فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى التنقل اذهب إلى البحث
اضغط هنا للاطلاع على كيفية قراءة التصنيف

فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة

SARS-CoV with corona.jpg
صورة بالمجهر الإلكتروني النافذ لفيروسات تاجية متعلقة بسارس الناشئة من الخلايا المضيفة المستنبتة في المختبر

المرتبة التصنيفية نوع[1][2]  تعديل قيمة خاصية (P105) في ويكي بيانات
التصنيف العلمي  تعديل قيمة خاصية (P171) في ويكي بيانات
فوق النطاق  حيويات
مملكة  Riboviria
رتبة  فيروسات عشية
فصيلة  فيروسات تاجية
فُصيلة  فيروس كورونا
جنس  فيروس كورونا بيتا
جُنيس  Sarbecovirus
الاسم العلمي
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus[1][2]  تعديل قيمة خاصية (P225) في ويكي بيانات
السلالات
مرادفات
SARS coronavirus

SARS-related coronavirus

Severe acute respiratory syndrome coronavirus[8]


فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة (SARSr-CoV)[ملاحظة 1] هو نوع من فيروسات كورونا يصيب البشر والخفافيش وبعض الثدييات الأخرى.[9][10]، وهو فيروس رنا مفرد السلسلة موجب الاتجاه مغلف يدخل خلايا مضيفه عبر الارتباط بمستقبل ACE2. وينتمي إلى جنس فيروس كورونا بيتا والجنس الفرعي فيروس كورونا ساربي (Sarbecoronavirus).[11][12]

تسببت سلالتين من الفيروس في تفشيات لأمراض تنفسية شديدة لدى البشر: فيروس كورونا السارس (SARS-CoV) الذي تسبب في تفشي المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة (SARS) بين 2002 و2003، وفيروس كورونا السارس 2 الذي يُحدث منذ أواخر 2019 جائحة مرض فيروس كورونا 2019 (كوفيد 19).[13][14] توجد المئات من السلالات الأخرى من فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة، ومعروف بأن جميعها يصيب أنواعا غير بشرية. الخفافيش هي الخزان الرئيسي للعديد من سلالات فيروسات كورونا المرتبطة بالسارس، وتم تحديد العديد من السلالات في زباد النخل والتي على الأرجح هي أسلاف لفيروس كورونا السارس.[13][15]

فيروس كورونا المرتبط بالسارس هو أحد عدة فيروسات صنفتها منظمة الصحة العالمية في 2016 بأنها من الممكن أن تسبب وباء مستقبليا في مخطط جديد طُوِّر بعد وباء إيبولا للبحث والتطوير العاجل -قبل وأثناء الوباء- لاختبارات تشخيص، لقاحات وأدوية. تحقق هذا التنبؤ مع حدوث جائحة فيروس كورونا 2019–20.[16][17]

التصنيف[عدل]

فيروس كورونا المرتبط بالسارس هو عضو من جنس فيروس كورونا بيتا (المجموعة 2) والجنس الفرعي فيروس كورونا ساربي (Sarbecovirus) (المجموعة الفرعية B).[18] فيروسات كورونا ساربي وعلى خلاف فيروسات كورونا إيمبي أو فيروسات كورونا ألفا لا تملك سوى ببتيداز شبيه بالباباين وحيد بدل اثنين في إطار القراءة المفتوح 1 (ORF1).[19] حُدِّد أن فيروس كورونا المرتبط بالسارس هو تفرعٌ باكرٌ من مجموعة فيروسات كورونا بيتا وذلك استنادا على مجموعة من النطاقات المحفوظة التي يشترك فيها مع المجموعة.[20][21]

الخفافيش هي المخزن المضيف الرئيسي لفيروس كورونا المرتبط بالسارس، حيث تطور الفيروس بشكل مشترك مع خفاش مضيف عبر مدة طويلة من الزمن.[22] ومؤخرا فقط، تطورت سلالات من فيروس كورنا المرتبط بالسارس وقامت بالانتقال عبر الأنواع من الخفافيش إلى البشر، كما هو الحال في سلالتي فيروس كورونا السارس، وفيروس كورونا السارس 2.[23][24] تنحدر كلا هاتين السلالتين من سلف واحد لكنهما قاما بالانتقال عبر الأنواع بشكل منفصل. فيروس كورونا السارس 2 ليس سليلا مباشرا من فيروس كورونا السارس.[13]

الجينوم[عدل]

مخطط لتنظيم جينوم فيروس السارس (SARS-CoV) وبروتيناته الفيروسية.

