تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة: الفرق بين النسختين

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى التنقل اذهب إلى البحث
[نسخة منشورة][مراجعة غير مفحوصة]
ط (بوت: أضاف قالب:مصادر طبية)
(اضفت معلومات مهمة لمقال تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة بالمراجع)
وسمان: تحرير مرئي تعديلات طويلة
سطر 3: سطر 3:


على سبيل المثال، مقطعي الدنا من شخصين مختلفين، AAGC<u>C</u>TA و AAGC<u>T</u>TA تحتوي على اختلاف في نوكليوتيد واحد. في هذه الحالة نقول أنه هناك [[أليل|أليلان]]. تقريبًا جميع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد لديها أليلين فقط. توزيع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في المجين ليس متجانس; يحدث تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في مناطق غير الترميز أكثر من مناطق الترميز ؛ أو بشكل عام، حيث يتصرف الانتقاء الطبيعي و"تصلح" أليل (مزيلة أشكال أخرى) تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد الذي يشكّل التكيّف الوراثي الأكثر ملائمة.<ref name="Barreiro">{{cite journal | المؤلف= Barreiro LB | المؤلف2= Laval G | المؤلف3= Quach H| المؤلف4= Patin E | المؤلف5= Quintana-Murci L. | التاريخ=2008| العنوان=Natural selection has driven population differentiation in modern humans | journal=Nature Genetics| volume=40| issue=3| الصفحات=340–345| pmid=18246066 | doi=10.1038/ng.78}}</ref> تلعب كذلك عوامل أخرى مثل [[تأشيب جيني|التأشيب الجيني]] ووتيرة الطفرات دورًا في تحديد كثافة تعدد أشكال النوكليوتيدت المفردة.<ref name="Nachman">{{cite journal | المؤلف=Nachman, Michael W. | التاريخ=2001 | العنوان=Single nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans | journal=Trends in genetics | volume=17 | issue=9 | الصفحات=481–485 | pmid=11525814 | doi=10.1016/S0168-9525(01)02409-X}}</ref>
على سبيل المثال، مقطعي الدنا من شخصين مختلفين، AAGC<u>C</u>TA و AAGC<u>T</u>TA تحتوي على اختلاف في نوكليوتيد واحد. في هذه الحالة نقول أنه هناك [[أليل|أليلان]]. تقريبًا جميع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد لديها أليلين فقط. توزيع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في المجين ليس متجانس; يحدث تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في مناطق غير الترميز أكثر من مناطق الترميز ؛ أو بشكل عام، حيث يتصرف الانتقاء الطبيعي و"تصلح" أليل (مزيلة أشكال أخرى) تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد الذي يشكّل التكيّف الوراثي الأكثر ملائمة.<ref name="Barreiro">{{cite journal | المؤلف= Barreiro LB | المؤلف2= Laval G | المؤلف3= Quach H| المؤلف4= Patin E | المؤلف5= Quintana-Murci L. | التاريخ=2008| العنوان=Natural selection has driven population differentiation in modern humans | journal=Nature Genetics| volume=40| issue=3| الصفحات=340–345| pmid=18246066 | doi=10.1038/ng.78}}</ref> تلعب كذلك عوامل أخرى مثل [[تأشيب جيني|التأشيب الجيني]] ووتيرة الطفرات دورًا في تحديد كثافة تعدد أشكال النوكليوتيدت المفردة.<ref name="Nachman">{{cite journal | المؤلف=Nachman, Michael W. | التاريخ=2001 | العنوان=Single nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans | journal=Trends in genetics | volume=17 | issue=9 | الصفحات=481–485 | pmid=11525814 | doi=10.1016/S0168-9525(01)02409-X}}</ref>

في [[علم الوراثة]]، '''تعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات''' ( '''SNP''' {{IPAc-en|s|n|ɪ|p}} ؛ الجمع {{IPAc-en|s|n|ɪ|p|s}} ) هو استبدال [[نوكليوتيد|لنيوكليوتيد]] واحد في موضع معين في [[مجموع مورثي|الجينوم]]، وهو موجود في جزء كبير بما فيه الكفاية من عدد السكان (على سبيل المثال 1٪ أو أكثر). <ref>{{استشهاد ويب
| url = http://www.nature.com/scitable/definition/single-nucleotide-polymorphism-snp-295
| title = single-nucleotide polymorphism / SNP {{!}} Learn Science at Scitable
| website = www.nature.com
| archiveurl = https://web.archive.org/web/20151110112814/http://www.nature.com/scitable/definition/single-nucleotide-polymorphism-snp-295
| archivedate = 2015-11-10
| accessdate = 2015-11-13
}}</ref>

على سبيل المثال، في موضع أساسي معين في الجينوم البشري، قد يظهر [[سايتوسين|النوكليوتيد C]] في معظم الأفراد، ولكن في أقلية من الأفراد، يشغل هذا المنصب [[أدينين|A.]] هذا يعني أن هناك SNP في هذا الموضع المحدد، ويقال أن [[أليل (وراثة)|التنوعين]] المحتملين للنيوكليوتيدات - C أو A - هما [[أليل (وراثة)|الأليلات]] لهذا الموضع المحدد.

تحدد النيوكلوتايد SNPs الاختلافات في قابليتنا للإصابة بمجموعة واسعة من [[مرض|الأمراض]] (مثل [[فقر الدم المنجلي]] [[ثلاسيميا بيتا|والثلاسيميا بيتا]] [[تليف كيسي|والتليف الكيسي]] الناتج عن تعدد الأشكال). <ref name="refname">{{استشهاد بدورية محكمة|title=A specific chemical difference between the globins of normal human and sickle-cell anaemia haemoglobin|journal=Nature|volume=178|issue=4537|pages=792–4|date=October 1956|PMID=13369537|DOI=10.1038/178792a0|bibcode=1956Natur.178..792I}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=beta 0 thalassemia, a nonsense mutation in man|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=76|issue=6|pages=2886–9|date=June 1979|PMID=88735|PMCID=383714|DOI=10.1073/pnas.76.6.2886|bibcode=1979PNAS...76.2886C}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Cystic fibrosis patients bearing both the common missense mutation Gly----Asp at codon 551 and the delta F508 mutation are clinically indistinguishable from delta F508 homozygotes, except for decreased risk of meconium ileus|journal=American Journal of Human Genetics|volume=51|issue=2|pages=245–50|date=August 1992|PMID=1379413|PMCID=1682672}}</ref> تعد شدة المرض وطريقة استجابة الجسم للعلاج من مظاهر الاختلافات الجينية. على سبيل المثال، ترتبط الطفرة أحادية القاعدة في جين APOE ( [[صميم البروتين الشحمي E]] ) بانخفاض خطر الإصابة [[مرض آلزهايمر|بمرض الزهايمر]] . <ref name="ApoE">{{استشهاد بدورية محكمة|title=APOE and neuroenergetics: an emerging paradigm in Alzheimer's disease|journal=Neurobiology of Aging|volume=34|issue=4|pages=1007–17|date=April 2013|PMID=23159550|PMCID=3545040|DOI=10.1016/j.neurobiolaging.2012.10.011}}</ref>

'''المتغير أحادي النوكليوتيدات''' ( '''SNV''' ) هو تباين في نيوكليوتيد واحد دون أي قيود على التردد. يختلف SNV عن SNP لأنه عندما يتم اكتشاف SNV في عينة من كائن حي من نوع ما، فمن المحتمل أن يكون SNV SNP ولكن لا يمكن تحديد ذلك من كائن حي واحد فقط. <ref>[http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/clcgenomicsworkbench/700/Variant_types.html#:~:text=SNV%20is%20preferred%20over%20SNP,or%20more%20SNVs%20in%20succession.]</ref> <ref>[https://www.iso.org/standard/67893.html]</ref> ومع ذلك، فإن SNP يعني أن النيوكليوتيدات تختلف في مجموعة الكائنات الحية. قد تنشأ SNVs في الخلايا الجسدية. يمكن أيضًا [[طفرة جسدية|تسمية]] الاختلاف [[طفرة جسدية|الجسدي]] أحادي النوكليوتيدات (على سبيل المثال، الناجم عن السرطان) باسم '''تغيير النوكليوتيدات المفردة''' . تظهر SNVs بشكل شائع في التشخيص الجزيئي. على سبيل المثال، عند تصميم بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل للكشف عن الفيروسات، قد يحتوي الحمض النووي الريبي الفيروسي أو الحمض النووي في عينة مريض واحدة على SNVs.


== أنواع ==
== أنواع ==
قد يقع [[تعدد الأشكال (علم الأحياء)|تعدّد أشكال]] النوكليوتيد المفرد ضمن تسلسلات الترميز في [[مورثة|الجينات]]، أو [[دي أن إيه غير مشفر|مناطق غير الترميز]]، أو في المناطق بين الجينات. تعدد ألأشكال داخل تسلسل الترميز لا يغيّر بالضرورة تسلسل [[حمض أميني|الأحماض الأمينية]] في البروتين الناتج، وذلك بسبب صفة الانحلالية في الشفرة الوراثية.
قد يقع [[تعدد الأشكال (علم الأحياء)|تعدّد أشكال]] النوكليوتيد المفرد ضمن تسلسلات الترميز في [[مورثة|الجينات]]، أو [[دي أن إيه غير مشفر|مناطق غير الترميز]]، أو في المناطق بين الجينات. تعدد ألأشكال داخل تسلسل الترميز لا يغيّر بالضرورة تسلسل [[حمض أميني|الأحماض الأمينية]] في البروتين الناتج، وذلك بسبب صفة الانحلالية في الشفرة الوراثية.
{| class="infobox"
!أنواع النيوكلوتايد
|-
|
* [[دي أن إيه غير مشفر|منطقة غير مشفرة]]
* [[منطقة مشفرة|منطقة الترميز]]
** [[استبدال ترادفي|مرادف]]
** [[استبدال لاترادفي|غير مرادف]]
*** [[طفرة مغلطة|Missense]]
*** [[طفرة هراء|كلام فارغ]]
|}
وحيدة النكليوتيد [[تعدد الأشكال (علم الأحياء)|تعدد الأشكال]] قد تدخل في الترميز تسلسل [[جين|الجينات]]، [[دي أن إيه غير مشفر|مناطق الجينات غير الترميز]]، أو في [[منطقة بين الجينات|المناطق بين الجينات]] (المناطق بين الجينات). لا تغير النيوكلوتايد ضمن تسلسل تشفير بالضرورة تسلسل [[حمض أميني|الأحماض الأمينية]] [[بروتين|للبروتين]] الذي يتم إنتاجه، بسبب [[شيفرة جينية|انحطاط الكود الجيني]] .

تنقسم SNPs في منطقة الترميز إلى نوعين: SNPs مترادفة وغير مترادفة. لا تؤثر SNPs المترادفة على تسلسل البروتين، بينما تغير SNPs غير المترادفة تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين. إن SNPs غير المترادفة من نوعين: [[طفرة مغلطة|خطأ]] [[طفرة هراء|وهراء]] .

قد لا تزال النيوكلوتايد غير الموجودة في مناطق ترميز البروتين تؤثر على [[حمض نووي معاد التركيب|الربط الجيني]] أو [[عامل نسخ|ارتباط عامل النسخ]] أو تدهور [[حمض نووي ريبوزي رسول|الرنا المرسال]] أو تسلسل الحمض النووي الريبي غير المشفر. يشار إلى التعبير الجيني المتأثر بهذا النوع من SNP على أنه eSNP (تعبير SNP) وقد يكون في المنبع أو المصب من الجين.

