انتقل إلى المحتوى

اكتشاف خط أنابيب الزخارف الجينية: الفرق بين النسختين

عدل الوصلات
من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
تصفح التاريخ تفاعلياً
[مراجعة غير مفحوصة][مراجعة غير مفحوصة]
التعديل اللاحق ←
تم حذف المحتوى تمت إضافة المحتوى
مرئينص الويكي
ترجمة المقال وإضافة العنوان المناسب
وسمان: تمت إضافة وسم nowiki تحرير مرئي
 
سطر 1: سطر 1:
===== اكتشاف خطوط الأنابيب بين الجينات =====
اكتشاف خطوط الأنابيب بين الجينات '''DIMPL'''


⚫
== إن خطوط الأنابيب بين الجينات عبارة عن خط أنابيب للمعلومات الحيوية يتيح استخراج واختيار المناطق الجينية الغنية بالبكتيريا GC (IGRs) المخصبة للـ RNAs المنظمة غير المشفرة (ncRNAs). ==


⚫
== إن خطوط الأنابيب بين الجينات عبارة عن خط أنابيب للمعلومات الحيوية يتيح استخراج واختيار المناطق الجينية الغنية بالبكتيريا GC (IGRs) المخصبة للـ RNAs المنظمة غير المشفرة (ncRNAs) .<ref>{{Cite journal
⚫
== تم الإبلاغ عن طريقة إثراء IGRs البكتيرية لاكتشاف عزر ncRNA لأول مرة لدراسة "اكتشاف الجينوم على نطاق واسع لـ RNA منظم غير مشفر في [[بكتيريا|البكتيريا]]". يعمل خط أنابيب DIMPL على أتمتة عملية تحليل [[الجينوم]] الكلي عن طريق استخراج IGRs ، وتصفيتها حسب الطول وتكوين الحمض النووي ، وجمع البيانات اللازمة لتحديد الأشكال المرشحة وتعيين وظائفها المحتملة. يوفر خط أنابيب DIMPL تقنيات قابلة للتكرار لتحديد المناطق الجينومية المخصبة لـ ncRNA من خلال مصنفات آلة ناقلات الدعم (SVM). يمكن استخدامه للبحث عن زخارف [[حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين|الحمض النووي]] و<nowiki/>[[بروتين|البروتين]] ، بما في ذلك العناصر الشبيهة بالريبوسويتش ، وإطارات القراءة المفتوحة المنبثقة (uORFs) ، وإطارات القراءة المفتوحة القصيرة (sORFs) ، وتسلسلات زعيم البروتين الريبوزومي ، والعناصر الجينية الأنانية وأشكال الحمض النووي الريبي المنظمة الأخرى المجهولة وظيفة. ==
| last1 = Brewer