فيروس كورونا المرتبط بالسارس هو فيروس رنا مفرد السلسلة موجب الاتجاه مغلف، طول جينومه حوالي 30 ألف قاعدة وهو أحد أطول فيروسات الرنا. يملك هذا الفيروس 14 إطار قراءة مفتوح متداخلة في بعض الحالات.[25] للجينوم قبعة 5' ممثيلة وذيل عديد أدينين 3'،[26] ويوجد 265 نوكليوتيد في المنطقة 5' غير المترجمة (5′UTR) و342 نوكليوتيد في المنطقة 3' غير المترجمة (3′UTR).[25]

تسمح القبعة 5' الممثيلة وذيل عديد الأدينين 3' لجينوم الرنا موجب الاتجاه بأن يُترجم مباشرة بواسطة ريبوسومات الخلية المضيفة عند دخول الفيروس.[27] فيروس كورونا المرتبط بالسارس مماثل لفيروسات كورونا الأخرى في أن التعبير عن جينومه يبدأ بترجمة ريبوسومات الخلية لإطاري القراءة المفتوحين الكبيرين المتداخلين 1a و1b الذين ينتج كلاهما عديد بروتين.[25]

وظيفة العديد من البروتينات الفيروسية معروفة.[28] حيث يشفر إطارا القراءة 1a و1b عديد البروتين الخاص ببوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (ريبليكاز الرنا) المعروف كذلك باسم منتسخة الرنا (ترنسكريبتاز)، وتشفر إطارت القراءة: 2a و4a و5a و9a على التوالي البروتينات البنيوية الرئيسية الأربعة: الحسكة، الغلاف، الغشاء والقفيصة المنواة.[29] وتشفر إطارات القراءة التالية من 3a حتى 9b ثمانية بروتينات فريدة تعرف باسم البروتينات الملحقة أو الإضافية والتي لا يوجد نظير لمعظمها لدى فيروسات أخرى. الوظائف المختلفة للبروتينات الملحقة ليست مفهومة جيدا.[28]

وظيفة بروتينات جينوم فيروس السارس (SARS-CoV)
من إطار القراءة المفتوح 1a حتى 9b ‏(orf1a to orf9b).
إطار القراءة المفتوح الوظيفة[30][31][32]
orf1a وorf1b عديد بروتين ريبليكاز الرنا/ منتسخة الرنا (pp1ab)، نسخ الجينوم لإنشاء فيروسات أخرى.
(بروتين غير بنيوي)
orf2 بروتين الحسكة (S)، ارتباط الفيروس بالمستقبل ودخوله للخلية.
(بروتين بنيوي)
orf3a يتآثر مع البروتينات البنيوية: الحسكة S والغلاف E والغشاء M.
يملك نشاط قناة أيونية.
ينظم بالزيادة السيتوكينات والكيموكينات مثل إنترلوكين 8 وCCL5.
ينظم بالزيادة NF-κB و JNK (en)
يحدث الاستماتة وتوقف دورة الخلية عبر كاسباز 8 و9، وبواسطة BAX وبي53،
وكذلك كيناز MAP P38.
orf3b ينظم بالزيادة السيتوكينات والكيموكينات بواسطة RUNX1.
يثبط إنتاج إنترفيرون نوع 1 والتأشير بواسطته.
يحدث الاستماتة وتوقف دورة الخلية.
orf4 بروتين الغلاف (E)، تجميع الفيروس وتبرعمه (خروجه من الخلية).
(بروتين بنيوي)
orf5 بروتين الغشاء (M)، تجميع الفيروس وتبرعمه (خروجه من الخلية).
(بروتين بنيوي)
orf6 يحسن من التخليق الخلوي للدنا.
يثبط إنتاج إنترفيرون نوع 1 والتأشير بواسطته.
orf7a يثبط التخليق الخلوي للبروتين.
يحدث استجابة التهابية عبر NF-κB ومعزز إنترلوكين 8.
ينظم بالزيادة الكيموكينات مثل إنترلوكين 8 و.CCL5.
ينظم بالزيادة JNK وكيناز MAP P38.
يحدث الاستماتة وتوقف دورة الخلية.
orf7b غير معروف
orf8a يحدث الاستماتة عبر مسارٍ للمتقدرات
orf8b يحسن من التخليق الخلوي للدنا.
orf9a بروتين القفيصة المنواة (N)، تغليف الرنا الفيروسي.
(بروتين بنيوي)
orf9b يُحدث الاستماتة الخلوية

الشكل البنيوي[عدل]

صورة لفيروس كورونا السارس (SARS-CoV).