== التطبيقات ==

* يمكن [[ترابط جيني|لدراسات الجمعية]] تحديد ما إذا كان المتغير الجيني مرتبطًا بمرض أو سمة. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Haplotype block partitioning and tag SNP selection using genotype data and their applications to association studies|journal=Genome Research|volume=14|issue=5|pages=908–16|date=May 2004|PMID=15078859|PMCID=479119|DOI=10.1101/gr.1837404}}</ref>
* علامة SNP عبارة عن تعدد أشكال أحادي النوكليوتيدات تمثيلي في منطقة من الجينوم مع [[اختلال التوازن الارتباطي|اختلال توازن]] عالي [[اختلال التوازن الارتباطي|الارتباط]] ( [[اختلال التوازن الارتباطي|الارتباط]] غير العشوائي للأليلات في موقعين أو أكثر). تعد Tag SNPs مفيدة في دراسات ارتباط SNP للجينوم الكامل، حيث يتم التنميط الجيني لمئات الآلاف من SNPs عبر الجينوم بأكمله.
* رسم خرائط [[نمط فرداني|النمط الفردي]] : يمكن تجميع مجموعات من الأليلات أو تسلسلات الحمض النووي بحيث يتمكن SNP الفردي من تحديد العديد من تعدد الأشكال المرتبطة.
* يشير [[اختلال التوازن الارتباطي|اختلال التوازن]] (LD)، وهو مصطلح يستخدم في علم الوراثة السكانية، إلى ارتباط غير عشوائي للأليلات في موقعين أو أكثر، وليس بالضرورة على نفس الكروموسوم. يشير إلى ظاهرة تميل أن يتم توريث أليل SNP أو تسلسل الحمض النووي المتقاربين في الجينوم معًا. يمكن أن تتأثر صعوبة التعلم بمعلمين (من بين عوامل أخرى، مثل التقسيم الطبقي للسكان): 1) المسافة بين الأشكال المتعددة الأشكال [كلما كانت المسافة أكبر، كلما انخفض LD]. 2) معدل إعادة التركيب [كلما انخفض معدل إعادة التركيب، زاد LD]. <ref name="Gupta">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Single nucleotide polymorphisms: a new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism detection with emphasis on their use in plants|url=https://www.researchgate.net/publication/229085137|journal=Current Science|volume=80|issue=4|pages=524–535|date=25 February 2001|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170213091838/https://www.researchgate.net/publication/229085137_Single_nucleotide_polymorphisms_a_new_paradigm_for_molecular_marker_technology_and_DNA_polymorphism_detection_with_emphasis_on_their_use_in_plantsPK_Gupta_JK_Roy_M_PrasadCurr_Sci_80_4_524-35|archivedate=13 February 2017}}</ref>

== تكرار ==
تم العثور على أكثر من 335 مليون SNPs عبر البشر من مجموعات سكانية متعددة. يختلف الجينوم النموذجي عن الجينوم البشري المرجعي في 4 إلى 5 ملايين موقع، معظمها (أكثر من 99.9٪) تتكون من تعدد الأشكال (SNPs) و [[إنديل|indels]] القصيرة. <ref name="100genome">{{استشهاد بدورية محكمة|title=A global reference for human genetic variation|journal=Nature|volume=526|issue=7571|pages=68–74|date=October 2015|PMID=26432245|PMCID=4750478|DOI=10.1038/nature15393|bibcode=2015Natur.526...68T}}</ref>

=== داخل الجينوم ===
التوزيع الجيني للنيوكليوتيدات SNPs ليس متجانسًا ؛ تحدث النيوكلوتايد في [[دي أن إيه غير مشفر|المناطق غير المشفرة]] بشكل متكرر أكثر من [[منطقة مشفرة|المناطق المشفرة]] أو، بشكل عام، حيث يعمل الانتقاء الطبيعي و "يثبت" [[أليل (وراثة)|الأليل]] (استبعاد المتغيرات الأخرى) من SNP الذي يشكل التكيف الجيني الأكثر ملاءمة. <ref name="Barreiro2">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Natural selection has driven population differentiation in modern humans|journal=Nature Genetics|volume=40|issue=3|pages=340–5|date=March 2008|PMID=18246066|DOI=10.1038/ng.78}}</ref> يمكن لعوامل أخرى، مثل [[إعادة التركيب الجيني]] ومعدل الطفرات، أن تحدد كثافة SNP. <ref name="Nachman2">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Single nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans|journal=Trends in Genetics|volume=17|issue=9|pages=481–5|date=September 2001|PMID=11525814|DOI=10.1016/S0168-9525(01)02409-X}}</ref>

يمكن التنبؤ بكثافة SNP من خلال وجود [[التكرارات المترادفة القصيرة|سواتل مكروية]] : [[التكرارات المترادفة القصيرة|السواتل الدقيقة]] AT على وجه الخصوص هي مؤشرات قوية لكثافة SNP، مع وجود مساحات تكرار طويلة (AT) (n) في مناطق ذات كثافة SNP منخفضة بشكل كبير [[محتوى GC|ومحتوى GC]] منخفض. <ref name="Varela">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Heterogeneous distribution of SNPs in the human genome: microsatellites as predictors of nucleotide diversity and divergence|journal=Genomics|volume=95|issue=3|pages=151–9|date=March 2010|PMID=20026267|DOI=10.1016/j.ygeno.2009.12.003}}</ref>

=== ضمن السكان ===
هناك اختلافات بين البشر، لذلك قد يكون أليل SNP الشائع في مجموعة جغرافية أو عرقية أكثر ندرة في مجموعة أخرى. ضمن مجموعة سكانية، يمكن تخصيص [[تردد أليل طفيف|تواتر أليل ثانوي لـ]] SNPs - أدنى تردد أليل في [[موقع كروموسومي|موضع]] لوحظ في مجتمع معين. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Enrichment of Minor Alleles of Common SNPs and Improved Risk Prediction for Parkinson's Disease|journal=PLOS ONE|volume=10|issue=7|pages=e0133421|date=2015-07-24|PMID=26207627|PMCID=4514478|DOI=10.1371/journal.pone.0133421|bibcode=2015PLoSO..1033421Z}}</ref> هذا هو ببساطة أقل ترددين من الأليل لتعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات.

مع هذه المعرفة، طور العلماء طرقًا جديدة في تحليل الهياكل السكانية في الأنواع الأقل دراسة. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Hivert|date=2018-07-30|DOI=10.1534/genetics.118.300900|pages=315–330|issue=1|volume=210|journal=Genetics|url=http://dx.doi.org/10.1534/genetics.118.300900|title=Measuring Genetic Differentiation from Pool-seq Data|first5=Renaud|first=Valentin|last5=Vitalis|first4=Mathieu|last4=Gautier|first3=Eric J.|last3=Petit|first2=Raphaël|last2=Leblois|issn=0016-6731}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Ekblom|first=R|last2=Galindo|first2=J|date=2010-12-08|title=Applications of next generation sequencing in molecular ecology of non-model organisms|url=http://dx.doi.org/10.1038/hdy.2010.152|journal=Heredity|volume=107|issue=1|pages=1–15|DOI=10.1038/hdy.2010.152|issn=0018-067X}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Ellegren|first=Hans|date=January 2014|title=Genome sequencing and population genomics in non-model organisms|url=http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2013.09.008|journal=Trends in Ecology & Evolution|volume=29|issue=1|pages=51–63|DOI=10.1016/j.tree.2013.09.008|issn=0169-5347}}</ref> باستخدام تقنيات التجميع، يتم تخفيض تكلفة التحليل بشكل كبير.{{بحاجة لمصدر|date=October 2020}} هذه التقنيات على تسلسل مجتمع ما في عينة مجمعة بدلاً من تسلسل كل فرد داخل المجتمع بنفسه. مع أدوات المعلوماتية الحيوية الجديدة، هناك إمكانية للتحقيق في بنية السكان وتدفق الجينات وهجرة الجينات من خلال مراقبة ترددات الأليل داخل السكان بالكامل. مع هذه البروتوكولات، هناك إمكانية للجمع بين مزايا SNPs وعلامات القمر الصناعي الصغيرة. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Dorant|date=2019|PMCID=6580275|issn=2045-7758|DOI=10.1002/ece3.5240|pages=6606–6623|issue=11|volume=9|language=en|journal=Ecology and Evolution|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ece3.5240|title=Comparing Pool-seq, Rapture, and GBS genotyping for inferring weak population structure: The American lobster (Homarus americanus) as a case study|first7=Louis|first=Yann|last7=Bernatchez|first6=Rémy|last6=Rochette|first5=Brian|last5=Boyle|first4=Eric|last4=Normandeau|first3=Quentin|last3=Rougemont|first2=Laura|last2=Benestan|PMID=31236247}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Vendrami|last8=Leese|PMCID=5367306|DOI=10.1098/rsos.160548|pages=160548|issue=2|volume=4|journal=Royal Society Open Science|url=https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsos.160548|title=RAD sequencing resolves fine-scale population structure in a benthic invertebrate: implications for understanding phenotypic plasticity|first9=Carrie|last9=McMinn|first8=Florian|first7=M. S.|first=David L. J.|last7=Clark|first6=Katrin|last6=Lehman|first5=Katie|last5=Fawcett|first4=Martina|last4=Weiss|first3=Hannah|last3=Weigand|first2=Luca|last2=Telesca|PMID=28386419}}</ref> ومع ذلك، هناك معلومات مفقودة في العملية مثل عدم توازن الارتباط ومعلومات الزيجوزية.

== أهمية ==
يمكن أن تؤثر الاختلافات في تسلسل الحمض النووي للبشر على كيفية تطور البشر [[مرض|للأمراض]] والاستجابة [[ممراض|لمسببات الأمراض]] [[مادة كيميائية|والمواد الكيميائية]] [[دواء|والأدوية]] [[لقاح|واللقاحات]] والعوامل الأخرى. تعد SNPs ضرورية أيضًا [[طب شخصي|للطب الشخصي]] . <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|first=Bruce|last=Carlson|title=SNPs — A Shortcut to Personalized Medicine|url=http://www.genengnews.com/gen-articles/snps-a-shortcut-to-personalized-medicine/2507/|journal=[[Mary Ann Liebert, Inc.]]|date=15 June 2008|accessdate=2008-07-06|volume=28|issue=12|quote=(subtitle) Medical applications are where the market's growth is expected|archiveurl=https://web.archive.org/web/20101226164858/http://www.genengnews.com/gen-articles/snps-a-shortcut-to-personalized-medicine/2507|archivedate=26 December 2010}}</ref> تشمل الأمثلة الأبحاث الطبية الحيوية، والطب الشرعي، وعلم الوراثة الدوائية، وسببية المرض، على النحو المبين أدناه.

=== الأبحاث السريرية ===
تكمن الأهمية الكبرى لـ SNPs في البحث السريري في مقارنة مناطق الجينوم بين [[مجموعة نموذجية|المجموعات]] (مثل الأفواج المتطابقة مع وبدون مرض) في [[دراسة الترابط الجينومي الكامل|دراسات الارتباط على مستوى الجينوم]] . تم استخدام SNPs في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم كعلامات عالية الدقة في [[خارطة جينية|رسم خرائط الجينات]] المتعلقة بالأمراض أو السمات الطبيعية. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|displayauthors=6|title=Application of a high-resolution genetic map for chromosome-scale genome assembly and fine QTLs mapping of seed size and weight traits in castor bean|journal=Scientific Reports|volume=9|issue=1|pages=11950|date=August 2019|PMID=31420567|PMCID=6697702|DOI=10.1038/s41598-019-48492-8|bibcode=2019NatSR...911950Y}}</ref> لا تزال النيوكلوتايد التي ليس لها تأثير ملحوظ على النمط الظاهري (ما يسمى [[طفرات صامتة|الطفرات الصامتة]] ) مفيدة كواسمات جينية في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم، بسبب كميتها واستقرار وراثتها عبر الأجيال. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers|journal=BMC Bioinformatics|volume=12 Suppl 4|pages=S4|year=2011|PMID=21992066|PMCID=3194196|DOI=10.1186/1471-2105-12-S4-S4}}</ref>

=== التحاليل الجنائية ===
تم استخدام النيوكلوتايد في البداية لمطابقة عينة من الحمض النووي الشرعي مع المشتبه به ولكن تم التخلص منها تدريجياً مع تطوير تقنيات [[بصمة وراثية|بصمة الحمض النووي]] القائمة على [[التكرارات المترادفة القصيرة|STR]] . <ref>{{استشهاد بكتاب|author1=Butler|first=John M.|title=Fundamentals of forensic DNA typing|date=2010|publisher=Elsevier/Academic Press|place=Burlington, MA|ISBN=9780080961767}}</ref> قد تسمح تقنيات [[تسلسل الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين|تسلسل الجيل التالي]] (NGS) الحالية باستخدام أفضل للتنميط الجيني SNP في تطبيق الطب الشرعي طالما يتم تجنب المواقع الإشكالية. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Forensic SNP Genotyping using Nanopore MinION Sequencing|journal=Scientific Reports|volume=7|pages=41759|date=February 2017|PMID=28155888|PMCID=5290523|DOI=10.1038/srep41759|bibcode=2017NatSR...741759C}}</ref> في المستقبل، يمكن استخدام تعدد الأشكال في الطب الشرعي لبعض القرائن النمطية مثل لون العين، ولون الشعر، والعرق، وما إلى ذلك. كيد وآخرون. أظهر أن مجموعة من 19 تعدد الأشكال يمكن أن تحدد المجموعة العرقية ذات الاحتمالية الجيدة للمطابقة (Pm = 10 <sup>−7</sup> ) في 40 مجموعة سكانية تمت دراستها. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Developing a SNP panel for forensic identification of individuals|journal=Forensic Science International|volume=164|issue=1|pages=20–32|date=December 2006|PMID=16360294|DOI=10.1016/j.forsciint.2005.11.017}}</ref> أحد الأمثلة على كيف يمكن أن يكون هذا مفيدًا في مجال إعادة البناء الفني لمظاهر محتملة قبل الوفاة لبقايا هيكل عظمي لأفراد مجهولين. على الرغم من أن إعادة بناء الوجه يمكن أن تكون دقيقة إلى حد ما بناءً على السمات الأنثروبولوجية، إلا أن البيانات الأخرى التي قد تسمح بتمثيل أكثر دقة تشمل لون العين ولون البشرة ولون الشعر وما إلى ذلك.

