA". Proc Natl Acad Sci USA. ج. 91 ع. 20: 9549–9553. Bibcode:1994PNAS...91.9549H. DOI:10.1073/pnas.91.20.9549. PMC:44850. PMID:7937803.
  42. ^ Created from نسخة محفوظة 17 October 2016 على موقع واي باك مشين.
  43. ^ Frédéric Pâques et James E. Haber, « Multiple Pathways of Recombination Induced by Double-Strand Breaks in Saccharomyces cerevisiae », في Microbiology and Molecular Biology Reviews, vol. 63, no 2, juin 1999, ص.  349-404 [النص الكامل, lien PMID (pages consultées le 19-02-2018)] 
  44. ^ Irina Voineagu, Vidhya Narayanan, Kirill S. Lobachev et Sergei M. Mirkin, « Replication stalling at unstable inverted repeats: Interplay between DNA hairpins and fork stabilizing proteins », في Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 105, no 29, 22 juillet 2008, ص.  9936-9941 [النص الكامل, lien PMID, lien DOI (pages consultées le 14 mars 2015)] 
  45. ^ Guy-Franck Richard, Alix Kerrest et Bernard Dujon, « Comparative Genomics and Molecular Dynamics of DNA Repeats in Eukaryotes », في Microbiology and Molecular Biology Reviews, vol. 72, no 4, décembre 2008, ص.  686–727 [النص الكامل, lien PMID, lien DOI (pages consultées le 14 mars 2015)] 
  46. ^ Greider CW، Blackburn EH (ديسمبر 1985). "Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts". Cell. ج. 43 ع. 2 Pt 1: 405–13. DOI:10.1016/0092-8674(85)90170-9. PMID:3907856.
  47. ^ أ ب Nugent CI، Lundblad V (أبريل 1998). "The telomerase reverse transcriptase: components and regulation". Genes & Development. ج. 12 ع. 8: 1073–85. DOI:10.1101/gad.12.8.1073. PMID:9553037.
  48. ^ Wright WE، Tesmer VM، Huffman KE، Levene SD، Shay JW (نوفمبر 1997). "Normal human chromosomes have long G-rich telomeric overhangs at one end". Genes & Development. ج. 11 ع. 21: 2801–9. DOI:10.1101/gad.11.21.2801. PMC:316649. PMID:9353250.
  49. ^ أ ب Burge S، Parkinson GN، Hazel P، Todd AK، Neidle S (2006). "Quadruplex DNA: sequence, topology and structure". Nucleic Acids Research. ج. 34 ع. 19: 5402–15. DOI:10.1093/nar/gkl655. PMC:1636468. PMID:17012276.
  50. ^ Parkinson GN، Lee MP، Neidle S (يونيو 2002). "Crystal structure of parallel quadruplexes from human telomeric DNA". Nature. ج. 417 ع. 6891: 876–80. Bibcode:2002Natur.417..876P. DOI:10.1038/nature755. PMID:12050675.
  51. ^ Griffith JD، Comeau L، Rosenfield S، Stansel RM، Bianchi A، Moss H، de Lange T (مايو 1999). "Mammalian telomeres end in a large duplex loop". Cell. ج. 97 ع. 4: 503–14. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80760-6. PMID:10338214.
  52. ^ Seeman NC (نوفمبر 2005). "DNA enables nanoscale control of the structure of matter". Quarterly Reviews of Biophysics. ج. 38 ع. 4: 363–71. DOI:10.1017/S0033583505004087. PMC:3478329. PMID:16515737.
  53. ^ Deshmukh N. Gopaul, Feng Guo et Gregory D. Van Duyne, « Structure of the Holliday junction intermediate in Cre–loxP site‐specific recombination », في The EMBO Journal, vol. 17, no 14, 15 juillet 1998, ص.  4175-4187 [النص الكامل, lien PMID, lien DOI (pages consultées le 14 mars 2015)] 
  54. ^ Hu Q، Rosenfeld MG (2012). "Epigenetic regulation of human embryonic stem cells". Frontiers in Genetics. ج. 3: 238. DOI:10.3389/fgene.2012.00238. PMC:3488762. PMID:23133442.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  55. ^ Klose RJ، Bird AP (فبراير 2006). "Genomic DNA methylation: the mark and its mediators". Trends in Biochemical Sciences. ج. 31 ع. 2: 89–97. DOI:10.1016/j.tibs.2005.12.008. PMID:16403636.
  56. ^ Bird A (يناير 2002). "DNA methylation patterns and epigenetic memory". Genes & Development. ج. 16 ع. 1: 6–21. DOI:10.1101/gad.947102. PMID:11782440.
  57. ^ Walsh CP، Xu GL (2006). "Cytosine methylation and DNA repair". Current Topics in Microbiology and Immunology. Current Topics in Microbiology and Immunology. ج. 301: 283–315. DOI:10.1007/3-540-31390-7_11. ISBN:3-540-29114-8. PMID:16570853.