مورفولوجيا فيروس كوونا المرتبط بالسارس هي سمة مميزة لكل عائلة فيروسات كورونا. وفيروسات كورونا هي جسيمات كروية متعددة الأشكال ذات امتدادات بصلية تظهر على شكل تاج (ومنه جاءت التسمية الفيروسات التاجية) حول الجسيمات في الصور المجهرية.[33] حجم الفيروس يترواح بين 80-90 نانومتر، ويبدو غلاف الفيروس في الصور المجهرية الإلكترونية كزوج مميز من أغشية كثافة الإلكترون.[34]

يتكون الغلاف الفيروسي من ليبيد ثنائي الطبقة تكون فيه بروتينات الغشاء (M) والغلاف (E) والحسكة (S) منغرسة أو راسية.[35] بروتينات الحسكة هي الامتدادت البصلية الخارجة من سطح الفيروس والتي تعطيه شكله المسنن التاجي. تآثر بروتينات الحسكة مع المستقبلات المتممة لها الموجودة على سطح الخلية هو أمر أساسي لتحديد الانتحاء النسيجي، الإعداء ومجال الأجناس التي يصيبها الفيروس.[36][37]

داخل الغشاء توجد القفيصة المنواة التي تتكون من عدة نسخ من بروتين القفيصة (N)، ترتبط هذه البروتينات مع جينوم الرنا الخاص بالفيروس (30 ألف قاعدة) أحادي السلسلة موجب الاتجاه في هيئية بنيوية من نوع خرزات على خيط.[38][39] يحمي غشاء اللبيد ثنائي الطبقة والبروتينات الغشائية والقفيصة المنواة الفيروس حين يكون خارج مضيفه.[40]

دورة الحياة[عدل]

يتبع فيروس كورونا المرتبط بالسارس استراتيجية التضاعف (التنسخ) النموذجية عند كل فيروسات كورونا.[26][41][42][43][44]

الارتباط والدخول[عدل]

دورة تضاعف فيروس كورونا

يحدث ارتباط فيروس كورونا السارس بالخلية المضيفة بواسطة بروتين الحسكة (spike protein) ومستقبِله،[45] يتعرف نطاق الارتباط بالمستقبل (RBD) الخاص ببروتين الحسكة على مستقبل الإنزيم المحول للأنجيوتنسين 2 (ACE2) ويرتبط به.[24] بعد الارتباط يدخل الفيروس إلى الخلية المضيفة عبر مسارين مختلفين. المسار الذي يتخذه الفيروس يعتمد على البروتياز المتواجد في الخلية المضيفة والذي يقص وينشط بروتين الحسكة المرتبط بالمستقبل.[46]

المسار الأول الذي يتخذه فيروس كورونا السارس لدخول الخلية المضيفة يتم بواسطة الإدخال الخلوي وأخذ الفيروس في جسيم داخلي. بعد ذلك يُفعَّل بروتين الحسكة المرتبط بالمستقبل بواسطة بروتياز السيستين كاتيبسين L المعتمد على الأس الهيدروجيني والخاص بالخلية المضيفة. يسبب تنشيط بروتين الحسكة المرتبط بالمستقبل تغيرا هيئويا يتلوه اندماج الغلاف الفيروسي مع غشاء الجسيم الداخلي.[46]

في المسار الثاني، يستطيع الفيروس دخول الخلية مباشرة عبر قصٍ حالٍ لبروتين الحسكة المرتبط بالمستقبل بواسطة بروتيازي السيرين الخاصين بالمضيف: TMPRSS2 وTMPRSS11D وذلك في سطح الخلية.[47][48] لدى فيروس كورونا السارس، يُحفِّز تنشيط جزء النهاية الكربوكسيلية من بروتين الحسكة اندماجَ الغلاف الفيروسي مع الغشاء الخلوي عبر إحداث تغيرات هيئوية غير مفهومة بشكل كامل.[49]

ترجمة الجينوم[عدل]