في حالة وجود كمية منخفضة من عينة الطب الشرعي أو عينة متدهورة، يمكن أن تكون طرق SNP بديلاً جيدًا لطرق المعاملات المشبوهة نظرًا لوفرة الواسمات المحتملة، وإمكانية التشغيل الآلي، واحتمال تقليل طول الجزء المطلوب إلى 60-80 نقطة أساس فقط . <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Forensically relevant SNP classes|journal=BioTechniques|volume=44|issue=5|pages=603–8, 610|date=April 2008|PMID=18474034|DOI=10.2144/000112806|url=http://epublications.bond.edu.au/cgi/viewcontent.cgi?article=1212&context=hsm_pubs}}</ref> في حالة عدم وجود تطابق STR في قاعدة بيانات ملفات [[بصمة وراثية|تعريف الحمض النووي]] ؛ يمكن استخدام أشكال تعدد الأشكال المختلفة للحصول على أدلة بخصوص العرق والنمط الظاهري والنسب وحتى الهوية.

=== علم الوراثة الدوائية ===
ترتبط بعض أشكال النيوكلوتايد مع استقلاب الأدوية المختلفة. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Clinical relevance of genetic polymorphisms in the human CYP2C subfamily|journal=British Journal of Clinical Pharmacology|volume=52|issue=4|pages=349–55|date=October 2001|PMID=11678778|PMCID=2014584|DOI=10.1046/j.0306-5251.2001.01499.x}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=CYP2C9 genotype as a predictor of drug disposition in humans|journal=Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology|volume=26|issue=6|pages=463–72|date=July–August 2004|PMID=15349140}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Functional SNPs of the breast cancer resistance protein-therapeutic effects and inhibitor development|journal=Cancer Letters|volume=234|issue=1|pages=73–80|date=March 2006|PMID=16303243|DOI=10.1016/j.canlet.2005.04.039}}</ref> يمكن أن تكون SNP طفرات، مثل الحذف، والتي يمكن أن تثبط أو تعزز النشاط الأنزيمي ؛ يمكن أن يؤدي مثل هذا التغيير في النشاط الأنزيمي إلى انخفاض معدلات التمثيل الغذائي للدواء. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Butler|first=Merlin G.|date=2018|title=Pharmacogenetics and Psychiatric Care: A Review and Commentary|journal=Journal of Mental Health & Clinical Psychology|volume=2|issue=2|pages=17–24|PMCID=6291002|PMID=30556062|DOI=10.29245/2578-2959/2018/2.1120}}</ref> جمعية مجموعة واسعة من الأمراض التي تصيب الإنسان مثل [[سرطان|السرطان]]، [[عدوى|الأمراض المعدية]] ( [[إيدز|الإيدز]]، [[جذام|الجذام]]، [[التهاب كبدي|التهاب الكبد]]، الخ) [[مناعة ذاتية|المناعة الذاتية]]، [[طب النفس العصبي|العصبية]] وأمراض أخرى كثيرة مع تعدد الأشكال المختلفة التي يمكن أن يتم حسب ذات الصلة [[علم الصيدلة الجيني]] أهداف لعلاج المخدرات. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Single-nucleotide polymorphism in genome-wide association of human population: A tool for broad spectrum service|journal=Egyptian Journal of Medical Human Genetics|volume=14|issue=2|pages=123–134|date=April 2013|DOI=10.1016/j.ejmhg.2012.08.001}}</ref>

=== مرض ===
قد يتسبب SNP الفردي في [[اضطراب جيني|مرض مندلي]]، على الرغم من أنه بالنسبة [[اضطراب جيني|للأمراض المعقدة]]، لا تعمل SNPs بشكل فردي، بدلاً من ذلك، فهي تعمل بالتنسيق مع SNPs الأخرى لإظهار حالة مرضية كما لوحظ في [[هشاشة العظام]] . <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=SNP-SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal osteoporosis|journal=Rheumatology International|volume=31|issue=3|pages=421–3|date=March 2011|PMID=20340021|DOI=10.1007/s00296-010-1449-7}}</ref> كان أحد أولى النجاحات في هذا المجال هو العثور على طفرة أساسية واحدة في المنطقة غير المشفرة من APOC3 (جين صميم البروتين الشحمي C3) الذي يرتبط بمخاطر أعلى للإصابة بارتفاع شحوم الدم وتصلب الشرايين. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=DNA polymorphism adjacent to human apoprotein A-1 gene: relation to hypertriglyceridaemia|journal=Lancet|volume=1|issue=8322|pages=444–6|date=February 1983|PMID=6131168|DOI=10.1016/S0140-6736(83)91440-X}}</ref>

يمكن أن يكون لجميع أنواع النيوكلوتايد (SNPs) نمط ظاهري يمكن ملاحظته أو يمكن أن يؤدي إلى مرض:

* يمكن أن تظهر تعدد الأشكال في [[دي أن إيه غير مشفر|المناطق غير المشفرة]] في خطر أعلى للإصابة بالسرطان، <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Regulatory Variants and Disease: The E-Cadherin -160C/A SNP as an Example|journal=Molecular Biology International|volume=2014|pages=967565|date=2014|PMID=25276428|PMCID=4167656|DOI=10.1155/2014/967565}}</ref> وقد تؤثر على بنية الرنا المرسال وقابلية الإصابة بالأمراض. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=IFNL3 mRNA structure is remodeled by a functional non-coding polymorphism associated with hepatitis C virus clearance|journal=Scientific Reports|volume=5|pages=16037|date=November 2015|PMID=26531896|PMCID=4631997|DOI=10.1038/srep16037|bibcode=2015NatSR...516037L}}</ref> يمكن أن تغير SNPs غير المشفرة أيضًا مستوى [[تعبير جيني|التعبير]] عن الجين، مثل [[eQTL]] (التعبير عن موضع السمة الكمية).
* SNPs في [[منطقة مشفرة|مناطق الترميز]] :
** لا تؤدي [[استبدال ترادفي|البدائل المترادفة]] بحكم التعريف إلى تغيير الأحماض الأمينية في البروتين، ولكنها لا تزال تؤثر على وظيفتها بطرق أخرى. من الأمثلة على ذلك حدوث طفرة صامتة على ما يبدو في جين المقاومة للأدوية المتعددة 1 ( [[بروتين سكري-P|MDR1]] )، والذي يرمز لمضخة غشاء خلوي تطرد الأدوية من الخلية، ويمكن أن تبطئ الترجمة وتسمح لسلسلة الببتيد بالانطواء لتشكل غير عادي تكون المضخة الطافرة أقل فاعلية (في بروتين MDR1 على سبيل المثال يغير تعدد الأشكال C1236T كودون GGC إلى GGT في موضع الأحماض الأمينية 412 من عديد الببتيد (كلاهما يشفر الجلايسين) ويغير تعدد الأشكال C3435T ATC إلى ATT في الموضع 1145 (كلاهما يشفر isoleucine)). <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=A "silent" polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity|journal=Science|volume=315|issue=5811|pages=525–8|date=January 2007|PMID=17185560|DOI=10.1126/science.1135308|bibcode=2007Sci...315..525K|url=https://zenodo.org/record/1230874}}</ref>
** [[استبدال لاترادفي|بدائل مجهولة]] :
*** [[طفرة مغلطة|خطأ]] - يؤدي التغيير الفردي في القاعدة إلى تغيير في الأحماض الأمينية للبروتين وخللها الذي يؤدي إلى المرض (egc1580G> T SNP في جين [[LMNA]] - الموضع 1580 (nt) في تسلسل DNA (CGT codon) مما يؤدي إلى استبدال [[غوانين|الجوانين]] مع [[ثايمين|الثايمين]]، ينتج كودون CTT في تسلسل الحمض النووي، ينتج على مستوى البروتين في استبدال [[أرجنين|الأرجينين]] [[ليوسين|بالليوسين]] في الموضع 527، <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=A novel homozygous p.Arg527Leu LMNA mutation in two unrelated Egyptian families causes overlapping mandibuloacral dysplasia and progeria syndrome|journal=European Journal of Human Genetics|volume=20|issue=11|pages=1134–40|date=November 2012|PMID=22549407|PMCID=3476705|DOI=10.1038/ejhg.2012.77}}</ref> على مستوى [[نمط ظاهري|النمط الظاهري،]] يتجلى هذا في تداخل [[خلل التنسج الفكي العجزي|خلل التنسج الفك السفلي ومتلازمة]] [[شيخوخة مبكرة|الشيخوخة المبكرة]] )
*** [[طفرة هراء|هراء]] - [[طفرة نقطية|نقطة تحول]] في تسلسل الحمض النووي الذي ينتج عنه سابق لأوانه [[كودون توقف|كودون وقف]]، أو ''كودون هراء'' في [[نسخ (وراثة)|كتب]] [[حمض نووي ريبوزي رسول|مرنا]]، وفي [[اقتطاع]]، غير مكتملة، والبروتين المنتج عادة لا يعمل (على سبيل المثال [[تليف كيسي|التليف الكيسي]] الناجم عن طفرة G542X في جين منظم توصيل [[منظم موصلية التليف الكيسي عبر الغشاء|غشاء التليف الكيسي]] ). <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=CFTR mutation analysis and haplotype associations in CF patients|journal=Molecular Genetics and Metabolism|volume=105|issue=2|pages=249–54|date=February 2012|PMID=22137130|PMCID=3551260|DOI=10.1016/j.ymgme.2011.10.013}}</ref>

== أمثلة ==

* [[6311 روبية هندية|rs6311]] و [[6313 روبية هندية|rs6313]] هما SNPs في جين [[مستقبل 5-HT2A|مستقبلات السيروتونين 5-HT2A]] على الكروموسوم البشري 13. <ref name="GieglingI2006Anger">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Anger- and aggression-related traits are associated with polymorphisms in the 5-HT-2A gene|journal=Journal of Affective Disorders|volume=96|issue=1–2|pages=75–81|date=November 2006|PMID=16814396|DOI=10.1016/j.jad.2006.05.016}}</ref>
* يسبب [[العامل الخامس لايدن|عامل]] SNP في جين ''[[العامل الخامس|F5]]'' [[العامل الخامس لايدن|أهبة التخثر للعامل الخامس لايدن.]] <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Factor V Leiden thrombophilia|journal=Genetics in Medicine|volume=13|issue=1|pages=1–16|date=January 2011|PMID=21116184|DOI=10.1097/GIM.0b013e3181faa0f2}}</ref>
* rs3091244 هو مثال على SNP التجريبي في جين [[البروتين المتفاعل-C|CRP]] على الكروموسوم البشري 1. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Genotyping of triallelic SNPs using TaqMan PCR|journal=Molecular and Cellular Probes|volume=21|issue=3|pages=171–6|date=June 2007|PMID=17161935|DOI=10.1016/j.mcp.2006.10.005}}</ref>
* رموز [[TAS2R38]] لقدرة تذوق [[فينيل ثيوكارباميد|PTC]]، وتحتوي على 6 SNPs مشروحة. <ref name="pmid15466815">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Bitter taste study in a sardinian genetic isolate supports the association of phenylthiocarbamide sensitivity to the TAS2R38 bitter receptor gene|journal=Chemical Senses|volume=29|issue=8|pages=697–702|date=October 2004|PMID=15466815|DOI=10.1093/chemse/bjh074}}</ref>
* rs148649884 و rs138055828 في ترميز الجين ''[[FCN1]]'' M-ficolin شلّ قدرة ربط الترابط الخاص بـ M-ficolin المؤتلف. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Non-synonymous polymorphisms in the FCN1 gene determine ligand-binding ability and serum levels of M-ficolin|journal=PLOS ONE|volume=7|issue=11|pages=e50585|date=28 November 2012|PMID=23209787|PMCID=3509001|DOI=10.1371/journal.pone.0050585|bibcode=2012PLoSO...750585A}}</ref>
* [[إنترون|يرتبط]] SNP [[إنترون|intronic]] في جين [[ترميم الدنا غير المتطابق|إصلاح عدم تطابق الحمض النووي]] ''[[PMS2]]'' (rs1059060، Ser775Asn) بزيادة [[تضرر الدنا الطبيعي|تلف الحمض النووي]] [[حيوان منوي|للحيوانات المنوية]] وخطر الإصابة [[العقم عند الرجل|بالعقم عند الذكور]] . <ref name="pmid22594646">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Common variants in mismatch repair genes associated with increased risk of sperm DNA damage and male infertility|journal=BMC Medicine|volume=10|pages=49|date=May 2012|PMID=22594646|PMCID=3378460|DOI=10.1186/1741-7015-10-49}}</ref>

== قواعد بيانات ==
كما هو الحال بالنسبة للجينات، توجد قواعد بيانات [[معلوماتية حيوية|المعلوماتية الحيوية]] لـ SNPs.