  58. ^ Kriaucionis S، Heintz N (مايو 2009). "The nuclear DNA base 5-hydroxymethylcytosine is present in Purkinje neurons and the brain". Science. ج. 324 ع. 5929: 929–30. Bibcode:2009Sci...324..929K. DOI:10.1126/science.1169786. PMC:3263819. PMID:19372393.
  59. ^ Ratel D، Ravanat JL، Berger F، Wion D (مارس 2006). "N6-methyladenine: the other methylated base of DNA". BioEssays. ج. 28 ع. 3: 309–15. DOI:10.1002/bies.20342. PMC:2754416. PMID:16479578.
  60. ^ Gommers-Ampt JH، Van Leeuwen F، de Beer AL، Vliegenthart JF، Dizdaroglu M، Kowalak JA، Crain PF، Borst P (ديسمبر 1993). "beta-D-glucosyl-hydroxymethyluracil: a novel modified base present in the DNA of the parasitic protozoan T. brucei". Cell. ج. 75 ع. 6: 1129–36. DOI:10.1016/0092-8674(93)90322-H. PMID:8261512.
  61. ^ Henri G.A.M. van Luenen, Carol Farris, Sabrina Jan, Paul-Andre Genest, Pankaj Tripathi, Arno Velds, Ron M. Kerkhoven, Marja Nieuwland, Andrew Haydock, Gowthaman Ramasamy, Saara Vainio, Tatjana Heidebrecht, Anastassis Perrakis, Ludo Pagie, Bas van Steensel, Peter J. Myler et Piet Borst, « Glucosylated Hydroxymethyluracil, DNA Base J, Prevents Transcriptional Readthrough in Leishmania », في Cellvolume = 150, no 5, 31 août 2012, ص.  909-921 [النص الكامل, lien PMID, lien DOI (pages consultées le 12 mars 2015)] 
  62. ^ Dane Z. Hazelbaker et Stephen Buratowski, « Transcription: Base J Blocks the Way », في Current Biology, vol. 22, no 22, 2012, ص.  R960-R962 [النص الكامل, lien PMID, lien DOI (pages consultées le 12 mars 2015)] 
  63. ^ Created from PDB 1JDG نسخة محفوظة 22 سبتمبر 2008 على موقع واي باك مشين.
  64. ^ Douki T، Reynaud-Angelin A، Cadet J، Sage E (أغسطس 2003). "Bipyrimidine photoproducts rather than oxidative lesions are the main type of DNA damage involved in the genotoxic effect of solar UVA radiation". Biochemistry. ج. 42 ع. 30: 9221–6. DOI:10.1021/bi034593c. PMID:12885257.
  65. ^ Cadet J، Delatour T، Douki T، Gasparutto D، Pouget JP، Ravanat JL، Sauvaigo S (مارس 1999). "Hydroxyl radicals and DNA base damage". Mutation Research. ج. 424 ع. 1–2: 9–21. DOI:10.1016/S0027-5107(99)00004-4. PMID:10064846.
  66. ^ Beckman KB، Ames BN (أغسطس 1997). "Oxidative decay of DNA". The Journal of Biological Chemistry. ج. 272 ع. 32: 19633–6. DOI:10.1074/jbc.272.32.19633. PMID:9289489.
  67. ^ Valerie K، Povirk LF (سبتمبر 2003). "Regulation and mechanisms of mammalian double-strand break repair". Oncogene. ج. 22 ع. 37: 5792–812. DOI:10.1038/sj.onc.1206679. PMID:12947387.
  68. ^ Johnson، George (28 ديسمبر 2010). "Unearthing Prehistoric Tumors, and Debate". نيويورك تايمز. مؤرشف من الأصل في 24 يونيو 2017. If we lived long enough, sooner or later we all would get cancer. {{استشهاد بخبر}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة) والوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  69. ^ Alberts B، Johnson A، Lewis J، وآخرون (2002). "The Preventable Causes of Cancer". Molecular biology of the cell (ط. 4th). New York: Garland Science. ISBN:0-8153-4072-9. مؤرشف من الأصل في 2 يناير 2016. هناك كمية معينة غير قابلة للخفض متوقعة من السرطان بغض النظر عن الظروف: الطفرات لا يمكن تجنبها نهائيا لأنها نتائج لا مفر منها لحدود طبيعية أساسية في دقة تضاعف الدنا كما هو موضح في العنوان 5: إعادة تركيب الجينات. لو عاش الإنسان مدة كافية فلا مفر من أن إحدى خلاياه على الأقل ستتراكم لديها في النهاية طفرات كافية للتسبب بالسرطان. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة)
  70. ^ Bernstein H، Payne CM، Bernstein C، Garewal H، Dvorak K (2008). "Cancer and aging as consequences of un-repaired DNA damage". في Kimura H، Suzuki A (المحررون). New Research on DNA Damage. New York: Nova Science Publishers. ص. 1–47. ISBN:978-1-60456-581-2. مؤرشف من الأصل في 25 أكتوبر 2014. {{استشهاد بكتاب}}: الوسيط غير المعروف |deadurl= تم تجاهله (مساعدة) والوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  71. ^ Hoeijmakers JH (أكتوبر 2009). "DNA damage, aging, and cancer". The New England Journal of Medicine. ج. 361 ع. 15: 1475–85. DOI:10.1056/NEJMra0804615. PMID:19812404.