| first1 = Kenneth I.
== يستخدم DIMPL مصادر مختلفة لتحليل التسلسل ، بما في ذلك: قاعدة بيانات Rfam ، [3] كمرجع لعائلات الحمض النووي الريبي المعروفة كأداة بحث BLASTX ، [4] للتخلص من مناطق ترميز البروتين غير المشروحة الحزمة INFERNAL ، [5] [6] للبحث في تسلسل IGS CMfinder ، [7] للبحث عن ميزات بنية ثانوية محتملة للحمض النووي الريبي برنامج R-scape [8] وخوارزمية رسم R2R ، [9] لتوليد نموذج الإجماع RNAcode ، [10] للبحث عن وجود مناطق الترميز عرض الجينوم ، [11] لتصور السياق الجيني لعزر الحمض النووي الريبي تم اكتشاف أشكال RNA باستخدام DIMPL تشمل HMP-PP riboswitch ، icd-II ncRNA ، عزر carA ncRNA ، عزر ldh2 ncRNA ، [12] من بين أمور أخرى ==
| last2 = Greenlee
| first2 = Etienne B.
| last3 = Higgs
| first3 = Gadareth
| last4 = Yu
| first4 = Diane
| last5 = Mirihana Arachchilage
| first5 = Gayan
| last6 = Chen
| first6 = Xi
| last7 = King
| first7 = Nicholas
| last8 = White
| first8 = Neil
| last9 = Breaker
| first9 = Ronald R.
| date = 2021-05-10
| title = Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes
| url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33970790
| journal = RNA Biology
| volume = 18
| issue = 12
| pages = 2417–2432
| doi = 10.1080/15476286.2021.1917891
| issn = 1555-8584
| pmid = 33970790
| s2cid = 234361097
}}</ref>
⚫
* تم الإبلاغ عن طريقة إثراء IGRs البكتيرية لاكتشاف عزر ncRNA لأول مرة لدراسة "اكتشاف الجينوم على نطاق واسع لـ RNA منظم غير مشفر في [[بكتيريا|البكتيريا]]". يعمل خط أنابيب DIMPL على أتمتة عملية تحليل [[الجينوم]] الكلي عن طريق استخراج IGRs ، وتصفيتها حسب الطول وتكوين الحمض النووي ، وجمع البيانات اللازمة لتحديد الأشكال المرشحة وتعيين وظائفها المحتملة. يوفر خط أنابيب DIMPL تقنيات قابلة للتكرار لتحديد المناطق الجينومية المخصبة لـ ncRNA<ref>{{Cite journal|last1=Brewer|first1=Kenneth I.|last2=Gaffield|first2=Glenn J.|last3=Puri|first3=Malavika|last4=Breaker|first4=Ronald R.|date=2021-09-15|title=DIMPL: a bioinformatics pipeline for the discovery of structured noncoding RNA motifs in bacteria|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34524415|journal=Bioinformatics (Oxford, England)|pages=btab624|doi=10.1093/bioinformatics/btab624|issn=1367-4811|pmid=34524415}}</ref> من خلال مصنفات آلة ناقلات الدعم (SVM).
*يمكن استخدامه للبحث عن زخارف [[حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين|الحمض النووي]] و<nowiki/>[[بروتين|البروتين]] <ref>{{Cite journal|last1=Stav|first1=Shira|last2=Atilho|first2=Ruben M.|last3=Mirihana Arachchilage|first3=Gayan|last4=Nguyen|first4=Giahoa|last5=Higgs|first5=Gadareth|last6=Breaker|first6=Ronald R.|date=2019-03-22|title=Genome-wide discovery of structured noncoding RNAs in bacteria|journal=BMC Microbiology|volume=19|issue=1|pages=66|doi=10.1186/s12866-019-1433-7|issn=1471-2180|pmc=6429828|pmid=30902049}}</ref>، بما في ذلك العناصر الشبيهة بالريبوسويتش ، وإطارات القراءة المفتوحة المنبثقة (uORFs) ، وإطارات القراءة المفتوحة القصيرة (sORFs) ، وتسلسلات زعيم البروتين الريبوزومي ، والعناصر الجينية الأنانية وأشكال الحمض النووي الريبي المنظمة الأخرى المجهولة وظيفة . يستخدم DIMPL مصادر مختلفة لتحليل التسلسل ، بما في ذلك: قاعدة بيانات Rfam <ref>{{Cite journal|last1=Kalvari|first1=Ioanna|last2=Nawrocki|first2=Eric P.|last3=Argasinska|first3=Joanna|last4=Quinones-Olvera|first4=Natalia|last5=Finn|first5=Robert D.|last6=Bateman|first6=Alex|last7=Petrov|first7=Anton I.|date=2018-06-05|title=Non-Coding RNA Analysis Using the Rfam Database|journal=Current Protocols in Bioinformatics|volume=62|issue=1|pages=e51|doi=10.1002/cpbi.51|issn=1934-340X|pmc=6754622|pmid=29927072}}</ref> كمرجع لعائلات الحمض النووي الريبي المعروفة كأداة بحث BLASTX ، <ref>{{Cite journal|last1=Camacho|first1=Christiam|last2=Coulouris|first2=George|last3=Avagyan|first3=Vahram|last4=Ma|first4=Ning|last5=Papadopoulos|first5=Jason|last6=Bealer|first6=Kevin|last7=Madden|first7=Thomas L.