* ''[[قاعدة بيانات تعدد أشكال النكليوتيدات الفردية|dbSNP]]'' هي قاعدة بيانات SNP من [[المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية|المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية]] (NCBI). {{اعتبارا من|2015|6|8}} ، سجل dbSNP 149.735.377 تعدد الأشكال في البشر. <ref>National Center for Biotechnology Information, United States National Library of Medicine. 2014. NCBI dbSNP build 142 for human. {{استشهاد ويب
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/dbsnp-announce/2014q4/000147.html
| title = &#91;DBSNP-announce&#93; DBSNP Human Build 142 (GRCh38 and GRCh37.p13)
| archiveurl = https://web.archive.org/web/20170910221732/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/dbsnp-announce/2014q4/000147.html
| archivedate = 2017-09-10
| accessdate = 2017-09-11
}}</ref> <ref>National Center for Biotechnology Information, United States National Library of Medicine. 2015. NCBI dbSNP build 144 for human. Summary Page. {{استشهاد ويب
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_summary.cgi?view+summary=view+summary&build_id=144
| title = DBSNP Summary
| archiveurl = https://web.archive.org/web/20170910221718/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_summary.cgi?view+summary=view+summary&build_id=144
| archivedate = 2017-09-10
| accessdate = 2017-09-11
}}</ref>
* ''[http://db.systemsbiology.net/kaviar/ Kaviar]'' <ref name="Kaviar: an accessible system for testing SNV novelty">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Kaviar: an accessible system for testing SNV novelty|journal=Bioinformatics|volume=27|issue=22|pages=3216–7|date=November 2011|PMID=21965822|PMCID=3208392|DOI=10.1093/bioinformatics/btr540}}</ref> عبارة عن خلاصة وافية لـ SNPs من مصادر بيانات متعددة بما في ذلك dbSNP.
* ''[[SNPedia]]'' هي قاعدة بيانات على غرار الويكي تدعم شرح الجينوم الشخصي وتفسيره وتحليله.
* تصف قاعدة بيانات ''[[الوراثة المندلية البشرية عبر الإنترنت|OMIM]]'' العلاقة بين تعدد الأشكال والأمراض (على سبيل المثال، تعطي الأمراض في شكل نصي)
* dbSAP - قاعدة بيانات أحادية لتعدد أشكال الأحماض الأمينية للكشف عن اختلاف البروتين <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=dbSAP: single amino-acid polymorphism database for protein variation detection|journal=Nucleic Acids Research|volume=45|issue=D1|pages=D827–D832|date=January 2017|PMID=27903894|PMCID=5210569|DOI=10.1093/nar/gkw1096}}</ref>
* توفر قاعدة بيانات طفرة الجينات البشرية الطفرات الجينية التي تسبب أو ترتبط بأمراض وراثية للإنسان و SNPs الوظيفية
* [[مشروع هاب ماب الدولي|مشروع HapMap الدولي]]، حيث يقوم الباحثون بتحديد [[علامة SNP|علامة SNPs]] لتكون قادرة على تحديد مجموعة [[نمط فرداني|الأنماط الفردانية]] الموجودة في كل موضوع.
* يسمح [[GWAS سنترال|GWAS Central]] للمستخدمين بالتحقيق بصريًا في بيانات الارتباط الفعلية على مستوى الملخص في دراسة أو أكثر [[دراسة الترابط الجينومي الكامل|من دراسات الارتباط على مستوى الجينوم]] .

قامت مجموعة عمل خريطة SNP الدولية بتعيين التسلسل الذي يحيط بكل SNP من خلال المحاذاة مع التسلسل الجيني للنسخ كبيرة الإدراج في Genebank. تم تحويل هذه المحاذاة إلى إحداثيات كروموسومية كما هو موضح في الجدول 1. <ref name="A Map of human genome sequence variation containing 1.42 million single-nucleotide polymorphisms">{{استشهاد بدورية محكمة|title=A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms|journal=Nature|volume=409|issue=6822|pages=928–33|date=February 2001|PMID=11237013|DOI=10.1038/35057149|bibcode=2001Natur.409..928S}}</ref> زادت هذه القائمة بشكل كبير منذ ذلك الحين، على سبيل المثال، تسرد قاعدة بيانات Kaviar الآن 162 مليون متغير للنيوكليوتيدات المفردة (SNVs).
{| class="wikitable"
!كروموسوم
!الطول (bp)
!تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة
!
![[:en:SNP_Consortium|تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة]] SNPs
!
|-
|
|
|إجمالي SNPs
|kb per SNP
|إجمالي SNPs
|kb per SNP
|-
|1
|214,066,000
|129,931
|1.65
|75,166
|2.85
|-
|2
|222,889,000
|103,664
|2.15
|76,985
|2.90
|-
|3
|186,938,000
|93,140
|2.01
|63,669
|2.94
|-
|4
|169,035,000
|84,426
|2.00
|65,719
|2.57
|-
|5
|170,954,000
|117,882
|1.45
|63,545
|2.69
|-
|6
|165,022,000
|96,317
|1.71
|53,797
|3.07
|-
|7
|149,414,000
|71,752
|2.08
|42,327
|3.53
|-
|8
|125,148,000
|57,834
|2.16
|42,653
|2.93
|-
|9
|107,440,000
|62,013
|1.73
|43,020
|2.50
|-
|10
|127,894,000
|61,298
|2.09
|42,466
|3.01
|-
|11
|129,193,000
|84,663
|1.53
|47,621
|2.71
|-
|12
|125,198,000
|59,245
|2.11
|38,136
|3.28
|-
|13
|93,711,000
|53,093
|1.77
|35,745
|2.62
|-
|14
|89,344,000
|44,112
|2.03
|29,746
|3.00
|-
|15
|73,467,000
|37,814
|1.94
|26,524
|2.77
|-
|16
|74,037,000
|38,735
|1.91
|23,328
|3.17
|-
|17
|73,367,000
|34,621
|2.12
|19,396
|3.78
|-
|18
|73,078,000
|45,135
|1.62
|27,028
|2.70
|-
|19
|56,044,000
|25,676
|2.18
|11,185
|5.01
|-
|20
|63,317,000
|29,478
|2.15
|17,051
|3.71
|-
|21
|33,824,000
|20,916
|1.62
|9,103
|3.72
|-
|22
|33,786,000
|28,410
|1.19
|11,056
|3.06
|-
|X
|131,245,000
|34,842
|3.77
|20,400
|6.43
|-
|Y
|21,753,000
|4,193
|5.19
|1,784
|12.19
|-
|مرجع
|15,696,674
|14,534
|1.08
|-
|الإجمالي
|2,710,164,000
|1,419,190
|1.91
|887,450
|3.05
|}

== التسمية ==
[[ملف:Types_of_SNP_new1.png|وصلة=https://ar.wikipedia.org/wiki/%D9%85%D9%84%D9%81:Types_of_SNP_new1.png|تصغير|400x400بك|أنواع تعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات (SNPs)]]
يمكن أن تكون التسمية الخاصة بـ SNPs مربكة: يمكن أن توجد العديد من الاختلافات لـ SNP الفردي، ولم يتم تحقيق الإجماع بعد.

معيار rs ### هو الذي تم تبنيه من قبل [[قاعدة بيانات تعدد أشكال النكليوتيدات الفردية|dbSNP]] ويستخدم البادئة "rs"، لـ "مرجع SNP"، متبوعًا برقم فريد وتعسفي. <ref>{{استشهاد بكتاب|title=SNP FAQ Archive|place=Bethesda (MD)|publisher=U.S. National Center for Biotechnology Information|chapterurl=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK44417/|chapter=Clustered RefSNPs (rs) and Other Data Computed in House|date=2005}}</ref> غالبًا ما يشار إلى SNPs برقم dbSNP rs الخاص بهم، كما في الأمثلة أعلاه.

تستخدم جمعية تباين الجينوم البشري (HGVS) معيارًا ينقل المزيد من المعلومات حول SNP. الأمثلة هي:

* c.76A &#x3E; T: "c." لمنطقة التشفير، متبوعًا برقم لموضع النيوكليوتيدات، متبوعًا باختصار من حرف واحد للنيوكليوتيدات (A، C، G، T أو U)، متبوعًا بعلامة أكبر من (">") للإشارة استبدال، متبوعًا باختصار النيوكليوتيد الذي يحل محل السابق <ref /> <ref /> <ref />

* ص. Ser123Arg: "ص" للبروتين، متبوعًا باختصار مكون من ثلاثة أحرف للحمض الأميني، متبوعًا برقم لموضع الحمض الأميني، متبوعًا باختصار الحمض الأميني الذي يحل محل الأول. <ref />

== تحليل SNP ==
عادة ما تكون SNPs ثنائية النواة وبالتالي يسهل فحصها. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms|journal=Nature|volume=409|issue=6822|pages=928–33|date=February 2001|PMID=11237013|DOI=10.1038/35057149|bibcode=2001Natur.409..928S}}</ref> تتضمن الطرق التحليلية لاكتشاف أشكال تعدد الأشكال الجديدة واكتشاف أشكال تعدد الأشكال المعروفة:

* [[تسلسل الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين|تسلسل الحمض النووي]]. <ref name="PMID_11029002">{{استشهاد بدورية محكمة|title=An SNP map of the human genome generated by reduced representation shotgun sequencing|journal=Nature|volume=407|issue=6803|pages=513–6|date=September 2000|PMID=11029002|DOI=10.1038/35035083|bibcode=2000Natur.407..513A}}</ref>
* [[المستشفى الاسلامي|الكهربائي الشعري]]. <ref name="PMID_16536443">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Identification of base pairs in single-nucleotide polymorphisms by MutS protein-mediated capillary electrophoresis|journal=Analytical Chemistry|volume=78|issue=6|pages=2035–8|date=March 2006|PMID=16536443|DOI=10.1021/ac0520386}}</ref>
* [[مطيافية الكتلة|مطياف الكتلة]].<ref name="PMID_10939403">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Genetic identification by mass spectrometric analysis of single-nucleotide polymorphisms: ternary encoding of genotypes|journal=Analytical Chemistry|volume=72|issue=14|pages=3298–302|date=July 2000|PMID=10939403|DOI=10.1021/ac991390e}}</ref>
* [[تعدد الأشكال التشكل أحادي الخيط|تعدد أشكال التشكل أحادي الخيط]] (SSCP) .<ref>{{استشهاد بكتاب|chapter=Estimation of SNP allele frequencies by SSCP analysis of pooled DNA|volume=578|pages=193–207|date=2009|PMID=19768595|DOI=10.1007/978-1-60327-411-1_12|ISBN=978-1-60327-410-4|series=Methods in Molecular Biology|title=Single Nucleotide Polymorphisms}}</ref>
* [[تمديد قاعدة واحدة]].
* التحليل الكهروكيميائي.
* تغيير طبيعة HPLC [[فصل كهربائي هلامي|والهلام الكهربائي]].
* [[تعدد أطوال جزء الحصر|تقييد طول جزء تعدد الأشكال]].
* تحليل التهجين.