  72. ^ Freitas AA، de Magalhães JP (2011). "A review and appraisal of the DNA damage theory of ageing". Mutation Research. ج. 728 ع. 1–2: 12–22. DOI:10.1016/j.mrrev.2011.05.001. PMID:21600302.
  73. ^ Ferguson LR، Denny WA (سبتمبر 1991). "The genetic toxicology of acridines". Mutation Research. ج. 258 ع. 2: 123–60. DOI:10.1016/0165-1110(91)90006-H. PMID:1881402.
  74. ^ Stephens TD، Bunde CJ، Fillmore BJ (يونيو 2000). "Mechanism of action in thalidomide teratogenesis". Biochemical Pharmacology. ج. 59 ع. 12: 1489–99. DOI:10.1016/S0006-2952(99)00388-3. PMID:10799645.
  75. ^ Jeffrey AM (1985). "DNA modification by chemical carcinogens". Pharmacology & Therapeutics. ج. 28 ع. 2: 237–72. DOI:10.1016/0163-7258(85)90013-0. PMID:3936066.
  76. ^ Braña MF، Cacho M، Gradillas A، de Pascual-Teresa B، Ramos A (نوفمبر 2001). "Intercalators as anticancer drugs". Current Pharmaceutical Design. ج. 7 ع. 17: 1745–80. DOI:10.2174/1381612013397113. PMID:11562309.
  77. ^ Venter JC، Adams MD، Myers EW، Li PW، Mural RJ، Sutton GG، وآخرون (فبراير 2001). "The sequence of the human genome". Science. ج. 291 ع. 5507: 1304–51. Bibcode:2001Sci...291.1304V. DOI:10.1126/science.1058040. PMID:11181995.
  78. ^ Thanbichler M، Wang SC، Shapiro L (أكتوبر 2005). "The bacterial nucleoid: a highly organized and dynamic structure". Journal of Cellular Biochemistry. ج. 96 ع. 3: 506–21. DOI:10.1002/jcb.20519. PMID:15988757.
  79. ^ Wolfsberg TG، McEntyre J، Schuler GD (فبراير 2001). "Guide to the draft human genome". Nature. ج. 409 ع. 6822: 824–6. Bibcode:2001Natur.409..824W. DOI:10.1038/35057000. PMID:11236998.
  80. ^ Gregory TR (يناير 2005). "The C-value enigma in plants and animals: a review of parallels and an appeal for partnership". Annals of Botany. ج. 95 ع. 1: 133–46. DOI:10.1093/aob/mci009. PMID:15596463.
  81. ^ Birney E، Stamatoyannopoulos JA، Dutta A، Guigó R، Gingeras TR، Margulies EH، وآخرون (يونيو 2007). "Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project". Nature. ج. 447 ع. 7146: 799–816. Bibcode:2007Natur.447..799B. DOI:10.1038/nature05874. PMC:2212820. PMID:17571346.
  82. ^ Pidoux AL، Allshire RC (مارس 2005). "The role of heterochromatin in centromere function". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. ج. 360 ع. 1455: 569–79. DOI:10.1098/rstb.2004.1611. PMC:1569473. PMID:15905142.
  83. ^ Harrison PM، Hegyi H، Balasubramanian S، Luscombe NM، Bertone P، Echols N، Johnson T، Gerstein M (فبراير 2002). "Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22". Genome Research. ج. 12 ع. 2: 272–80. DOI:10.1101/gr.207102. PMC:155275. PMID:11827946.
  84. ^ Harrison PM، Gerstein M (مايو 2002). "Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution". Journal of Molecular Biology. ج. 318 ع. 5: 1155–74. DOI:10.1016/S0022-2836(02)00109-2. PMID:12083509.
  85. ^ Albà M (2001). "Replicative DNA polymerases". Genome Biology. ج. 2 ع. 1: REVIEWS3002. DOI:10.1186/gb-2001-2-1-reviews3002. PMC:150442. PMID:11178285. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |nopp= تم تجاهله يقترح استخدام |no-pp= (مساعدة)صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=حمض_نووي_ريبوزي_منقوص_الأكسجين&oldid=27574534»