ORF8: الفرق بين النسختين
| [نسخة منشورة] | [نسخة منشورة] |
فيروس كورونا |
|||
| سطر 25: | سطر 25: | ||
== البنية == |
== البنية == |
||
يُشفر الـORF8 في سارس-كوف-2 بروتينا طوله 121 حمض أميني يحتوي على [[ببتيد إشعاري]] في [[النهاية الأمينية]].<ref name=redondo_2021 /> ويشكل {{وإو|لغ=en|تر=Protein dimer|عر=مثنوي بروتين|نص=مثنويا}} مترابط [[رابطة تساهمية|تساهميا]] عبر روابط [[ثنائي كبريتيد]].<ref name=flower_2021 /> ويملك [[نطاق بروتين|نطاقا]] مشابها لنطاق الغلوبولين المناعي له تماثل بعيد مع بروتين [[ORF7a]].<ref name=flower_2021 /><ref name=tan_2020 /> رغم [[تطوي البروتين|التطوي]] المتماثل إجماليا، فإن [[غرز (وراثة)|طفرة غرز]] في الـORF8 على الأرجح مسؤولة على [[تآثرات البروتين-بروتين|تآثرات بروتين بروتين]] مختلفة وتُحدِث واجهة تثني إضافية.<ref name=flower_2021 /><ref name=tan_2020 /> على عكس الـORF7a، لا يملك الـORF8 {{وإو|لغ=en|تر=Transmembrane domain|عر=نطاق عبر غشائي|نص=لولبا عبر غشائي}} وبالتالي ليس [[بروتين عبر غشائي|بروتينا عبر غشائي]]،<ref name=flower_2021 /><ref name=redondo_2021 /> لكن اقتُرح أنه ربما يملك هيئة إرساء في الغشاء.<ref name=zinzula_2021 /> |
|||
الـORF8 في سارس-كوف وسارس-كوف-2 {{وإو|لغ=en|تر=Genetic divergence|عر=تباعد جيني|نص=متباعد}} ومتباين وله [[تراصف تسلسلي|تماثل تسلسل]] أقل من 20% بينهما.<ref name=flower_2021 /> يشفر الـORF8 ذو الطول الكامل في سارس-كوف بروتينا طوله 122 حمض أميني، وهو منقسم في العديد من مستخلصات سارس-كوف إلى ORF8a وORF8b ويشفران بروتينين طولهما 39 حمض أميني و81 حمض أميني على التوالي.<ref name=liu_2014 /> اقتُرح أن بروتيني ORF8a وORF8b قد يشكلان [[مركب بروتيني|مركبا بروتينيا]].<ref name=tan_2020 /><ref name="vonbrunn_2007">{{cite journal |last1=von Brunn |first1=Albrecht |last2=Teepe |first2=Carola |last3=Simpson |first3=Jeremy C. |last4=Pepperkok |first4=Rainer |last5=Friedel |first5=Caroline C. |last6=Zimmer |first6=Ralf |last7=Roberts |first7=Rhonda |last8=Baric |first8=Ralph |last9=Haas |first9=Jürgen |title=Analysis of Intraviral Protein-Protein Interactions of the SARS Coronavirus ORFeome |journal=PLOS ONE |date=23 May 2007 |volume=2 |issue=5 |pages=e459 |doi=10.1371/journal.pone.0000459|pmid=17520018 |pmc=1868897 |bibcode=2007PLoSO...2..459V |doi-access=free }}</ref> الحمض الأميني [[سيستئين]] المسؤول على تثني بروتين سارس-كوف-2 غير منحفظ في تسلسل سارس-كوف.<ref name=flower_2021 /> أُبلغ كذلك أن بروتين ORF8ab يشكل أيضا [[بنية بروتين رابعية|بروتينا متعدد القسيمات]] مرتبطا بروابط ثنائي كبريتيد.<ref name="oostra_2007">{{cite journal |last1=Oostra |first1=Monique |last2=de Haan |first2=Cornelis A. M. |last3=Rottier |first3=Peter J. M. |title=The 29-Nucleotide Deletion Present in Human but Not in Animal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronaviruses Disrupts the Functional Expression of Open Reading Frame 8 |journal=Journal of Virology |date=15 December 2007 |volume=81 |issue=24 |pages=13876–13888 |doi=10.1128/JVI.01631-07|pmid=17928347 |pmc=2168875 }}</ref> |
|||
=== تعديلات ما بعد الترجمة === |
|||