== برامج للتنبؤ بتأثيرات SNP ==
مجموعة مهمة من SNPs هي تلك التي تتوافق مع [[طفرة مغلطة|الطفرات الخاطئة التي]] تسبب [[طفرة مغلطة|تغير]] الأحماض الأمينية على مستوى البروتين. يمكن أن يكون [[طفرة نقطية|للطفرة النقطية]] لبقايا معينة تأثير مختلف على وظيفة البروتين (من عدم وجود تأثير إلى تعطيل وظيفته بالكامل). عادةً ما يكون للتغيير في الأحماض الأمينية ذات الحجم المماثل والخصائص الفيزيائية الكيميائية (مثل الاستبدال من الليوسين إلى الفالين) تأثير خفيف وعكس ذلك. وبالمثل، إذا عطلت SNP عناصر [[بنية جزيئية حيوية|البنية الثانوية]] (مثل استبدال البرولين في منطقة [[لولب ألفا|ألفا الحلزونية]] )، فقد تؤثر هذه الطفرة عادةً على بنية البروتين ووظيفته بالكامل. باستخدام تلك القواعد البسيطة والعديد من القواعد المشتقة الأخرى [[تعلم الآلة|للتعلم الآلي، تم تطوير]] مجموعة من البرامج للتنبؤ بتأثير SNP:

* [http://sift-dna.org/ SIFT] يوفر هذا البرنامج نظرة ثاقبة حول كيفية تأثير المختبر على خطأ أو طفرة غير مترادفة على وظيفة البروتين بناءً على الخصائص الفيزيائية للحمض الأميني وتماثل التسلسل.
* تقدر [https://gsponerlab.msl.ubc.ca/software/list/ LIST] <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|title=Improved measures for evolutionary conservation that exploit taxonomy distances|journal=Nature Communications|volume=10|issue=1|pages=1556|date=April 2019|PMID=30952844|PMCID=6450959|DOI=10.1038/s41467-019-09583-2|bibcode=2019NatCo..10.1556M}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|last=Nawar Malhis|last2=Matthew Jacobson|last3=Steven J. M. Jones|last4=Jörg Gsponer|year=2020|title=LIST-S2: Taxonomy Based Sorting of Deleterious Missense Mutations Across Species|journal=Nucleic Acids Research|volume=48|issue=W1|pages=W154–W161|DOI=10.1093/nar/gkaa288|PMCID=7319545|PMID=32352516}}</ref> (الهوية المحلية والأصناف المشتركة) الضرر المحتمل للطفرات الناتجة عن تغيير وظائف البروتين. ويستند إلى افتراض أن الاختلافات التي لوحظت في الأنواع وثيقة الصلة تكون أكثر أهمية عند تقييم الحفظ مقارنة بتلك الموجودة في الأنواع ذات الصلة البعيدة.
* [https://rostlab.org/services/snap SNAP2].
* [http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/suspect/index.html مشتبه فيه].
* [http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/ بوليفين -2].
* [http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp/ توقع SNP] .
* [[MutationTaster]] : [http://www.mutationtaster.org/ الموقع الرسمي]
* [http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html متنبئ التأثير المتغير] من مشروع [[انسمبل|Ensembl]]
* [https://genomicscomputbiol.org/ojs3/GCB/article/view/48/182 SNPViz] <ref>{{استشهاد ويب
| url = https://genomicscomputbiol.org/ojs3/GCB/article/view/48/182
| title = View of SNPViz - Visualization of SNPs in proteins
| website = genomicscomputbiol.org
| language = en-US
| accessdate = 2018-10-20
}}</ref> يوفر هذا البرنامج تمثيلًا ثلاثي الأبعاد للبروتين المصاب، مع تسليط الضوء على تغير الأحماض الأمينية حتى يتمكن الأطباء من تحديد الإمراضية للبروتين الطافرة.
* [http://provean.jcvi.org/index.php إثبات]
* [http://phyrerisk.bc.ic.ac.uk/ PhyreRisk] هي قاعدة بيانات تقوم بتعيين المتغيرات لهياكل البروتين التجريبية والمتوقعة. <ref name="OfoegbuDavid2019">{{استشهاد بدورية محكمة|displayauthors=6|title=PhyreRisk: A Dynamic Web Application to Bridge Genomics, Proteomics and 3D Structural Data to Guide Interpretation of Human Genetic Variants|journal=Journal of Molecular Biology|volume=431|issue=13|pages=2460–2466|date=June 2019|PMID=31075275|PMCID=6597944|DOI=10.1016/j.jmb.2019.04.043}}</ref>
* [http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/ Missense3D] هي أداة تقدم تقريرًا [http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/ كيميائيًا مجسمًا] عن تأثير متغيرات الخطأ على بنية البروتين. <ref name="IttisoponpisanIslam2019">{{استشهاد بدورية محكمة|title=Can Predicted Protein 3D Structures Provide Reliable Insights into whether Missense Variants Are Disease Associated?|journal=Journal of Molecular Biology|volume=431|issue=11|pages=2197–2212|date=May 2019|PMID=30995449|PMCID=6544567|DOI=10.1016/j.jmb.2019.04.009}}</ref>

== أنظر أيضا ==
{{div col|colwidth=22em}}
* [[Affymetrix]]
* [[HapMap]]
* [[شركة Illumina) | Illumina]]
* [[مشروع HapMap الدولي]]
* [[تكرار ترادفي قصير]] (STR)
* [[تمديد قاعدة واحدة]]
* [[مجموعة SNP]]
* [[التنميط الجيني SNP]]
* [[SNPedia]]
* [[Snpstr]]
* [[اتصال SNV من بيانات NGS]]
* [[علامة SNP]]
* [[TaqMan]]
* [[متغير]]
{{div col end}}


== المراجع ==
== المراجع ==
{{مراجع}}
{{مراجع}}
<references />

== قراءة متعمقة ==

== {{refbegin}}
* {{cite web
| url = http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n2/glossary/nrg1270_glossary.html
| title = Glossary
| work = Nature Reviews
}}
*[https://web.archive.org/web/20120420021612/http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml Human Genome Project Information] — SNP Fact Sheet
{{refend}}روابط خارجية ==

* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/snps.html موارد NCBI] - مقدمة إلى SNPs من NCBI
* [https://web.archive.org/web/20130903043223/http://snp.cshl.org/ SNP Consortium LTD] - بحث SNP
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ قاعدة بيانات NCBI dbSNP] - "مستودع مركزي لكل من بدائل النوكليوتيدات ذات القاعدة الفردية والحذف القصير وتعدد الأشكال"
* [http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php HGMD] - قاعدة بيانات طفرة الجينات البشرية، تتضمن طفرات نادرة وتعدد الأشكال الوظيفية
* [http://www.gwascentral.org/ GWAS Central] - قاعدة بيانات مركزية لنتائج الارتباط الجيني على مستوى الملخص
* [http://www.1000genomes.org/ مشروع 1000 جينوم] - فهرس عميق للتنوع الجيني البشري
* [http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/watcut/template.php WatCut] - أداة عبر الإنترنت لتصميم فحوصات SNP-RFLP
* [http://bioinfo.iconcologia.net/index.php?module=Snpstats SNPStats] - SNPStats، أداة ويب لتحليل دراسات الارتباط الجيني
* [http://insilico.ehu.es/restriction تقييد الصفحة الرئيسية] - مجموعة من الأدوات لتقييد الحمض النووي واكتشاف SNP، بما في ذلك تصميم بادئات مطفرة
* [https://web.archive.org/web/20080924131744/http://www.aacr.org/home/public--media/for-the-media/fact-sheets/cancer-concepts/snps.aspx الرابطة الأمريكية لأبحاث السرطان ورقة حقائق مفاهيم مفاهيم السرطان عن تعدد الأشكال]
* [http://www.pharmgkb.org/ PharmGKB] - قاعدة معارف علم الوراثة الدوائية وعلم الوراثة الصيدلانية، وهي مورد لأشكال النيوكلوتايد المرتبطة باستجابة الأدوية ونتائج المرض.
* [http://www.argusbio.com/sooryakiran/gensnip/gensnip.php GEN-SNiP] - أداة على الإنترنت تحدد تعدد الأشكال في اختبار تسلسل الحمض النووي.
* [http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/gene.shtml قواعد تسمية الجينات، والعلامات الجينية، والأليل، والطفرات في الفئران والجرذان]
* [https://web.archive.org/web/20070713202727/http://www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature/guidelines.html إرشادات HGNC لتسميات الجينات البشرية]
* [http://snpeff.sourceforge.net/ توقع تأثير SNP مع تكامل المجرة]
* [http://opensnp.org/ افتح SNP] - بوابة لمشاركة نتائج اختبار SNP الخاصة بك
* [http://www.megabionet.org/dbSAP/index.html dbSAP] - قاعدة بيانات SNP للكشف عن تباين البروتين

{{شريط بوابات|علم الأحياء الخلوي والجزيئي}}
{{شريط بوابات|علم الأحياء الخلوي والجزيئي}}


{{تصنيف كومنز|Single nucleotide polymorphism}}
{{تصنيف كومنز|Single nucleotide polymorphism}}

{{بذرة علم الوراثة}}
[[تصنيف:تقانة حيوية]]
[[تصنيف:تقانة حيوية]]
[[تصنيف:حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين]]
[[تصنيف:حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين]]

نسخة 01:58، 26 يناير 2021

جزيء الدنا 1 يختلف عن الجزيء 2 في زوج قاعدي واحد .

تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد (بالإنجليزية: Single-nucleotide polymorphism أو SNP)‏ هو اختلاف في سلسلة الدنا يحدث عادة في مجموعة من السكان (مثلاً %1) حيث يختلف نوكليوتيد واحد - A، T، C أو G - في المجين بين فردين من نفس النوع البيولوجي أو بين كروموسومات مزدوجة.

على سبيل المثال، مقطعي الدنا من شخصين مختلفين، AAGCCTA و AAGCTTA تحتوي على اختلاف في نوكليوتيد واحد. في هذه الحالة نقول أنه هناك أليلان. تقريبًا جميع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد لديها أليلين فقط. توزيع تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في المجين ليس متجانس; يحدث تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد في مناطق غير الترميز أكثر من مناطق الترميز ؛ أو بشكل عام، حيث يتصرف الانتقاء الطبيعي و"تصلح" أليل (مزيلة أشكال أخرى) تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد الذي يشكّل التكيّف الوراثي الأكثر ملائمة.[1] تلعب كذلك عوامل أخرى مثل التأشيب الجيني ووتيرة الطفرات دورًا في تحديد كثافة تعدد أشكال النوكليوتيدت المفردة.[2]

في علم الوراثة، تعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات ( SNP /snɪp/ ؛ الجمع /snɪps/ ) هو استبدال لنيوكليوتيد واحد في موضع معين في الجينوم، وهو موجود في جزء كبير بما فيه الكفاية من عدد السكان (على سبيل المثال 1٪ أو أكثر). [3]

على سبيل المثال، في موضع أساسي معين في الجينوم البشري، قد يظهر النوكليوتيد C في معظم الأفراد، ولكن في أقلية من الأفراد، يشغل هذا المنصب A. هذا يعني أن هناك SNP في هذا الموضع المحدد، ويقال أن التنوعين المحتملين للنيوكليوتيدات - C أو A - هما الأليلات لهذا الموضع المحدد.

