هذه المقالة يتيمة. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها

تقدير توقعي لهيكل البروتين

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى التنقل اذهب إلى البحث
بنية مستهدفة (شرائط) و354 تنبؤ قائم على أساس القالب (الرمادي Calpha العمود الفقرى) ؛ من CASP8

التقدير التوقعي لهيكل البروتين, او CASP هو تجربة عالمية لتوقع هيكل البروتين تقام مرة كل سنتين منذ عام 1994.[1] توفر هذه التقنية فرصة لاختبار طرق توقع هياكل البروتينات و توصيل توقعات فنية مستقلة بمجال توقع اشكال البروتينات لمراكز البحث و مستخدمي البرامج. على الرغم من أن الهدف الأساسي من CASP هي تطوير الوسائل للتعرف على الهيكل الثلاثي الابعاد للبروتينات من تراكيب احماضها الامينية, الكثيرون يرون هذه التجربة على انها بطولة العالم في هذا المجال من العلوم.  أكثر من 100 مجموعة بحث حول العالم يشاركون فيها بشكل روتيني ومن الشائع ان تستأنف مجموعات كاملة ابحاثها الاخرى بينما يركزون على تجهيز "سيرفراتها" لهذه التجربة والقيام بالتوقعات الدقيقة.

اختيار البروتينات المستهدفة[عدل]

لضمان ان لا احد من المتنبئين لديه معلومات مسبقة عن هيكل البروتين ولكي لا يكون لديه افضلية عن الاخرين, من المهم ان تقام التجربة بطريقة مزدوجة التعمية: كل من المتنبئين والمنظمين يجب ان لا يعرفوا هياكل البروتينات في وقت انشاء التجارب. البروتينات المستهدفة قد تكون اما على وشك ان تكتشف بواسطة تقنية الدراسة بالاشعة البلورية او هياكل تم اكتشافها حديثا ومحفوظة في بنك بيانات البروتينات.  اذا كانت المتسلسلة المعطاة مرتبطة الاصل ببروتين معروف الهيكل ) يسمى قالب), بالإمكان استخدام تصميم البروتين المنافس “دراسة البلورات بالأشعة السينية” للتنبؤ بشكل ثلاثي الأبعاد القوالب يمكن العثور عليها باستخدام اساليب تسلسل المحاذاة  (على سبيل المثال BLAST أو HHsearch) أو protein threading التي هي أفضل في إيجاد قوالب بعيدة الصلة. وإلا يجب تطبيق  دي نوفو بنية البروتين التنبؤ (على سبيل المثال روزيتا) وهي أقل موثوقية ولكن في بعض الأحيان يمكن أن تسفر عن نماذج صحيحة (عادة ، البروتينات أقل من 100-150 حمض أميني). التراكيب الجديدة كليا اصبحت نادرة ، [2][3] مما يجعل هذه الفئة أقل من المرغوب فيه.

التقييم[عدل]

المراجع[عدل]

  1. ^ Moult, J.؛ et al. (1995). "A large-scale experiment to assess protein structure prediction methods". Proteins. 23 (3): ii–iv. PMID 8710822. doi:10.1002/prot.340230303. 
  2. ^ Tress, M.؛ et al. (2009). "Target domain definition and classification in CASP8". Proteins. 77 (Suppl 9): 10–17. PMID 19603487. doi:10.1002/prot.22497. 
  3. ^ "The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library". Proc Natl Acad Sci USA. 102 (4): 1029–1034. 2005. PMID 15653774. doi:10.1073/pnas.0407152101.