يُعدل بروتين ORF8ab كامل الطول الخاص بسارس-كوف [[تعديل ما بعد الترجمة|بعد الترجمة]] عبر {{وإو|لغ=en|تر=N-linked glycosylation|عر=الغلكزة المرتبطة بـN|نص=غلكزة-N}}،<ref name=liu_2014 /> وهو الأمر الذي يُعتقد أنه محفوظ لدى بروتين سارس-كوف-2.<ref name=flower_2021 /> تحت الظروف التجريبة، يتم ربط كل من 8b و8ab بال[[يوبيكويتين]].<ref name=liu_2014 /> |
|||
== التعبير والتموقع == |
== التعبير والتموقع == |
||
== الوظيفة == |
== الوظيفة == |
||
نسخة 05:22، 11 يناير 2022
| بروتين NS8 لفيروس كورونا بيتا | |
|---|---|
| |
| مثنوي بروتين ORF8 الخاص بسارس-كوف-2. روابط ثنائي الكبريتيد الداخلية ظاهرة بالأصفر، وبين الجزيئية بالوردي. من ببب: 7JTL.[1] | |
| معرف | |
| رمز | bCoV_NS8 |
| قاعدة بيانات عوائل البروتينات | PF12093 |
| إنتربرو | IPR022722 |
ORF8 هو جين يُشفر البروتين الفيروسي الملحق بروتين NS8 لفيروس كورونا بيتا، ويتواجد في جنيس فيروسات كورونا البائية السارسية (Sarbecovirus). وهو أحد أقل الجينات انحفاظا وأكثرها تغيرا في الجينوم.[2][3][4][5] في بعض الفيروسات، قسمت طفرة حذف منطقة الجين إلى إطاري قراءة مفتوح صغيرين سُميا: ORF8a وORF8b وهي ميزة في العديد من عينات سارس-كوف المعزولة لاحقا من تفشي السارس، وكذلك من بعض فيروسات كورونا الخفاشية.[4][3] لهذا السبب يُسمى الطول الكامل للجين في بعض الأحيان ORF8ab.[3][6] يشفر الجين كامل الطول في سارس-كوف-2 بروتينا يحتوي على نطاق غلوبولين مناعي [الإنجليزية] غير معروف الوظيفة، ربما له دور في التآثرات مع جهاز مناعة المضيف.[4][3][1] يتشابه بروتين هذا الجين في البنية مع بروتين ORF7a ما يوحي بإمكانية نشوئه عبر تضاعف جيني.[7][8]
البنية
يُشفر الـORF8 في سارس-كوف-2 بروتينا طوله 121 حمض أميني يحتوي على ببتيد إشعاري في النهاية الأمينية.[4] ويشكل مثنويا مترابط تساهميا عبر روابط ثنائي كبريتيد.[1] ويملك نطاقا مشابها لنطاق الغلوبولين المناعي له تماثل بعيد مع بروتين ORF7a.[1][2] رغم التطوي المتماثل إجماليا، فإن طفرة غرز في الـORF8 على الأرجح مسؤولة على تآثرات بروتين بروتين مختلفة وتُحدِث واجهة تثني إضافية.[1][2] على عكس الـORF7a، لا يملك الـORF8 لولبا عبر غشائي وبالتالي ليس بروتينا عبر غشائي،[1][4] لكن اقتُرح أنه ربما يملك هيئة إرساء في الغشاء.[3]
الـORF8 في سارس-كوف وسارس-كوف-2 متباعد [الإنجليزية] ومتباين وله تماثل تسلسل أقل من 20% بينهما.[1] يشفر الـORF8 ذو الطول الكامل في سارس-كوف بروتينا طوله 122 حمض أميني، وهو منقسم في العديد من مستخلصات سارس-كوف إلى ORF8a وORF8b ويشفران بروتينين طولهما 39 حمض أميني و81 حمض أميني على التوالي.[6] اقتُرح أن بروتيني ORF8a وORF8b قد يشكلان مركبا بروتينيا.[2][9] الحمض الأميني سيستئين المسؤول على تثني بروتين سارس-كوف-2 غير منحفظ في تسلسل سارس-كوف.[1] أُبلغ كذلك أن بروتين ORF8ab يشكل أيضا بروتينا متعدد القسيمات مرتبطا بروابط ثنائي كبريتيد.[10]
تعديلات ما بعد الترجمة
يُعدل بروتين ORF8ab كامل الطول الخاص بسارس-كوف بعد الترجمة عبر غلكزة-N [الإنجليزية]،[6] وهو الأمر الذي يُعتقد أنه محفوظ لدى بروتين سارس-كوف-2.[1] تحت الظروف التجريبة، يتم ربط كل من 8b و8ab باليوبيكويتين.[6]
التعبير والتموقع
الوظيفة
التطور
مراجع
- ^ أ ب ت ث ج ح خ د ذ Flower، Thomas G.؛ Buffalo، Cosmo Z.؛ Hooy، Richard M.؛ Allaire، Marc؛ Ren، Xuefeng؛ Hurley، James H. (12 يناير 2021). "Structure of SARS-CoV-2 ORF8, a rapidly evolving immune evasion protein". Proceedings of the National Academy of Sciences. ج. 118 ع. 2: e2021785118. DOI:10.1073/pnas.2021785118. PMC:7812859. PMID:33361333.