وظيفة البروتينات اللابنيوية (nsps)
لفيروس كورونا[50]
البروتين الوظيفة
nsp1 يعزز تفكيك الرنا الرسول الخاص بالمضيف، يوقف الترجمة لدى المضيف.
يوقف الاستجابة المناعية الفطرية.
nsp2 يرتبط ببروتينات بروهبتين.
غير معروف الوظيفة.
nsp3 بروتين عبر غشائي عديد النطاقات، يتفاعل مع البروتين N ويعزز التعبير عن السيتوكينات. يقص نطاق باباين عديد البروتين pp1ab ويوقف الاستجابة المناعية الفطرية للمضيف. نطاقاته الأخرى غير معروفة الوظيفة.
nsp4 بروتين سقالة عبر غشائي.
يسمح باتخاذ البنية الصحيحة للحويصلات مزدوجة الغشاء (DMVs).
nsp5 يقص 3CLPro عديد البروتين pp1ab.
nsp6 بروتين سقالة عبر غشائي.
وظيفة غير معروفة.
nsp7 يشكل مركب سداسي القسمات مع nsp8، ملقاط عملياتية بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (RdRp) (nsp12).
nsp8 يشكل مركب سداسي القسمات مع nsp7، ملقاط اضطراد بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (nsp12)، يعمل كبريماز.
nsp9 بروتين مرتبط بالرنا (RBP).
nsp10 عامل مرافق لـnsp16 وnsp14 ويشكل مثنوي مغاير مع كليهما. يحث نشاط مثيلة 2'-O ‏(nsp16) وريبونوكلياز خارجي (nsp14).
nsp11 وظيفة غير معروفة
nsp12 بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (RdRp)
nsp13 هيليكاز الرنا، 5' ثلاثي الفوسفاتاز.
nsp14 ناقلة الميثيل N7،‏ 3'-5' ريبونوكلياز خارجي (ExoN)، تضيف ناقلة الميثيل N7 القبعة 5'. يصحح الريبونوكلياز الخارجي (ExoN) الجينوم.
nsp15 ريبونوكلياز داخلي (NendoU).
nsp16 ناقلة ميثيل-2'-O (2-O-MT). يحمي الرنا الفيروسي من MDA5.

بعد الاندماج تنتقل القفيصة إلى السيتوبلازم ويُحرر الجينوم الفيروسي هناك. يعمل الجينوم الفيروسي كرنا رسول ويقوم ريبوسوم الخلية بترجمة ثلثي الجينوم وهما إطارا القراءة المفتوح ORF1a وORF1b إلى عديدي بروتين كبيرين متداخلين pp1a وpp1ab

عديد البروتين الكبير pp1ab هو نتيجة انزياح الإطار الريبوسومي بـ -1 يُحدثه التسلسل الزلق UUUAAAC وعقدة رنا كاذبة مع المسار في نهاية إطار القراءة المفتوح ORF1a.[51] يسمح انزياح الإطار الريبوسومي بالترجمة المستمرة للإطار ORF1a متبوعا بـORF1b.[52]

تحتوي عديدات البروتين على البروتيازات الخاصة بها: PLpro و3CLpro اللذان يقصان عديدات البروتين في مواقع محددة مختلفة. ينتج عن قص عديد البروتين pp1ab ‏16 بروتينا لابنيويا (nsp) (nsp1 حتى nsp16). تشمل البروتينات الناتجة العديد من بروتينات النسخ والتضاعف مثل: بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (RdRpهيليكاز الرنا والريبونوكلياز الخارجي (ExoN).[52][43]

التضاعف والنسخ[عدل]

نموذج لمركب الريبليكاز-ترانسكريبتاز الخاص بفيروس كورونا. RdRp للتضاعف والتنسخ (أحمر)، ExoN للتصحيح (أزرق مسود)، ExoN عامل مرافق (أصفر)، RBPs لتجنب البنية الثانوية (أزرق خفيف)، ملقاط الرنا المنزلق من أجل العملياتية [الإنجليزية] ونطاق برايماز من أجل الشروع (أخضر/برتقالي)، وهيليكاز لفك التفاف الرنا (مع المسار).