|date=2009-12-15|title=BLAST+: architecture and applications|journal=BMC Bioinformatics|volume=10|pages=421|doi=10.1186/1471-2105-10-421|issn=1471-2105|pmc=2803857|pmid=20003500}}</ref> للتخلص من مناطق ترميز البروتين غير المشروحة الحزمة <ref>{{Cite journal|last1=Mandiwanza|first1=Tafadzwa|last2=Kaliaperumal|first2=Chandrasekaran|last3=Mulligan|first3=Linda|last4=Ryan|first4=Elizabeth|last5=Looby|first5=Seamus|last6=Caird|first6=John|last7=Brett|first7=Francesca|date=2017-02-20|title=Child with radiologically recurrent thalamic tumor|journal=Brain Pathology|volume=27|issue=2|pages=239–240|doi=10.1111/bpa.12490|issn=1015-6305|pmc=8029015|pmid=28217956}}</ref><ref>{{Cite journal|last1=Nawrocki|first1=Eric P.|last2=Eddy|first2=Sean R.|date=2013-11-15|title=Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches|journal=Bioinformatics (Oxford, England)|volume=29|issue=22|pages=2933–2935|doi=10.1093/bioinformatics/btt509|issn=1367-4811|pmc=3810854|pmid=24008419}}</ref>INFERNAL للبحث في تسلسل IGS CMfinder ،<ref>{{Cite journal|last1=Yao|first1=Zizhen|last2=Weinberg|first2=Zasha|last3=Ruzzo|first3=Walter L.|date=2006-02-15|title=CMfinder--a covariance model based RNA motif finding algorithm|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16357030|journal=Bioinformatics (Oxford, England)|volume=22|issue=4|pages=445–452|doi=10.1093/bioinformatics/btk008|issn=1367-4803|pmid=16357030}}</ref> للبحث عن ميزات بنية ثانوية محتملة للحمض النووي الريبي برنامج R-scape]<ref>{{Cite journal|last1=Rivas|first1=Elena|last2=Clements|first2=Jody|last3=Eddy|first3=Sean R.|date=2016-11-07|title=A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs|journal=Nature Methods|volume=14|issue=1|pages=45–48|doi=10.1038/nmeth.4066|issn=1548-7105|pmc=5554622|pmid=27819659}}</ref> وخوارزمية رسم <ref>{{Cite journal|last1=Weinberg|first1=Zasha|last2=Breaker|first2=Ronald R.|date=2011-01-04|title=R2R--software to speed the depiction of aesthetic consensus RNA secondary structures|journal=BMC Bioinformatics|volume=12|pages=3|doi=10.1186/1471-2105-12-3|issn=1471-2105|pmc=3023696|pmid=21205310}}</ref> R2R ، لتوليد نموذج الإجماع <ref>{{Cite journal|last1=Washietl|first1=Stefan|last2=Findeiss|first2=Sven|last3=Müller|first3=Stephan A.|last4=Kalkhof|first4=Stefan|last5=von Bergen|first5=Martin|last6=Hofacker|first6=Ivo L.|last7=Stadler|first7=Peter F.|last8=Goldman|first8=Nick|date=2011-02-28|title=RNAcode: robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data|journal=RNA (New York, N.Y.)|volume=17|issue=4|pages=578–594|doi=10.1261/rna.2536111|issn=1469-9001|pmc=3062170|pmid=21357752}}</ref>RNAcode ، للبحث عن وجود مناطق الترميز عرض الجينوم ،<ref>{{Cite journal|last1=Abeel|first1=Thomas|last2=Van Parys|first2=Thomas|last3=Saeys|first3=Yvan|last4=Galagan|first4=James|last5=Van de Peer|first5=Yves|date=2011-11-18|title=GenomeView: a next-generation genome browser|journal=Nucleic Acids Research|volume=40|issue=2|pages=e12|doi=10.1093/nar/gkr995|issn=1362-4962|pmc=3258165|pmid=22102585}}</ref> لتصور السياق الجيني لعزر [[حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين|الحمض النووي]] الريبي تم اكتشاف أشكال RNA باستخدام DIMPL تشمل HMP-PP riboswitch ، icd-II ncRNA ، عزر carA ncRNA .
*عزر ldh2 ncRNA ،<ref>{{Cite journal|last1=Brewer|first1=Kenneth I.|last2=Greenlee|first2=Etienne B.|last3=Higgs|first3=Gadareth|last4=Yu|first4=Diane|last5=Mirihana Arachchilage|first5=Gayan|last6=Chen|first6=Xi|last7=King|first7=Nicholas|last8=White|first8=Neil|last9=Breaker|first9=Ronald R.|date=2021-05-10|title=Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33970790|journal=RNA Biology|volume=18|issue=12|pages=2417–2432|doi=10.1080/15476286.2021.1917891|issn=1555-8584|pmid=33970790|s2cid=234361097}}</ref> من بين أمور أخرى. ==