تحدد النيوكلوتايد SNPs الاختلافات في قابليتنا للإصابة بمجموعة واسعة من الأمراض (مثل فقر الدم المنجلي والثلاسيميا بيتا والتليف الكيسي الناتج عن تعدد الأشكال). [4] [5] [6] تعد شدة المرض وطريقة استجابة الجسم للعلاج من مظاهر الاختلافات الجينية. على سبيل المثال، ترتبط الطفرة أحادية القاعدة في جين APOE ( صميم البروتين الشحمي E ) بانخفاض خطر الإصابة بمرض الزهايمر . [7]

المتغير أحادي النوكليوتيدات ( SNV ) هو تباين في نيوكليوتيد واحد دون أي قيود على التردد. يختلف SNV عن SNP لأنه عندما يتم اكتشاف SNV في عينة من كائن حي من نوع ما، فمن المحتمل أن يكون SNV SNP ولكن لا يمكن تحديد ذلك من كائن حي واحد فقط. [8] [9] ومع ذلك، فإن SNP يعني أن النيوكليوتيدات تختلف في مجموعة الكائنات الحية. قد تنشأ SNVs في الخلايا الجسدية. يمكن أيضًا تسمية الاختلاف الجسدي أحادي النوكليوتيدات (على سبيل المثال، الناجم عن السرطان) باسم تغيير النوكليوتيدات المفردة . تظهر SNVs بشكل شائع في التشخيص الجزيئي. على سبيل المثال، عند تصميم بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل للكشف عن الفيروسات، قد يحتوي الحمض النووي الريبي الفيروسي أو الحمض النووي في عينة مريض واحدة على SNVs.

أنواع

قد يقع تعدّد أشكال النوكليوتيد المفرد ضمن تسلسلات الترميز في الجينات، أو مناطق غير الترميز، أو في المناطق بين الجينات. تعدد ألأشكال داخل تسلسل الترميز لا يغيّر بالضرورة تسلسل الأحماض الأمينية في البروتين الناتج، وذلك بسبب صفة الانحلالية في الشفرة الوراثية.

أنواع النيوكلوتايد

وحيدة النكليوتيد تعدد الأشكال قد تدخل في الترميز تسلسل الجينات، مناطق الجينات غير الترميز، أو في المناطق بين الجينات (المناطق بين الجينات). لا تغير النيوكلوتايد ضمن تسلسل تشفير بالضرورة تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين الذي يتم إنتاجه، بسبب انحطاط الكود الجيني .

تنقسم SNPs في منطقة الترميز إلى نوعين: SNPs مترادفة وغير مترادفة. لا تؤثر SNPs المترادفة على تسلسل البروتين، بينما تغير SNPs غير المترادفة تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين. إن SNPs غير المترادفة من نوعين: خطأ وهراء .

قد لا تزال النيوكلوتايد غير الموجودة في مناطق ترميز البروتين تؤثر على الربط الجيني أو ارتباط عامل النسخ أو تدهور الرنا المرسال أو تسلسل الحمض النووي الريبي غير المشفر. يشار إلى التعبير الجيني المتأثر بهذا النوع من SNP على أنه eSNP (تعبير SNP) وقد يكون في المنبع أو المصب من الجين.

التطبيقات

  • يمكن لدراسات الجمعية تحديد ما إذا كان المتغير الجيني مرتبطًا بمرض أو سمة. [10]
  • علامة SNP عبارة عن تعدد أشكال أحادي النوكليوتيدات تمثيلي في منطقة من الجينوم مع اختلال توازن عالي الارتباط ( الارتباط غير العشوائي للأليلات في موقعين أو أكثر). تعد Tag SNPs مفيدة في دراسات ارتباط SNP للجينوم الكامل، حيث يتم التنميط الجيني لمئات الآلاف من SNPs عبر الجينوم بأكمله.
  • رسم خرائط النمط الفردي : يمكن تجميع مجموعات من الأليلات أو تسلسلات الحمض النووي بحيث يتمكن SNP الفردي من تحديد العديد من تعدد الأشكال المرتبطة.
  • يشير اختلال التوازن (LD)، وهو مصطلح يستخدم في علم الوراثة السكانية، إلى ارتباط غير عشوائي للأليلات في موقعين أو أكثر، وليس بالضرورة على نفس الكروموسوم. يشير إلى ظاهرة تميل أن يتم توريث أليل SNP أو تسلسل الحمض النووي المتقاربين في الجينوم معًا. يمكن أن تتأثر صعوبة التعلم بمعلمين (من بين عوامل أخرى، مثل التقسيم الطبقي للسكان): 1) المسافة بين الأشكال المتعددة الأشكال [كلما كانت المسافة أكبر، كلما انخفض LD]. 2) معدل إعادة التركيب [كلما انخفض معدل إعادة التركيب، زاد LD]. [11]

تكرار

تم العثور على أكثر من 335 مليون SNPs عبر البشر من مجموعات سكانية متعددة. يختلف الجينوم النموذجي عن الجينوم البشري المرجعي في 4 إلى 5 ملايين موقع، معظمها (أكثر من 99.9٪) تتكون من تعدد الأشكال (SNPs) و indels القصيرة. [12]

داخل الجينوم

التوزيع الجيني للنيوكليوتيدات SNPs ليس متجانسًا ؛ تحدث النيوكلوتايد في المناطق غير المشفرة بشكل متكرر أكثر من المناطق المشفرة أو، بشكل عام، حيث يعمل الانتقاء الطبيعي و "يثبت" الأليل (استبعاد المتغيرات الأخرى) من SNP الذي يشكل التكيف الجيني الأكثر ملاءمة. [13] يمكن لعوامل أخرى، مثل إعادة التركيب الجيني ومعدل الطفرات، أن تحدد كثافة SNP. [14]

يمكن التنبؤ بكثافة SNP من خلال وجود سواتل مكروية : السواتل الدقيقة AT على وجه الخصوص هي مؤشرات قوية لكثافة SNP، مع وجود مساحات تكرار طويلة (AT) (n) في مناطق ذات كثافة SNP منخفضة بشكل كبير ومحتوى GC منخفض. [15]

ضمن السكان

هناك اختلافات بين البشر، لذلك قد يكون أليل SNP الشائع في مجموعة جغرافية أو عرقية أكثر ندرة في مجموعة أخرى. ضمن مجموعة سكانية، يمكن تخصيص تواتر أليل ثانوي لـ SNPs - أدنى تردد أليل في موضع لوحظ في مجتمع معين. [16] هذا هو ببساطة أقل ترددين من الأليل لتعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات.

مع هذه المعرفة، طور العلماء طرقًا جديدة في تحليل الهياكل السكانية في الأنواع الأقل دراسة. [17] [18] [19] باستخدام تقنيات التجميع، يتم تخفيض تكلفة التحليل بشكل كبير.[بحاجة لمصدر] هذه التقنيات على تسلسل مجتمع ما في عينة مجمعة بدلاً من تسلسل كل فرد داخل المجتمع بنفسه. مع أدوات المعلوماتية الحيوية الجديدة، هناك إمكانية للتحقيق في بنية السكان وتدفق الجينات وهجرة الجينات من خلال مراقبة ترددات الأليل داخل السكان بالكامل. مع هذه البروتوكولات، هناك إمكانية للجمع بين مزايا SNPs وعلامات القمر الصناعي الصغيرة. [20] [21] ومع ذلك، هناك معلومات مفقودة في العملية مثل عدم توازن الارتباط ومعلومات الزيجوزية.

أهمية

يمكن أن تؤثر الاختلافات في تسلسل الحمض النووي للبشر على كيفية تطور البشر للأمراض والاستجابة لمسببات الأمراض والمواد الكيميائية والأدوية واللقاحات والعوامل الأخرى. تعد SNPs ضرورية أيضًا للطب الشخصي . [22] تشمل الأمثلة الأبحاث الطبية الحيوية، والطب الشرعي، وعلم الوراثة الدوائية، وسببية المرض، على النحو المبين أدناه.

الأبحاث السريرية

تكمن الأهمية الكبرى لـ SNPs في البحث السريري في مقارنة مناطق الجينوم بين المجموعات (مثل الأفواج المتطابقة مع وبدون مرض) في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم . تم استخدام SNPs في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم كعلامات عالية الدقة في رسم خرائط الجينات المتعلقة بالأمراض أو السمات الطبيعية. [23] لا تزال النيوكلوتايد التي ليس لها تأثير ملحوظ على النمط الظاهري (ما يسمى الطفرات الصامتة ) مفيدة كواسمات جينية في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم، بسبب كميتها واستقرار وراثتها عبر الأجيال. [24]

التحاليل الجنائية

تم استخدام النيوكلوتايد في البداية لمطابقة عينة من الحمض النووي الشرعي مع المشتبه به ولكن تم التخلص منها تدريجياً مع تطوير تقنيات بصمة الحمض النووي القائمة على STR . [25] قد تسمح تقنيات تسلسل الجيل التالي (NGS) الحالية باستخدام أفضل للتنميط الجيني SNP في تطبيق الطب الشرعي طالما يتم تجنب المواقع الإشكالية. [26] في المستقبل، يمكن استخدام تعدد الأشكال في الطب الشرعي لبعض القرائن النمطية مثل لون العين، ولون الشعر، والعرق، وما إلى ذلك. كيد وآخرون. أظهر أن مجموعة من 19 تعدد الأشكال يمكن أن تحدد المجموعة العرقية ذات الاحتمالية الجيدة للمطابقة (Pm = 10 −7 ) في 40 مجموعة سكانية تمت دراستها. [27] أحد الأمثلة على كيف يمكن أن يكون هذا مفيدًا في مجال إعادة البناء الفني لمظاهر محتملة قبل الوفاة لبقايا هيكل عظمي لأفراد مجهولين. على الرغم من أن إعادة بناء الوجه يمكن أن تكون دقيقة إلى حد ما بناءً على السمات الأنثروبولوجية، إلا أن البيانات الأخرى التي قد تسمح بتمثيل أكثر دقة تشمل لون العين ولون البشرة ولون الشعر وما إلى ذلك.

في حالة وجود كمية منخفضة من عينة الطب الشرعي أو عينة متدهورة، يمكن أن تكون طرق SNP بديلاً جيدًا لطرق المعاملات المشبوهة نظرًا لوفرة الواسمات المحتملة، وإمكانية التشغيل الآلي، واحتمال تقليل طول الجزء المطلوب إلى 60-80 نقطة أساس فقط . [28] في حالة عدم وجود تطابق STR في قاعدة بيانات ملفات تعريف الحمض النووي ؛ يمكن استخدام أشكال تعدد الأشكال المختلفة للحصول على أدلة بخصوص العرق والنمط الظاهري والنسب وحتى الهوية.

علم الوراثة الدوائية

ترتبط بعض أشكال النيوكلوتايد مع استقلاب الأدوية المختلفة. [29] [30] [31] يمكن أن تكون SNP طفرات، مثل الحذف، والتي يمكن أن تثبط أو تعزز النشاط الأنزيمي ؛ يمكن أن يؤدي مثل هذا التغيير في النشاط الأنزيمي إلى انخفاض معدلات التمثيل الغذائي للدواء. [32] جمعية مجموعة واسعة من الأمراض التي تصيب الإنسان مثل السرطان، الأمراض المعدية ( الإيدز، الجذام، التهاب الكبد، الخ) المناعة الذاتية، العصبية وأمراض أخرى كثيرة مع تعدد الأشكال المختلفة التي يمكن أن يتم حسب ذات الصلة علم الصيدلة الجيني أهداف لعلاج المخدرات. [33]

مرض

قد يتسبب SNP الفردي في مرض مندلي، على الرغم من أنه بالنسبة للأمراض المعقدة، لا تعمل SNPs بشكل فردي، بدلاً من ذلك، فهي تعمل بالتنسيق مع SNPs الأخرى لإظهار حالة مرضية كما لوحظ في هشاشة العظام . [34] كان أحد أولى النجاحات في هذا المجال هو العثور على طفرة أساسية واحدة في المنطقة غير المشفرة من APOC3 (جين صميم البروتين الشحمي C3) الذي يرتبط بمخاطر أعلى للإصابة بارتفاع شحوم الدم وتصلب الشرايين. [35]

يمكن أن يكون لجميع أنواع النيوكلوتايد (SNPs) نمط ظاهري يمكن ملاحظته أو يمكن أن يؤدي إلى مرض:

  • يمكن أن تظهر تعدد الأشكال في المناطق غير المشفرة في خطر أعلى للإصابة بالسرطان، [36] وقد تؤثر على بنية الرنا المرسال وقابلية الإصابة بالأمراض. [37] يمكن أن تغير SNPs غير المشفرة أيضًا مستوى التعبير عن الجين، مثل eQTL (التعبير عن موضع السمة الكمية).
  • SNPs في مناطق الترميز :
    • لا تؤدي البدائل المترادفة بحكم التعريف إلى تغيير الأحماض الأمينية في البروتين، ولكنها لا تزال تؤثر على وظيفتها بطرق أخرى. من الأمثلة على ذلك حدوث طفرة صامتة على ما يبدو في جين المقاومة للأدوية المتعددة 1 ( MDR1 )، والذي يرمز لمضخة غشاء خلوي تطرد الأدوية من الخلية، ويمكن أن تبطئ الترجمة وتسمح لسلسلة الببتيد بالانطواء لتشكل غير عادي تكون المضخة الطافرة أقل فاعلية (في بروتين MDR1 على سبيل المثال يغير تعدد الأشكال C1236T كودون GGC إلى GGT في موضع الأحماض الأمينية 412 من عديد الببتيد (كلاهما يشفر الجلايسين) ويغير تعدد الأشكال C3435T ATC إلى ATT في الموضع 1145 (كلاهما يشفر isoleucine)). [38]
    • بدائل مجهولة :

أمثلة

قواعد بيانات

كما هو الحال بالنسبة للجينات، توجد قواعد بيانات المعلوماتية الحيوية لـ SNPs.