يتكتل عددٌ من بروتينات التضاعف اللابنيوية لتشكيل معقد البروتين ريبليكاز-ترانسكريبتاز (RTC) عديد البروتينات.[52] البروتين الرئيسي في مركب الريبليكاز-ترانسكريبتاز هو بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا (RdRp)، ويعمل الأخير بشكل مباشر على مضاعفة جينوم الرنا لتشكيل جينومات أخرى وكذلك نسخ إطارات القراءات لتخليق جزيئات الرنا الرسول الخاصة بالبروتينات الفيروسية، بينما تساعد البروتينات اللابنيوية الأخرى في عملية النسخ والتضاعف.[50]

البروتين اللابنيوي 15 (nsp15) هو 3'-5' ريبونوكلياز خارجي يعمل على تصحيح عملية النسخ وإضفاء دقة وصحة أكبر عليها. ويوفر للمعقد خاصية التصحيح التي لا يملكها بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا. يشكل بروتيني nsp8 وnsp7 ملقاطا منزلقا وهو جزء من المعقد يزيد بشكل كبير عملياتية [الإنجليزية] بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا.[50] تتطلب فيروسات كورونا دقة وعملياتية مرتفعة أثناء تخليق الرنا بسبب جينومها الكبير نسبيا مقارنة بفيروسات أخرى.[53]

أحد الوظائف الرئيسية لمعقد الريبليكاز-ترانسكريبتاز هو نسخ الجينوم الفيروسي. يقوم بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا بالتخليق المباشر لجزيئات الرنا الجينومية الفرعية سالبة الاتجاه من الرنا الجينومي موجب الاتجاه، ثم يلي ذلك نسخ جزيئات الرنا الجينومية الفرعية سالبة الاتجاه هذه إلى جزيئات رنا رسول موجبة الاتجاه مقابلة لها تنتج عنها البروتينات الفيروسية البنيوية واللابنيوية بعد الترجمة.[54]

وظيفة مهمة أخرى لمركب الريبليكاز-ترانسكريبتاز هي مضاعفة الجينوم الفيروسي، يقوم بوليميراز الرنا المعتمد على الرنا بالتخليق المباشر لسلسلة الرنا الجينومية سالبة الاتجاه من الجينوم الفيروسي موجب الاتجاه، ثم يلي ذلك مضاعفة جينوم الرنا سالب الاتجاه هذا إلى جينومات رنا موجبة الاتجاه.[54]

تصبح جينومات الرنا المضاعفة جينوماتٍ لفيروسات جديدة. مختلف جزيئات الرنا الرسول الصغيرة هي نُسخٌ من الثلث الأخير من جينوم الفيروس والتي تلي إطاري القراءة ORF1a وORF1b. تُترجم جزيئات الرنا الرسول هذه إلى أربع بروتينات بنيوية (S وE وM وN) والتي ستصبح جزءا من الفيروسات الجديدة، وإلى ثمانية بروتينات ملحقة أخرى (orf3 to orf9b) والتي تساعد الفيروس في عمله.[55]

التجميع والتحرير[عدل]

تحدث ترجمة الرنا داخل الشبكة الإندوبلازمية، وتنتقل البروتينات البنيوية S وE وM على طول المسار الإفرازي إلى التكتل الوسطي لجهاز غولجي، وهناك يقوم البروتين الغشائي M بتوجيه معظم تآثرات بروتين-بروتين المطلوبة لتجميع الفيروسات بعد ارتباطها بالقفيصة المنواة.[56]

تُحرَّر فيروسات النسل (الجديدة) من الخلية المضيفة بواسطة الإخراج الخلوي عبر حويصلات إفرازية.[56]

ملاحظات[عدل]

  1. ^ يُستخدم المصطلحان SARSr-CoV أي فيروس كورونا المرتبط (الذي يسبب أو له صلة) بالسارس وSARS-CoV أي فيروس كورونا السارس في بعض الأحيان بشكل مترادف، خاصة قبل اكتشاف SARS-CoV-2 أي فيروس كورونا السارس 2.

مراجع[عدل]

