جامعة النيلين في السودان، كانت سابقاً تعرف بجامعة القاهرة فرع الخرطوم، وقد تأسست في العام 1956 م في عهد الرئيس المصري جمال عبد الناصر لتكون جسر تواصل علمي وثقافي للعلاقات بين السودانومصر، وفي عهد ثورة الإنقاذ تم تحويلها إلى ”جامعة النيلين“ في عام 1993م، وهي جامعة عريقة، كانت تتكون من كلية القانونوالآدابوالتجارة والعلوم، أضيفت لها في التسعينات كليات: الطب و[|الصيدلة]] والهندسةوالبصريات والعلوم الرياضية والمختبرات والعلوم والتكنولوجيا والمختبرات الطبية وتعد أكبر جامعة سودانية من حيث عدد الطلاب، ثم ألحقت بها العديد من الكليات.
جامعة النيلين من اعرق الجامعات السودانية والعربية وتقع معظم كليات جامعة النيلين في شارع الجمهورية في مقرن النيلين وبالقرب من جزيرة توتي الجميلة...
كلية التجارة والدراسات الاقتصادية والاجتماعية: وهي أكبر الكليات في الجامعة وتنقسم الي مدرستين مدرسة التجارة وتشمل اقسام الإدارة والمحاسبة والتامين ومدرسة الدراسات الاقتصادية والاجتماعية وتشمل اقسام العلوم السياسية وعلم الاجتماع وقسم الاقتصاد
كلية القانون: من الكليات الكبيرة والمتميزة حيث يتم فيها امتحان تنظيم مهنة القانون (المعادلة) لخريجي القانون بالجامعات السودانية
كلية علوم المختبرات الطبية
كلية العلوم والتقانة
كلية النفط والمعادن: وتضم خمسة اقسام وهي: الجيولوجيا, جيولوجيا البترول, الثروات المعدنية, جيولوجيا المياه والجوفيزياء. تعتبر الكلية من أفضل الكليات المختصة بعلوم الارض في السودان حيث تضم كادر مؤهل, مقررات مواكبة ومعامل مجهزة وتهتم كثيرا بالعمل الحقلي.