هذه المقالة أو أجزاء منها بحاجة لتدقيق لغوي أو نحوي.

كلوستال

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة

هذه نسخة قديمة من هذه الصفحة، وقام بتعديلها JarBot (نقاش | مساهمات) في 03:35، 6 مايو 2020 (بوت:إصلاح تحويلات القوالب). العنوان الحالي (URL) هو وصلة دائمة لهذه النسخة، وقد تختلف اختلافًا كبيرًا عن النسخة الحالية.

اذهب إلى التنقل اذهب إلى البحث
Clustal
Hemagglutinin-alignments.png
معلومات عامة
نوع
Bioinformatics tool
النموذج المصدري
المطور الأصلي
المطورون
موقع الويب
معلومات تقنية
لغة البرمجة
C++
الرخصة

كلوستال و بالإنجليزية (Clustal): هو برنامج حاسوبي يستخدم بكثرة لمحاذاة التسلسلات المتعددة، وأحدث إصدار له هو 2.1، [1] و هناك اختلافان رئيسيان في هذا البرنامج فيما يتعلق بالواجهة:

  • كلوستال دبليو (ClustalW) :الواجهة تعتمد على كتابة الأوامر.
  • كلوستال اكس (ClustalX)  : واجهة المستخدم لهذا الإصدار رسومية، [2] ويمكن استخدامه في أنظمة تشغيل مختلفة مثل ويندوز وماك OS و يونيكس/لينكس.

هذا البرنامج متوفرعلى الصفحة الرئيسية لكلوستال أو ملقم ftb g لمعهد الأوربي لعلم تقنيات المعلومات الحيوي .

معلومات

الموقع يستخدم في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics) بحيث إذا كنت تمتلك العديد من السلاسل الجينية التي تحتوي على مواقع متداخله في ما بينها يقزم بتحديد المناطق المتشابه بين العديد من السلاسل الجينيه. تم انشاء هذا الموقع عام 1992 وتم تطوير هذا الموقع في عام 1994 وهو من أكثر المواقع المستخدمة في ترتيب العديد من السلاسل الجينيه وذلك لأنه سريع ودقيق بشكل عام بما فيه الكفاية.

الإدخال والإخراج

يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تشمل NBRF/PIR و فاستا و EMBL/Swissprotو EMBL/Swissprot و كلوستال و GCC/MSF و GCG9 RSF و GDE.

أما صيغ الإخراج فقد تشمل واحدة أو أكثر من الصيغ التالية: كلوستال أو NBRF/PIR أو GCG/MSF أو PHYLIP أو GDE أو NEXUS.

محاذاة التسلسل المتعدد

هناك ثلاث خطوات رئيسية :

  1. إنشاء محاذة عشوائية
  2. إنشاء شجرة شجرة المَحْتِد أو ماتعرف بشجرة التطور (أو استخدام شجرة عرّفها المستخدم)
  3. استخدام شجرة التطور لإكمال سلسة المحاذاة

كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك ل"إنشاء محاذاة كاملة". هناك خيارات أخرى وهي "إنشاء محاذاة من شجرة الدليل" و " إنشاء شجرة دليل فقط".

الإعداد

يستطيع المستخدمون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي ولكن قد يكون من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستخدم، والمدخلات الأساسية هي توسيع المسافة وتمديدها.

انظر أيضاً

  • برمجيات محاذاة التسلسل
  • تي بن (T-Coffee)
  • محاذاة إم (Align-m)
  • دياليجن تي( DIALIGN-T)
  • دياليجن تي اكس(DIALIGN-TX)
  • جاليجنير(JAligner)
  • مافت (MAFFT)
  • مافيد(MAVID)
  • ماسل (MUSCLE)
  • بروبكونس(ProbCons)

المراجع

  1. ^ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007)، "ClustalW and ClustalX version 2"، Bioinformatics، 23 (21): 2947–2948، doi:10.1093/bioinformatics/btm404، PMID 17846036.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)
  2. ^ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997)، "The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools"، Nucleic Acids Research، 25 (24): 4876–4882، doi:10.1093/nar/25.24.4876، PMC 147148، PMID 9396791.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)

وصلات خارجية