  1. أ ب ت النص الكامل متوفر في: http://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/4911 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2013 v2
  2. أ ب ت النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/5208 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2014 v4
  3. ^ النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/5945 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2015 v1
  4. ^ النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/6776 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2016 v1.3
  5. ^ النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/7185 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2017 v1
  6. ^ النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/7992 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2018a v1
  7. ^ النص الكامل متوفر في: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/8266 — المحرر: اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات — العنوان : ICTV Master Species List 2018b.v2
  8. ^ "ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (باللغة الإنجليزية). مؤرشف من الأصل (html) في 22 فبراير 2020. اطلع عليه بتاريخ 27 يناير 2019. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  9. ^ Branswell H (9 November 2015). "SARS-like virus in bats shows potential to infect humans, study finds". Stat News. مؤرشف من الأصل في 21 فبراير 2020. اطلع عليه بتاريخ 20 فبراير 2020. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  10. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (February 2019). "Global Epidemiology of Bat Coronaviruses". Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586. Most notably, horseshoe bats were found to be the reservoir of SARS-like CoVs, while palm civet cats are considered to be the intermediate host for SARS-CoVs [43,44,45]. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  11. ^ "Virus Taxonomy: 2018 Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (باللغة الإنجليزية). October 2018. مؤرشف من الأصل في 9 مارس 2020. اطلع عليه بتاريخ 13 يناير 2019. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  12. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (August 2010). "Coronavirus genomics and bioinformatics analysis". Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. Figure 2. Phylogenetic analysis of RNA-dependent RNA polymerases (Pol) of coronaviruses with complete genome sequences available. The tree was constructed by the neighbor-joining method and rooted using Breda virus polyprotein. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  13. أ ب ت Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses (March 2020). "The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2". Nature Microbiology. doi:10.1038/s41564-020-0695-z. PMID 32123347. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  14. ^ Kohen, Jon; Kupferschmidth, Kai (28 February 2020). "Strategies shift as coronavirus pandemic looms". Science. 367 (6481): 962–963. doi:10.1126/science.367.6481.962. PMID 32108093. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  15. ^ Lau SK, Li KS, Huang Y, Shek CT, Tse H, Wang M, et al. (March 2010). "Ecoepidemiology and complete genome comparison of different strains of severe acute respiratory syndrome-related Rhinolophus bat coronavirus in China reveal bats as a reservoir for acute, self-limiting infection that allows recombination events". Journal of Virology. 84 (6): 2808–19. doi:10.1128/JVI.02219-09. PMC 2826035. PMID 20071579. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  16. ^ Kieny M. "After Ebola, a Blueprint Emerges to Jump-Start R&D". Scientific American Blog Network. مؤرشف من الأصل في 20 ديسمبر 2016. اطلع عليه بتاريخ 13 ديسمبر 2016. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  17. ^ "LIST OF PATHOGENS". World Health Organization. مؤرشف من الأصل في 20 ديسمبر 2016. اطلع عليه بتاريخ 13 ديسمبر 2016. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  18. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (February 2019). "Global Epidemiology of Bat Coronaviruses". Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586. See Figure 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  19. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (August 2010). "Coronavirus genomics and bioinformatics analysis". Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. See Figure 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  20. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (August 2010). "Coronavirus genomics and bioinformatics analysis". Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. Furthermore, subsequent phylogenetic analysis using both complete genome sequence and proteomic approaches, it was concluded that SARSr-CoV is probably an early split-off from the Betacoronavirus lineage [1]; See Figure 2. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  21. ^ "Coronaviridae - Figures - Positive Sense RNA Viruses - Positive Sense RNA Viruses (2011)". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (باللغة الإنجليزية). مؤرشف من الأصل في 16 يناير 2020. اطلع عليه بتاريخ 06 مارس 2020. See Figure 2. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  22. ^ Gouilh MA, Puechmaille SJ, Gonzalez JP, Teeling E, Kittayapong P, Manuguerra JC (October 2011). "SARS-Coronavirus ancestor's foot-prints in South-East Asian bat colonies and the refuge theory". Infection, Genetics and Evolution. 