- ^ أ ب ت ث Tan، Yongjun؛ Schneider، Theresa؛ Leong، Matthew؛ Aravind، L.؛ Zhang، Dapeng (30 يونيو 2020). "Novel Immunoglobulin Domain Proteins Provide Insights into Evolution and Pathogenesis of SARS-CoV-2-Related Viruses". mBio. ج. 11 ع. 3. DOI:10.1128/mBio.00760-20. PMC:7267882. PMID:32471829.
- ^ أ ب ت ث ج Zinzula، Luca (يناير 2021). "Lost in deletion: The enigmatic ORF8 protein of SARS-CoV-2". Biochemical and Biophysical Research Communications. ج. 538: 116–124. DOI:10.1016/j.bbrc.2020.10.045. PMC:7577707. PMID:33685621.
- ^ أ ب ت ث ج Redondo، Natalia؛ Zaldívar-López، Sara؛ Garrido، Juan J.؛ Montoya، Maria (7 يوليو 2021). "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns". Frontiers in Immunology. ج. 12: 708264. DOI:10.3389/fimmu.2021.708264. hdl:10261/249329. PMC:8293742. PMID:34305949.
- ^ Forni، Diego؛ Cagliani، Rachele؛ Clerici، Mario؛ Sironi، Manuela (يناير 2017). "Molecular Evolution of Human Coronavirus Genomes". Trends in Microbiology. ج. 25 ع. 1: 35–48. DOI:10.1016/j.tim.2016.09.001. PMC:7111218. PMID:27743750.
- ^ أ ب ت ث Liu، DX؛ Fung، TS؛ Chong، KK؛ Shukla، A؛ Hilgenfeld، R (سبتمبر 2014). "Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses". Antiviral Research. ج. 109: 97–109. DOI:10.1016/j.antiviral.2014.06.013. PMC:7113789. PMID:24995382.
- ^ Mariano، Giuseppina؛ Farthing، Rebecca J.؛ Lale-Farjat، Shamar L. M.؛ Bergeron، Julien R. C. (17 ديسمبر 2020). "Structural Characterization of SARS-CoV-2: Where We Are, and Where We Need to Be". Frontiers in Molecular Biosciences. ج. 7: 605236. DOI:10.3389/fmolb.2020.605236. PMC:7773825. PMID:33392262.
- ^ Neches، Russell Y.؛ Kyrpides، Nikos C.؛ Ouzounis، Christos A. (23 فبراير 2021). "Atypical Divergence of SARS-CoV-2 Orf8 from Orf7a within the Coronavirus Lineage Suggests Potential Stealthy Viral Strategies in Immune Evasion". mBio. ج. 12 ع. 1. DOI:10.1128/mBio.03014-20. PMC:7845636. PMID:33468697.
- ^ von Brunn، Albrecht؛ Teepe، Carola؛ Simpson، Jeremy C.؛ Pepperkok، Rainer؛ Friedel، Caroline C.؛ Zimmer، Ralf؛ Roberts، Rhonda؛ Baric، Ralph؛ Haas، Jürgen (23 مايو 2007). "Analysis of Intraviral Protein-Protein Interactions of the SARS Coronavirus ORFeome". PLOS ONE. ج. 2 ع. 5: e459. Bibcode:2007PLoSO...2..459V. DOI:10.1371/journal.pone.0000459. PMC:1868897. PMID:17520018.
- ^ Oostra، Monique؛ de Haan، Cornelis A. M.؛ Rottier، Peter J. M. (15 ديسمبر 2007). "The 29-Nucleotide Deletion Present in Human but Not in Animal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronaviruses Disrupts the Functional Expression of Open Reading Frame 8". Journal of Virology. ج. 81 ع. 24: 13876–13888. DOI:10.1128/JVI.01631-07. PMC:2168875. PMID:17928347.