  • dbSNP هي قاعدة بيانات SNP من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI). اعتبارًا من 8 يونيو 2015 (2015-06-08) ، سجل dbSNP 149.735.377 تعدد الأشكال في البشر. [47] [48]
  • Kaviar [49] عبارة عن خلاصة وافية لـ SNPs من مصادر بيانات متعددة بما في ذلك dbSNP.
  • SNPedia هي قاعدة بيانات على غرار الويكي تدعم شرح الجينوم الشخصي وتفسيره وتحليله.
  • تصف قاعدة بيانات OMIM العلاقة بين تعدد الأشكال والأمراض (على سبيل المثال، تعطي الأمراض في شكل نصي)
  • dbSAP - قاعدة بيانات أحادية لتعدد أشكال الأحماض الأمينية للكشف عن اختلاف البروتين [50]
  • توفر قاعدة بيانات طفرة الجينات البشرية الطفرات الجينية التي تسبب أو ترتبط بأمراض وراثية للإنسان و SNPs الوظيفية
  • مشروع HapMap الدولي، حيث يقوم الباحثون بتحديد علامة SNPs لتكون قادرة على تحديد مجموعة الأنماط الفردانية الموجودة في كل موضوع.
  • يسمح GWAS Central للمستخدمين بالتحقيق بصريًا في بيانات الارتباط الفعلية على مستوى الملخص في دراسة أو أكثر من دراسات الارتباط على مستوى الجينوم .

قامت مجموعة عمل خريطة SNP الدولية بتعيين التسلسل الذي يحيط بكل SNP من خلال المحاذاة مع التسلسل الجيني للنسخ كبيرة الإدراج في Genebank. تم تحويل هذه المحاذاة إلى إحداثيات كروموسومية كما هو موضح في الجدول 1. [51] زادت هذه القائمة بشكل كبير منذ ذلك الحين، على سبيل المثال، تسرد قاعدة بيانات Kaviar الآن 162 مليون متغير للنيوكليوتيدات المفردة (SNVs).

كروموسوم الطول (bp) تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة SNPs
إجمالي SNPs kb per SNP إجمالي SNPs kb per SNP
1 214,066,000 129,931 1.65 75,166 2.85
2 222,889,000 103,664 2.15 76,985 2.90
3 186,938,000 93,140 2.01 63,669 2.94
4 169,035,000 84,426 2.00 65,719 2.57
5 170,954,000 117,882 1.45 63,545 2.69
6 165,022,000 96,317 1.71 53,797 3.07
7 149,414,000 71,752 2.08 42,327 3.53
8 125,148,000 57,834 2.16 42,653 2.93
9 107,440,000 62,013 1.73 43,020 2.50
10 127,894,000 61,298 2.09 42,466 3.01
11 129,193,000 84,663 1.53 47,621 2.71
12 125,198,000 59,245 2.11 38,136 3.28
13 93,711,000 53,093 1.77 35,745 2.62
14 89,344,000 44,112 2.03 29,746 3.00
15 73,467,000 37,814 1.94 26,524 2.77
16 74,037,000 38,735 1.91 23,328 3.17
17 73,367,000 34,621 2.12 19,396 3.78
18 73,078,000 45,135 1.62 27,028 2.70
19 56,044,000 25,676 2.18 11,185 5.01
20 63,317,000 29,478 2.15 17,051 3.71
21 33,824,000 20,916 1.62 9,103 3.72
22 33,786,000 28,410 1.19 11,056 3.06
X 131,245,000 34,842 3.77 20,400 6.43
Y 21,753,000 4,193 5.19 1,784 12.19
مرجع 15,696,674 14,534 1.08
الإجمالي 2,710,164,000 1,419,190 1.91 887,450 3.05

التسمية

أنواع تعدد الأشكال أحادي النوكليوتيدات (SNPs)

يمكن أن تكون التسمية الخاصة بـ SNPs مربكة: يمكن أن توجد العديد من الاختلافات لـ SNP الفردي، ولم يتم تحقيق الإجماع بعد.

معيار rs ### هو الذي تم تبنيه من قبل dbSNP ويستخدم البادئة "rs"، لـ "مرجع SNP"، متبوعًا برقم فريد وتعسفي. [52] غالبًا ما يشار إلى SNPs برقم dbSNP rs الخاص بهم، كما في الأمثلة أعلاه.

تستخدم جمعية تباين الجينوم البشري (HGVS) معيارًا ينقل المزيد من المعلومات حول SNP. الأمثلة هي:

  • c.76A > T: "c." لمنطقة التشفير، متبوعًا برقم لموضع النيوكليوتيدات، متبوعًا باختصار من حرف واحد للنيوكليوتيدات (A، C، G، T أو U)، متبوعًا بعلامة أكبر من (">") للإشارة استبدال، متبوعًا باختصار النيوكليوتيد الذي يحل محل السابق وسم الفتح <ref> غير صحيح أو له اسم سييء. وسم الفتح <ref> غير صحيح أو له اسم سييء. وسم الفتح <ref> غير صحيح أو له اسم سييء.
  • ص. Ser123Arg: "ص" للبروتين، متبوعًا باختصار مكون من ثلاثة أحرف للحمض الأميني، متبوعًا برقم لموضع الحمض الأميني، متبوعًا باختصار الحمض الأميني الذي يحل محل الأول. وسم الفتح <ref> غير صحيح أو له اسم سييء.

تحليل SNP

عادة ما تكون SNPs ثنائية النواة وبالتالي يسهل فحصها. [53] تتضمن الطرق التحليلية لاكتشاف أشكال تعدد الأشكال الجديدة واكتشاف أشكال تعدد الأشكال المعروفة:

برامج للتنبؤ بتأثيرات SNP

مجموعة مهمة من SNPs هي تلك التي تتوافق مع الطفرات الخاطئة التي تسبب تغير الأحماض الأمينية على مستوى البروتين. يمكن أن يكون للطفرة النقطية لبقايا معينة تأثير مختلف على وظيفة البروتين (من عدم وجود تأثير إلى تعطيل وظيفته بالكامل). عادةً ما يكون للتغيير في الأحماض الأمينية ذات الحجم المماثل والخصائص الفيزيائية الكيميائية (مثل الاستبدال من الليوسين إلى الفالين) تأثير خفيف وعكس ذلك. وبالمثل، إذا عطلت SNP عناصر البنية الثانوية (مثل استبدال البرولين في منطقة ألفا الحلزونية )، فقد تؤثر هذه الطفرة عادةً على بنية البروتين ووظيفته بالكامل. باستخدام تلك القواعد البسيطة والعديد من القواعد المشتقة الأخرى للتعلم الآلي، تم تطوير مجموعة من البرامج للتنبؤ بتأثير SNP:

  • SIFT يوفر هذا البرنامج نظرة ثاقبة حول كيفية تأثير المختبر على خطأ أو طفرة غير مترادفة على وظيفة البروتين بناءً على الخصائص الفيزيائية للحمض الأميني وتماثل التسلسل.
  • تقدر LIST [58] [59] (الهوية المحلية والأصناف المشتركة) الضرر المحتمل للطفرات الناتجة عن تغيير وظائف البروتين. ويستند إلى افتراض أن الاختلافات التي لوحظت في الأنواع وثيقة الصلة تكون أكثر أهمية عند تقييم الحفظ مقارنة بتلك الموجودة في الأنواع ذات الصلة البعيدة.
  • SNAP2.
  • مشتبه فيه.
  • بوليفين -2.
  • توقع SNP .
  • MutationTaster : الموقع الرسمي
  • متنبئ التأثير المتغير من مشروع Ensembl
  • SNPViz [60] يوفر هذا البرنامج تمثيلًا ثلاثي الأبعاد للبروتين المصاب، مع تسليط الضوء على تغير الأحماض الأمينية حتى يتمكن الأطباء من تحديد الإمراضية للبروتين الطافرة.
  • إثبات
  • PhyreRisk هي قاعدة بيانات تقوم بتعيين المتغيرات لهياكل البروتين التجريبية والمتوقعة. [61]
  • Missense3D هي أداة تقدم تقريرًا كيميائيًا مجسمًا عن تأثير متغيرات الخطأ على بنية البروتين. [62]