11 (7): 1690–702. doi:10.1016/j.meegid.2011.06.021. PMID 21763784. Betacoronaviruses-b ancestors, meaning SARSr-CoVs ancestors, could have been historically hosted by the common ancestor of the Rhinolophidae and Hipposideridae and could have later evolved independently in the lineages leading towards Rhinolophidae and Hipposideridae betacoronaviruses. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  23. ^ Cui J, Han N, Streicker D, Li G, Tang X, Shi Z, et al. (October 2007). "Evolutionary relationships between bat coronaviruses and their hosts". Emerging Infectious Diseases. 13 (10): 1526–32. doi:10.3201/eid1310.070448. PMC 2851503. PMID 18258002. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  24. أ ب Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, et al. (November 2013). "Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor". Nature. 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. doi:10.1038/nature12711. PMC 5389864. PMID 24172901. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  25. أ ب ت Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, et al. (August 2003). "Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage". Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMID 12927536. The SARS-CoV genome is ∼29.7 kb long and contains 14 open reading frames (ORFs) flanked by 5′ and 3′-untranslated regions of 265 and 342 nucleotides, respectively (Figure 1). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  26. أ ب Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  27. ^ Fehr AR, Perlman S (2015). Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). "An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization". Methods in Molecular Biology. Springer. 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  28. أ ب McBride R, Fielding BC (November 2012). "The role of severe acute respiratory syndrome (SARS)-coronavirus accessory proteins in virus pathogenesis". Viruses. 4 (11): 2902–23. doi:10.3390/v4112902. PMC 3509677. PMID 23202509. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  29. ^ Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, et al. (August 2003). "Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage". Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMID 12927536. See Figure 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  30. ^ McBride R, Fielding BC (November 2012). "The role of severe acute respiratory syndrome (SARS)-coronavirus accessory proteins in virus pathogenesis". Viruses. 4 (11): 2902–23. doi:10.3390/v4112902. PMC 3509677. PMID 23202509. See Table 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  31. ^ Tang X, Li G, Vasilakis N, Zhang Y, Shi Z, Zhong Y, Wang LF, Zhang S (March 2009). "Differential stepwise evolution of SARS coronavirus functional proteins in different host species". BMC Evolutionary Biology. 9: 52. doi:10.1186/1471-2148-9-52. PMC 2676248. PMID 19261195. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  32. ^ Narayanan, Krishna; Huang, Cheng; Makino, Shinji (April 2008). "SARS coronavirus Accessory Proteins". Virus Research. 133 (1): 113–121. doi:10.1016/j.virusres.2007.10.009. ISSN 0168-1702. PMC 2720074. PMID 18045721. See Table 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  33. ^ Goldsmith CS, Tatti KM, Ksiazek TG, Rollin PE, Comer JA, Lee WW, et al. (February 2004). "Ultrastructural characterization of SARS coronavirus". Emerging Infectious Diseases. 10 (2): 320–6. doi:10.3201/eid1002.030913. PMC 3322934. PMID 15030705. Virions acquired an envelope by budding into the cisternae and formed mostly spherical, sometimes pleomorphic, particles that averaged 78 nm in diameter (Figure 1A). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  34. ^ Neuman BW, Adair BD, Yoshioka C, Quispe JD, Orca G, Kuhn P, et al. (August 2006). "Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy". Journal of Virology. 80 (16): 7918–28. doi:10.1128/JVI.00645-06. PMC 1563832. PMID 16873249. Particle diameters ranged from 50 to 150 nm, excluding the spikes, with mean particle diameters of 82 to 94 nm; Also See Figure 1 for double shell. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  35. ^ Lai MM, Cavanagh D (1997). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research. 48: 1–100. doi:10.1016/S0065-3527(08)60286-9. ISBN 9780120398485. PMID 9233431. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  36. ^ Masters PS (2006-01-01). The molecular biology of coronaviruses. 66. Academic Press. صفحات 193–292. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3. ISBN 9780120398690. PMID 16877062. Nevertheless, the interaction between S protein and receptor remains the principal, if not sole, determinant of coronavirus host species range and tissue tropism. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  37. ^ Cui J, Li F, Shi ZL (March 2019). "Origin and evolution of pathogenic coronaviruses". Nature Reviews. Microbiology. 17 (3): 181–192. doi:10.1038/s41579-018-0118-9. PMID 30531947. Different SARS-CoV strains isolated from several hosts vary in their binding affinities for human ACE2 and consequently in their infectivity of human cells76,78 (Fig. 6b) الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  38. ^ Fehr AR, Perlman S (2015). Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). "An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization". Methods in Molecular Biology. Springer. 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  39. ^ Chang CK, Hou MH, Chang CF, Hsiao CD, Huang TH (March 2014). "The SARS coronavirus nucleocapsid protein--forms and functions". Antiviral Research. 