علم أحياء الأنظمة

علم أحياء الأنظمة أو بيولوجيا الأنظمة Systems biology مصطلح يستعمل بشكل واسع في العلوم الحيوية biosciences، بشكل خاص بدءا من عام 2000 ضمن سياقات مختلفة. ومن أهم الخصائص لهذا العلم هي المقاربة الرياضياتية للبيولوجيا حيث يتم عمل نماذج رياضياتية عن مختلف الظواهر البيولوجية ومحاولة استعمالها في المحاكات. عادة ما تكون النماذج عبارة عن تفاعلات كميائية مرتبطة بعضها ببعض (شبكة تفاعلات). أحد الأمثلة هو دراسة الأبوبتوزيس أي الموت الخلوي والأنظمة المتحكمة فيه من مستوى الجينات إلى مستوى طريقة قرائتها وتفعيلها (كميائيا)

انظر أيضا

• حياة اصطناعية Artificial life
• هندسة الأنظمة الحيوية Biological systems engineering
• سيبرنيتيك طبي حيوي Biomedical cybernetics
• إحصاء حيوي Biostatistics
• علم الأحياء الحاسوبي Computational Biology
• علم أحياء الأنظمة الحاسوبي Computational systems biology
• محاكاة حاسوبية Computer simulation
• شبكة التنظيم الجينية Gene regulatory network
• قائمة مواضيع الأوميات في علم الأحياء List of omics topics in biology

• قائمة مجموعات البحث في علم أحياء الأنظمة List of Systems Biology Research Groups
• نمذجة الشبكة الاستقلابية Metabolic network modelling
• نموذج
• فحص النموذج وعلم أحياء الأنظمة Model checking and systems biology
• نظرية الشبكة للشيخوخة Network Theory of Aging
• Regulome
• علم الأحياء التخليقي Synthetic biology
• لغة تأشير علم احياء الأنظمة Systems Biology Markup Language
• علم بيئة الأنظمة Systems ecology
• نظرية الأنظمة Systems theory
• شبكة التفاعل

منشورات

كتب

• H Kitano (editor). Foundations of Systems Biology. MIT Press: 2001. ISBN 0-262-11266-3
• CP Fall, E Marland, J Wagner and JJ Tyson (Editors). "Computational Cell Biology." Springer Verlag: 2002 ISBN 0-387-95369-8
• G Bock and JA Goode (eds).In Silico" Simulation of Biological Processes, Novartis Foundation Symposium 247. John Wiley & Sons: 2002. ISBN 0-470-84480-9
• E Klipp, R Herwig, A Kowald, C Wierling, and H Lehrach. Systems Biology in Practice. Wiley-VCH: 2005. ISBN 3-527-31078-9
• L. Alberghina and H. Westerhoff (Editors) – Systems Biology: Definitions and Perspectives, Topics in Current Genetics 13, Springer Verlag (2005), ISBN 978-3-540-22968-1
• A Kriete, R Eils. Computational Systems Biology., Elsevier - Academic Press: 2005. ISBN 0-12-088786-X
• K. Sneppen and G. Zocchi, (2005) Physics in Molecular Biology, Cambridge University Press, ISBN 0-521-84419-3
• D. Noble, The Music of life. Biology beyond the genome Oxford University Press 2006. ISBN 0-19-929573-5, ISBN 978-0-19-929573-9
• Z. Szallasi, J. Stelling, and V.Periwal (eds.) System Modeling in Cellular Biology: From Concepts to Nuts and Bolts (Hardcover), MIT Press: 2006, ISBN 0-262-19548-8
• B Palsson, Systems Biology - Properties of Reconstructed Networks. Cambridge University Press: 2006. ISBN 978-0-521-85903-5
• K Kaneko. Life: An Introduction to Complex Systems Biology. Springer: 2006. ISBN 3-540-32666-9
• U Alon. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. CRC Press: 2006. ISBN 1-58488-642-0 - emphasis on Network Biology (For a comparative review of Alon, Kaneko and Palsson see)

مقالات

• M. Tomita, Hashimoto K, Takahashi K, Shimizu T, Matsuzaki Y, Miyoshi F, Saito K, Tanida S, Yugi K, Venter JC, Hutchison CA. E-CELL: Software Environment for Whole Cell Simulation. Genome Inform Ser Workshop Genome Inform. 1997;8:147-155. [1]
• ScienceMag.org - Special Issue: Systems Biology, Science, Vol 295, No 5560, March 1, 2002
• Marc Vidal and Eileen E. M. Furlong. Nature Reviews Genetics 2004 From OMICS to systems biology
• Marc Facciotti, Richard Bonneau, Leroy Hood and Nitin Baliga. Current Genomics 2004 Systems Biology Experimental Design - Considerations for Building Predictive Gene Regulatory Network Models for Prokaryotic Systems
• Katia Basso, Adam A Margolin, Gustavo Stolovitzky, Ulf Klein, Riccardo Dalla-Favera, Andrea Califano, (2005) "Reverse engineering of regulatory networks in human B cells". Nat Genet;37(4):382-90
• Mario Jardon Systems Biology: An Overview - a review from the Science Creative Quarterly, 2005
• Johnjoe McFadden, Guardian.co.uk - 'The unselfish gene: The new biology is reasserting the primacy of the whole organism - the individual - over the behaviour of isolated genes', The Guardian (May 6, 2005)
• WTEC Panel Report on International Research and Development in Systems Biology (2005)
• E. Werner, "The Future and Limits of Systems Biology", Science STKE 2005, pe16 (2005).
• Francis J. Doyle and Jörg Stelling, "Systems interface biology" J. R. Soc. Interface Vol 3, No 10 2006
• E. Werner, "All systems go", "Nature" vol 446, pp 493–494, March 29, 2007. (Review of three books (Alon, Kaneko, and Palsson) on systems biology.)
• Santiago Schnell, Ramon Grima, Philip K. Maini, "Multiscale Modeling in Biology", American Scientist, Vol 95, pages 134-142, March-April 2007.

وصلات خارجية

• Molecular Systems Biology - open access journal on systems biology
• BMC Systems Biology - open access journal on systems biology
• IET Systems Biology - not open access journal on systems biology
• BIOREL resource for quantitative estimation of the gene network bias in relation to available database information
• Biology sites
• Systems Biology - BioChemWeb.org
• Systems Biology Portal - administered by the Systems Biology Institute
• Systems Biology Portal of Germany - administered by HepatoSys, the German competence network for Systems Biology of liver cells
• Systems Biology Summit - Annual Systems Biology Summit held in Richmond, Virginia, hosted by Virginia Commonwealth University