أنظر أيضا

المراجع

  1. ^ Barreiro LB؛ Laval G؛ Quach H؛ Patin E؛ Quintana-Murci L. (2008)، "Natural selection has driven population differentiation in modern humans"، Nature Genetics، 40 (3): 340–345، doi:10.1038/ng.78، PMID 18246066.
  2. ^ Nachman, Michael W. (2001)، "Single nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans"، Trends in genetics، 17 (9): 481–485، doi:10.1016/S0168-9525(01)02409-X، PMID 11525814.
  3. ^ "single-nucleotide polymorphism / SNP | Learn Science at Scitable"، www.nature.com، مؤرشف من الأصل في 10 نوفمبر 2015، اطلع عليه بتاريخ 13 نوفمبر 2015.
  4. ^ "A specific chemical difference between the globins of normal human and sickle-cell anaemia haemoglobin"، Nature، 178 (4537): 792–4، أكتوبر 1956، Bibcode:1956Natur.178..792I، doi:10.1038/178792a0، PMID 13369537.
  5. ^ "beta 0 thalassemia, a nonsense mutation in man"، Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America، 76 (6): 2886–9، يونيو 1979، Bibcode:1979PNAS...76.2886C، doi:10.1073/pnas.76.6.2886، PMID 88735.
  6. ^ "Cystic fibrosis patients bearing both the common missense mutation Gly----Asp at codon 551 and the delta F508 mutation are clinically indistinguishable from delta F508 homozygotes, except for decreased risk of meconium ileus"، American Journal of Human Genetics، 51 (2): 245–50، أغسطس 1992، PMID 1379413.
  7. ^ "APOE and neuroenergetics: an emerging paradigm in Alzheimer's disease"، Neurobiology of Aging، 34 (4): 1007–17، أبريل 2013، doi:10.1016/j.neurobiolaging.2012.10.011، PMID 23159550.
  8. ^ [1]
  9. ^ [2]
  10. ^ "Haplotype block partitioning and tag SNP selection using genotype data and their applications to association studies"، Genome Research، 14 (5): 908–16، مايو 2004، doi:10.1101/gr.1837404، PMID 15078859.
  11. ^ "Single nucleotide polymorphisms: a new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism detection with emphasis on their use in plants"، Current Science، 80 (4): 524–535، 25 فبراير 2001، مؤرشف من الأصل في 13 فبراير 2017.
  12. ^ "A global reference for human genetic variation"، Nature، 526 (7571): 68–74، أكتوبر 2015، Bibcode:2015Natur.526...68T، doi:10.1038/nature15393، PMID 26432245.
  13. ^ "Natural selection has driven population differentiation in modern humans"، Nature Genetics، 40 (3): 340–5، مارس 2008، doi:10.1038/ng.78، PMID 18246066.
  14. ^ "Single nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans"، Trends in Genetics، 17 (9): 481–5، سبتمبر 2001، doi:10.1016/S0168-9525(01)02409-X، PMID 11525814.
  15. ^ "Heterogeneous distribution of SNPs in the human genome: microsatellites as predictors of nucleotide diversity and divergence"، Genomics، 95 (3): 151–9، مارس 2010، doi:10.1016/j.ygeno.2009.12.003، PMID 20026267.
  16. ^ "Enrichment of Minor Alleles of Common SNPs and Improved Risk Prediction for Parkinson's Disease"، PLOS ONE، 10 (7): e0133421، 24 يوليو 2015، Bibcode:2015PLoSO..1033421Z، doi:10.1371/journal.pone.0133421، PMID 26207627.
  17. ^ Hivert, Valentin؛ Leblois, Raphaël؛ Petit, Eric J.؛ Gautier, Mathieu؛ Vitalis, Renaud (30 يوليو 2018)، "Measuring Genetic Differentiation from Pool-seq Data"، Genetics، 210 (1): 315–330، doi:10.1534/genetics.118.300900، ISSN 0016-6731.
  18. ^ Ekblom, R؛ Galindo, J (08 ديسمبر 2010)، "Applications of next generation sequencing in molecular ecology of non-model organisms"، Heredity، 107 (1): 1–15، doi:10.1038/hdy.2010.152، ISSN 0018-067X.
  19. ^ Ellegren, Hans (يناير 2014)، "Genome sequencing and population genomics in non-model organisms"، Trends in Ecology & Evolution، 29 (1): 51–63، doi:10.1016/j.tree.2013.09.008، ISSN 0169-5347.
  20. ^ Dorant, Yann؛ Benestan, Laura؛ Rougemont, Quentin؛ Normandeau, Eric؛ Boyle, Brian؛ Rochette, Rémy؛ Bernatchez, Louis (2019)، "Comparing Pool-seq, Rapture, and GBS genotyping for inferring weak population structure: The American lobster (Homarus americanus) as a case study"، Ecology and Evolution (باللغة الإنجليزية)، 9 (11): 6606–6623، doi:10.1002/ece3.5240، ISSN 2045-7758، PMID 31236247.
  21. ^ Vendrami, David L. J.؛ Telesca, Luca؛ Weigand, Hannah؛ Weiss, Martina؛ Fawcett, Katie؛ Lehman, Katrin؛ Clark, M. S.؛ Leese, Florian؛ McMinn, Carrie، "RAD sequencing resolves fine-scale population structure in a benthic invertebrate: implications for understanding phenotypic plasticity"، Royal Society Open Science، 4 (2): 160548، doi:10.1098/rsos.160548، PMID 28386419.
  22. ^ Carlson, Bruce (15 يونيو 2008)، "SNPs — A Shortcut to Personalized Medicine"، Mary Ann Liebert, Inc.، 28 (12)، مؤرشف من الأصل في 26 ديسمبر 2010، اطلع عليه بتاريخ 06 يوليو 2008، (subtitle) Medical applications are where the market's growth is expected
  23. ^ "Application of a high-resolution genetic map for chromosome-scale genome assembly and fine QTLs mapping of seed size and weight traits in castor bean"، Scientific Reports، 9 (1): 11950، أغسطس 2019، Bibcode:2019NatSR...911950Y، doi:10.1038/s41598-019-48492-8، PMID 31420567. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط |displayauthors=6 غير صالح (مساعدة)
  24. ^ "Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers"، BMC Bioinformatics، 12 Suppl 4: S4، 2011، doi:10.1186/1471-2105-12-S4-S4، PMID 21992066.
  25. ^ Butler, John M. (2010)، Fundamentals of forensic DNA typing، Burlington, MA: Elsevier/Academic Press، ISBN 9780080961767.
  26. ^ "Forensic SNP Genotyping using Nanopore MinION Sequencing"، Scientific Reports، 7: 41759، فبراير 2017، Bibcode:2017NatSR...741759C، doi:10.1038/srep41759، PMID 28155888.
  27. ^ "Developing a SNP panel for forensic identification of individuals"، Forensic Science International، 164 (1): 20–32، ديسمبر 2006، doi:10.1016/j.forsciint.2005.11.017، PMID 16360294.
  28. ^ "Forensically relevant SNP classes"، BioTechniques، 44 (5): 603–8, 610، أبريل 2008، doi:10.2144/000112806، PMID 18474034.
  29. ^ "Clinical relevance of genetic polymorphisms in the human CYP2C subfamily"، British Journal of Clinical Pharmacology، 52 (4): 349–55، أكتوبر 2001، doi:10.1046/j.0306-5251.2001.01499.x، PMID 11678778.
  30. ^ "CYP2C9 genotype as a predictor of drug disposition in humans"، Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology، 26 (6): 463–72، يوليو–أغسطس 2004، PMID 15349140.
  31. ^ "Functional SNPs of the breast cancer resistance protein-therapeutic effects and inhibitor development"، Cancer Letters، 234 (1): 73–80، مارس 2006، doi:10.1016/j.canlet.2005.04.039، PMID 16303243.
  32. ^ Butler, Merlin G. (2018)، "Pharmacogenetics and Psychiatric Care: A Review and Commentary"، Journal of Mental Health & Clinical Psychology، 2 (2): 17–24، doi:10.29245/2578-2959/2018/2.1120، PMID 30556062.
  33. ^ "Single-nucleotide polymorphism in genome-wide association of human population: A tool for broad spectrum service"، Egyptian Journal of Medical Human Genetics، 14 (2): 123–134، أبريل 2013، doi:10.1016/j.ejmhg.2012.08.001.
  34. ^ "SNP-SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal osteoporosis"، Rheumatology International، 31 (3): 421–3، مارس 2011، doi:10.1007/s00296-010-1449-7، PMID 20340021.
  35. ^ "DNA polymorphism adjacent to human apoprotein A-1 gene: relation to hypertriglyceridaemia"، Lancet، 1 (8322): 444–6، فبراير 1983، doi:10.1016/S0140-6736(83)91440-X، PMID 6131168.
  36. ^ "Regulatory Variants and Disease: The E-Cadherin -160C/A SNP as an Example"، Molecular Biology International، 2014: 967565، 2014، doi:10.1155/2014/967565، PMID 25276428.
  37. ^ "IFNL3 mRNA structure is remodeled by a functional non-coding polymorphism associated with hepatitis C virus clearance"، Scientific Reports، 5: 16037، نوفمبر 2015، Bibcode:2015NatSR...516037L، doi:10.1038/srep16037، PMID 26531896.
  38. ^ "A "silent" polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity"، Science، 315 (5811): 525–8، يناير 2007، Bibcode:2007Sci...315..525K، doi:10.1126/science.1135308، PMID 17185560.
  39. ^ "A novel homozygous p.Arg527Leu LMNA mutation in two unrelated Egyptian families causes overlapping mandibuloacral dysplasia and progeria syndrome"، European Journal of Human Genetics، 20 (11): 1134–40، نوفمبر 2012، doi:10.1038/ejhg.2012.77، PMID 22549407.
  40. ^ "CFTR mutation analysis and haplotype associations in CF patients"، Molecular Genetics and Metabolism، 105 (2): 249–54، فبراير 2012، doi:10.1016/j.ymgme.2011.10.013، PMID 22137130.
  41. ^ "Anger- and aggression-related traits are associated with polymorphisms in the 5-HT-2A gene"، Journal of Affective Disorders، 96 (1–2): 75–81، نوفمبر 2006، doi:10.1016/j.jad.2006.05.016، PMID 16814396.
  42. ^ "Factor V Leiden thrombophilia"، Genetics in Medicine، 13 (1): 1–16، يناير 2011، doi:10.1097/GIM.0b013e3181faa0f2، PMID 21116184.
  43. ^ "Genotyping of triallelic SNPs using TaqMan PCR"، Molecular and Cellular Probes، 21 (3): 171–6، يونيو 2007، doi:10.1016/j.mcp.2006.10.005، PMID 17161935.
  44. ^ "Bitter taste study in a sardinian genetic isolate supports the association of phenylthiocarbamide sensitivity to the TAS2R38 bitter receptor gene"، Chemical Senses، 29 (8): 697–702، أكتوبر 2004، doi:10.1093/chemse/bjh074، PMID 15466815.
  45. ^ "Non-synonymous polymorphisms in the FCN1 gene determine ligand-binding ability and serum levels of M-ficolin"، PLOS ONE، 7 (11): e50585، 28 نوفمبر 2012، Bibcode:2012PLoSO...750585A، doi:10.1371/journal.pone.0050585، PMID 23209787.
  46. ^ "Common variants in mismatch repair genes associated with increased risk of sperm DNA damage and male infertility"، BMC Medicine، 10: 49، مايو 2012، doi:10.1186/1741-7015-10-49، PMID 22594646.
  47. ^ National Center for Biotechnology Information, United States National Library of Medicine. 2014. NCBI dbSNP build 142 for human. "[DBSNP-announce] DBSNP Human Build 142 (GRCh38 and GRCh37.p13)"، مؤرشف من الأصل في 10 سبتمبر 2017، اطلع عليه بتاريخ 11 سبتمبر 2017.
  48. ^ National Center for Biotechnology Information, United States National Library of Medicine. 2015. NCBI dbSNP build 144 for human. Summary Page. "DBSNP Summary"، مؤرشف من الأصل في 10 سبتمبر 2017، اطلع عليه بتاريخ 11 سبتمبر 2017.
  49. ^ "Kaviar: an accessible system for testing SNV novelty"، Bioinformatics، 27 (22): 3216–7، نوفمبر 2011، doi:10.1093/bioinformatics/btr540، PMID 21965822.
  50. ^ "dbSAP: single amino-acid polymorphism database for protein variation detection"، Nucleic Acids Research، 45 (D1): D827–D832، يناير 2017، doi:10.1093/nar/gkw1096، PMID 27903894.
  51. ^ "A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms"، Nature، 409 (6822): 928–33، فبراير 2001، Bibcode:2001Natur.409..928S، doi:10.1038/35057149، PMID 11237013.
  52. ^ "Clustered RefSNPs (rs) and Other Data Computed in House"، SNP FAQ Archive، Bethesda (MD): U.S. National Center for Biotechnology Information، 2005.
  53. ^ "A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms"، Nature، 409 (6822): 928–33، فبراير 2001، Bibcode:2001Natur.409..928S، doi:10.1038/35057149، PMID 11237013.
  54. ^ "An SNP map of the human genome generated by reduced representation shotgun sequencing"، Nature، 407 (6803): 513–6، سبتمبر 2000، Bibcode:2000Natur.407..513A، doi:10.1038/35035083، PMID 11029002.
  55. ^ "Identification of base pairs in single-nucleotide polymorphisms by MutS protein-mediated capillary electrophoresis"، Analytical Chemistry، 78 (6): 2035–8، مارس 2006، doi:10.1021/ac0520386، PMID 16536443.
  56. ^ "Genetic identification by mass spectrometric analysis of single-nucleotide polymorphisms: ternary encoding of genotypes"، Analytical Chemistry، 72 (14): 3298–302، يوليو 2000، doi:10.1021/ac991390e، PMID 10939403.
  57. ^ "Estimation of SNP allele frequencies by SSCP analysis of pooled DNA"، Single Nucleotide Polymorphisms، Methods in Molecular Biology، ج. 578، 2009، ص. 193–207، doi:10.1007/978-1-60327-411-1_12، ISBN 978-1-60327-410-4، PMID 19768595.
  58. ^ "Improved measures for evolutionary conservation that exploit taxonomy distances"، Nature Communications، 10 (1): 1556، أبريل 2019، Bibcode:2019NatCo..10.1556M، doi:10.1038/s41467-019-09583-2، PMID 30952844.
  59. ^ Nawar Malhis؛ Matthew Jacobson؛ Steven J. M. Jones؛ Jörg Gsponer (2020)، "LIST-S2: Taxonomy Based Sorting of Deleterious Missense Mutations Across Species"، Nucleic Acids Research، 48 (W1): W154–W161، doi:10.1093/nar/gkaa288، PMID 32352516.
  60. ^ "View of SNPViz - Visualization of SNPs in proteins"، genomicscomputbiol.org (باللغة الإنجليزية)، اطلع عليه بتاريخ 20 أكتوبر 2018.
  61. ^ "PhyreRisk: A Dynamic Web Application to Bridge Genomics, Proteomics and 3D Structural Data to Guide Interpretation of Human Genetic Variants"، Journal of Molecular Biology، 431 (13): 2460–2466، يونيو 2019، doi:10.1016/j.jmb.2019.04.043، PMID 31075275. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط |displayauthors=6 غير صالح (مساعدة)
  62. ^ "Can Predicted Protein 3D Structures Provide Reliable Insights into whether Missense Variants Are Disease Associated?"، Journal of Molecular Biology، 431 (11): 2197–2212، مايو 2019، doi:10.1016/j.jmb.2019.04.009، PMID 30995449.


قراءة متعمقة

==

روابط خارجية ==