103: 39–50. doi:10.1016/j.antiviral.2013.12.009. PMID 24418573. See Figure 4c. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  40. ^ Neuman BW, Kiss G, Kunding AH, Bhella D, Baksh MF, Connelly S, et al. (April 2011). "A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology". Journal of Structural Biology. 174 (1): 11–22. doi:10.1016/j.jsb.2010.11.021. PMC 4486061. PMID 21130884. See Figure 10. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  41. ^ Tok TT, Tatar G. "Structures and Functions of Coronavirus Proteins: Molecular Modeling of Viral Nucleoprotein" (PDF). مؤرشف من الأصل (PDF) في 18 فبراير 2020. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  42. ^ Lal SK, المحرر (2010). Molecular Biology of the SARS-Coronavirus. doi:10.1007/978-3-642-03683-5. ISBN 978-3-642-03682-8. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  43. أ ب Cui H, Gao Z, Liu M, Lu S, Mkandawire W, Mo S, Narykov O, Srinivasan S, Korkin D (January 2020). "Structural genomics and interactomics of 2019 Wuhan novel coronavirus, 2019-nCoV, indicate evolutionary conserved functional regions of viral proteins". bioRxiv. doi:10.1101/2020.02.10.942136. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  44. ^ Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Hu Y, et al. (January 2020). "Complete genome characterisation of a novel coronavirus associated with severe human respiratory disease in Wuhan, China". bioRxiv. doi:10.1101/2020.01.24.919183. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  45. ^ Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Coronavirus Life Cycle – Attachment and Entry الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  46. أ ب Simmons G, Zmora P, Gierer S, Heurich A, Pöhlmann S (December 2013). "Proteolytic activation of the SARS-coronavirus spike protein: cutting enzymes at the cutting edge of antiviral research". Antiviral Research. 100 (3): 605–14. doi:10.1016/j.antiviral.2013.09.028. PMC 3889862. PMID 24121034. See Figure 2. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  47. ^ Heurich A, Hofmann-Winkler H, Gierer S, Liepold T, Jahn O, Pöhlmann S (January 2014). "TMPRSS2 and ADAM17 cleave ACE2 differentially and only proteolysis by TMPRSS2 augments entry driven by the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein". Journal of Virology. 88 (2): 1293–307. doi:10.1128/JVI.02202-13. PMC 3911672. PMID 24227843. The SARS-CoV can hijack two cellular proteolytic systems to ensure the adequate processing of its S protein. Cleavage of SARS-S can be facilitated by cathepsin L, a pH-dependent endo-/lysosomal host cell protease, upon uptake of virions into target cell endosomes (25). Alternatively, the type II transmembrane serine proteases (TTSPs) TMPRSS2 and HAT can activate SARS-S, presumably by cleavage of SARS-S at or close to the cell surface, and activation of SARS-S by TMPRSS2 allows for cathepsin L-independent cellular entry (26,–28). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  48. ^ Zumla A, Chan JF, Azhar EI, Hui DS, Yuen KY (May 2016). "Coronaviruses - drug discovery and therapeutic options". Nature Reviews. Drug Discovery. 15 (5): 327–47. doi:10.1038/nrd.2015.37. PMID 26868298. S is activated and cleaved into the S1 and S2 subunits by other host proteases, such as transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and TMPRSS11D, which enables cell surface non-endosomal virus entry at the plasma membrane. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  49. ^ Li Z, Tomlinson AC, Wong AH, Zhou D, Desforges M, Talbot PJ, et al. (October 2019). "The human coronavirus HCoV-229E S-protein structure and receptor binding". eLife. 8. doi:10.7554/eLife.51230. PMC 6970540. PMID 31650956. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  50. أ ب ت Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See Table 2. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  51. ^ Masters PS (2006-01-01). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research. Academic Press. 66: 193–292. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3. ISBN 9780120398690. PMID 16877062. See Figure 8. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  52. أ ب ت Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Replicase Protein Expression الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  53. ^ Sexton NR, Smith EC, Blanc H, Vignuzzi M, Peersen OB, Denison MR (August 2016). "Homology-Based Identification of a Mutation in the Coronavirus RNA-Dependent RNA Polymerase That Confers Resistance to Multiple Mutagens". Journal of Virology. 90 (16): 7415–28. doi:10.1128/JVI.00080-16. PMC 4984655. PMID 27279608. Finally, these results, combined with those from previous work (33, 44), suggest that CoVs encode at least three proteins involved in fidelity (nsp12-RdRp, nsp14-ExoN, and nsp10), supporting the assembly of a multiprotein replicase-fidelity complex, as described previously (38). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  54. أ ب Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Corona Life Cycle – Replication and Transcription الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  55. ^ Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See Figure 1. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  56. أ ب Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (المحررون). Coronaviruses. 1282. Springer. صفحات 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Coronavirus Life Cycle – Assembly and Release الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)

قراءة متعمقة[عدل]