بنك الجينات

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى: تصفح، ‏ ابحث

قاعدة بيانات بنك الجينات (بالإنجليزية: Gene bank) المتسلسة هي قاعدة بيانات متاحة للدخول, مجموعة من النوكليوتيدات المتاحة عامةً وترجمة بروتيناتها. قاعدة البيانات هذه أُنشأت في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية NCBI) National Center for Biotechnology Information) كجزء من قاعدة البيانات الدولية لسلاسل النوكليوتيدات التعاونية INSDC) International Nucleotide Sequence Database Collaboration). بنك الجينات ومتعاونيه يستقبلون سلاسل أٌنتجت في مختبرات من كافة أنحاء العالم لأكثر من 100,000 كائنات حية مختلفة. بنك الجينات لا يزال ينمو بمعدل هائل، يتضاعف كل 18 شهرا.[1][2] Release 155, produced in August 2006, contained over 65 billion nucleotide bases in more than 61 million sequences.[3]

النسخة 155, أُنتجت في أغسطس 2006 تضم أكثر من 65 مليار نوكليوتيد تستند في أكثر من من 61 مليون سلسلة. بنك الجينات قد بُني من وثائق مباشرة من معامل فردية وكذلك من مجموعة وثائق من مراكز تسلسل واسعة النطاق. ثم يتم نشر الوثائق في قاعدة البيانات العامة حيث تُسترجع المحتويات من قِبل Enterz أو يتم تحميلها من قِبل FTP.

الوثائق[عدل]

تُقدم الوثائق الباشرة إلى بنك الجينات باستخدام BankIt وهو عبارة عن نموذج على الإنترنت، أو باستخدام برنامج تسليم قائم بذاته Sequin. عند تلقي وثائق التسلسل يقوم موظفي بنك الجينات بتعيين رقم للتسلسل ويقومون بعمل اختبار التأكد من الجودة. مجموعة الوثائق من EST) Expressed Sequence Tag) و STS) Sequence-tagged site) و GSS) Genome Survey Sequence) و HTGS) High-Throughput Genome Sequence) غالبا ماتُسلم عن طريق مراكز تسلسل واسعة النطاق. مجموعة إدارة الوثائق ببنك الجينات يقومون بإنجاز سلاسل الجينيوم المكروبي.

تاريخ[عدل]

والتر قود(بالإنجليزية: Walter Goad) من مجموعة الأحياء النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر Los Alamos الوطني وآخرين قامو بتأسيس قاعدة بيانات Los Alamos المتسلسلة عام 1979 والتي تُوجت عام 1989 بتأسيس بنك الجينات العام.[4] التمويل كان بدعم من المعهد القومي للصحة ,المؤسسة القومية للعلوم، وزارة الطاقة ووزارة الدفاع. LANL تعاونت مع بنك الجينات بشركة Bolt, Beranek, and Newman, وبنهاية عام 1983 أكثر من 2000 سلسلة قد خُزنت بالبنك.[5]

في منتصف الثمانينات شركة المعلوماتية الحيوية الذكية في جامعة ستانفورد قامت بإدارة مشروع بنك الجينات بالتعاون مع LANL.[6] باعتبارها واحدة من أقدم مشاريع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت, بنك الجينات بدأ مجموعة إخبارية BIOSCI/Bionet لتعزيز اتصالات مفتوحة بين علماء الأحياء. خلال 1989 إلى 1992 نُقل مشروع بنك الجينات للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية الذي أًنشأ حديثا.

النمو[عدل]

ملاحضات النسخ للنسخة 162.0 (اوكتوبر 2007) ذكرت أن "من 1982عام وحتى الوقت الحالي تضاعف عدد القواعد في بنك الجينات كل 18 شهر تقريبا".[7] الرسم التالي يوضح النمو المتصاعد (على مقياس semi-log كهذا الخط المستقيم يمثل التغير المتصاعد)

Growth in GenBank base pairs, 1982 to 2007

بتاريخ 15 أغسطس بنك الجينات النسخة 178.0 احتوت على 122,941,883 موضع صبغوي و 117,476,523,128 قاعدة من 122,941,883 سلسلة أُخبر عنها.[7] قاعدة بيانات بنك الجينات تحتوي على مجموعة بيانات إضافية تم ناؤها ميكانيكيا من سلاسل المجموعة الرئيسية وبالتالي تُستثنى من هذا العدد.

المراجع[عدل]

  1. ^ Benton, D. et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190. 
  2. ^ Benton, D. et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMC 2686462. PMID 18940867. 
  3. ^ Benton, D. et al. (2006). "GenBank". Nucleic Acids Research 34 (Database): D16–D20. doi:10.1093/nar/gkj157. PMC 1347519. PMID 16381837. 
  4. ^ Hanson، Todd (2000-11-21). "Walter Goad, GenBank founder, dies". Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 
  5. ^ Benton, D. (1990). "Recent changes in the GenBank On-line Service". Nucleic Acids Research 18 (6): 1517–1520. doi:10.1093/nar/18.6.1517. PMC 330520. PMID 2326192. 
  6. ^ LANL GenBank History
  7. ^ أ ب "GenBank release notes". NCBI.