كلوستال

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى: تصفح، ‏ ابحث
كلوستال
Hemagglutinin-alignments.png 


المطورون Gibson T. (مختبر علم الأحياء الجزيئي الأوروبي), Thompson J. (المركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي), Higgins D. (كلية دبلن الجامعية)
لغة البرمجة C++
نوع Bioinformatics tool
موقع الويب Clustal

كلوستال و بالإنجليزية (Clustal): هو برنامج حاسوبي يستخدم بكثرة لمحاذاة التسلسلات المتعددة، و أحدث إصدار له هو 2.1، [1] و هناك اختلافان رئيسيان في هذا البرنامج فيما يتعلق بالواجهة:

  • كلوستال دبليو (ClustalW)  :الواجهة تعتمد على كتابة الأوامر.
  • كلوستال اكس (ClustalX)  : واجهة المستخدم لهذا الإصدار رسومية، [2] ويمكن استخدامه في أنظمة تشغيل مختلفة مثل ويندوز وماك OS و يونيكس/لينكس.

هذا البرنامج متوفرعلى الصفحة الرئيسية لكلوستال أو ملقم ftb g لمعهد الأوربي لعلم تقنيات المعلومات الحيوي .

معلومات[عدل]

الموقع يستخدم في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics) بحيث اذا كنت تمتلك العديد من السلاسل الجينيه التي تحتوي على مواقع متداخله في ما بينها يقزم بتحديد المناطق المتشابه بين العديد من السلاسل الجينيه. تم انشاء هذا الموقع عام 1992 وتم تطوير هذا الموقع في عام 1994 وهو من اكثر المواقع المستخدمة في ترتيب العديد من السلاسل الجينيه وذلك لأنه سريع ودقيق بشكل عام بما فيه الكفاية.

الإدخال و الإخراج[عدل]

يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تشمل NBRF/PIR و فاستا و EMBL/Swissprotو EMBL/Swissprot و كلوستال و GCC/MSF و GCG9 RSF و GDE.

أما صيغ الإخراج فقد تشمل و احدة أو أكثر من الصيغ التالية: كلوستال أو NBRF/PIR أو GCG/MSF أو PHYLIP أو GDE أو NEXUS.

محاذاة التسلسل المتعدد[عدل]

هناك ثلاث خطوات رئيسية :

  1. إنشاء محاذة عشوائية
  2. إنشاء شجرة شجرة المَحْتِد أو ماتعرف بشجرة التطور (أو استخدام شجرة عرّفها المستخدم)
  3. استخدام شجرة التطور لإكمال سلسة المحاذاة

كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك ل"إنشاء محاذاة كاملة". هناك خيارات أخرى و هي "إنشاء محاذاة من شجرة الدليل" و " إنشاء شجرة دليل فقط".

الإعداد[عدل]

يستطيع المستخدمون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي و لكن قد يكون من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستخدم، والمدخلات الأساسية هي توسيع المسافة و تمديدها.

انظر أيضاً[عدل]

  • برمجيات محاذاة التسلسل
  • تي بن (T-Coffee)
  • محاذاة إم (Align-m)
  • دياليجن تي( DIALIGN-T)
  • دياليجن تي اكس(DIALIGN-TX)
  • جاليجنير(JAligner)
  • مافت (MAFFT)
  • مافيد(MAVID)
  • ماسل (MUSCLE)
  • بروبكونس(ProbCons)

المراجع[عدل]

  1. ^ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). "ClustalW and ClustalX version 2". Bioinformatics. 23 (21): 2947–2948. PMID 17846036. doi:10.1093/bioinformatics/btm404. 
  2. ^ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). "The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools". Nucleic Acids Research. 25 (24): 4876–4882. PMC 147148Freely accessible. PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876. 

وصلات خارجية[عدل]