نسخة 11:57، 24 مايو 2022

اكتشاف خطوط الأنابيب بين الجينات DIMPL


== إن خطوط الأنابيب بين الجينات عبارة عن خط أنابيب للمعلومات الحيوية يتيح استخراج واختيار المناطق الجينية الغنية بالبكتيريا GC (IGRs) المخصبة للـ RNAs المنظمة غير المشفرة (ncRNAs) .[1]

  • تم الإبلاغ عن طريقة إثراء IGRs البكتيرية لاكتشاف عزر ncRNA لأول مرة لدراسة "اكتشاف الجينوم على نطاق واسع لـ RNA منظم غير مشفر في البكتيريا". يعمل خط أنابيب DIMPL على أتمتة عملية تحليل الجينوم الكلي عن طريق استخراج IGRs ، وتصفيتها حسب الطول وتكوين الحمض النووي ، وجمع البيانات اللازمة لتحديد الأشكال المرشحة وتعيين وظائفها المحتملة. يوفر خط أنابيب DIMPL تقنيات قابلة للتكرار لتحديد المناطق الجينومية المخصبة لـ ncRNA[2] من خلال مصنفات آلة ناقلات الدعم (SVM).
  • يمكن استخدامه للبحث عن زخارف الحمض النووي والبروتين [3]، بما في ذلك العناصر الشبيهة بالريبوسويتش ، وإطارات القراءة المفتوحة المنبثقة (uORFs) ، وإطارات القراءة المفتوحة القصيرة (sORFs) ، وتسلسلات زعيم البروتين الريبوزومي ، والعناصر الجينية الأنانية وأشكال الحمض النووي الريبي المنظمة الأخرى المجهولة وظيفة . يستخدم DIMPL مصادر مختلفة لتحليل التسلسل ، بما في ذلك: قاعدة بيانات Rfam [4] كمرجع لعائلات الحمض النووي الريبي المعروفة كأداة بحث BLASTX ، [5] للتخلص من مناطق ترميز البروتين غير المشروحة الحزمة [6][7]INFERNAL للبحث في تسلسل IGS CMfinder ،[8] للبحث عن ميزات بنية ثانوية محتملة للحمض النووي الريبي برنامج R-scape][9] وخوارزمية رسم [10] R2R ، لتوليد نموذج الإجماع [11]RNAcode ، للبحث عن وجود مناطق الترميز عرض الجينوم ،[12] لتصور السياق الجيني لعزر الحمض النووي الريبي تم اكتشاف أشكال RNA باستخدام DIMPL تشمل HMP-PP riboswitch ، icd-II ncRNA ، عزر carA ncRNA .
  • عزر ldh2 ncRNA ،[13] من بين أمور أخرى. ==
  1. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Greenlee، Etienne B.؛ Higgs، Gadareth؛ Yu، Diane؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Chen، Xi؛ King، Nicholas؛ White، Neil؛ Breaker، Ronald R. (10 مايو 2021). "Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes". RNA Biology. ج. 18 ع. 12: 2417–2432. DOI:10.1080/15476286.2021.1917891. ISSN:1555-8584. PMID:33970790. S2CID:234361097.
  2. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Gaffield، Glenn J.؛ Puri، Malavika؛ Breaker، Ronald R. (15 سبتمبر 2021). "DIMPL: a bioinformatics pipeline for the discovery of structured noncoding RNA motifs in bacteria". Bioinformatics (Oxford, England): btab624. DOI:10.1093/bioinformatics/btab624. ISSN:1367-4811. PMID:34524415.
  3. ^ Stav، Shira؛ Atilho، Ruben M.؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Nguyen، Giahoa؛ Higgs، Gadareth؛ Breaker، Ronald R. (22 مارس 2019). "Genome-wide discovery of structured noncoding RNAs in bacteria". BMC Microbiology. ج. 19 ع. 1: 66. DOI:10.1186/s12866-019-1433-7. ISSN:1471-2180. PMC:6429828. PMID:30902049.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  4. ^ Kalvari، Ioanna؛ Nawrocki، Eric P.؛ Argasinska، Joanna؛ Quinones-Olvera، Natalia؛ Finn، Robert D.؛ Bateman، Alex؛ Petrov، Anton I. (5 يونيو 2018). "Non-Coding RNA Analysis Using the Rfam Database". Current Protocols in Bioinformatics. ج. 62 ع. 1: e51. DOI:10.1002/cpbi.51. ISSN:1934-340X. PMC:6754622. PMID:29927072.
  5. ^ Camacho، Christiam؛ Coulouris، George؛ Avagyan، Vahram؛ Ma، Ning؛ Papadopoulos، Jason؛ Bealer، Kevin؛ Madden، Thomas L. (15 ديسمبر 2009). "BLAST+: architecture and applications". BMC Bioinformatics. ج. 10: 421. DOI:10.1186/1471-2105-10-421. ISSN:1471-2105. PMC:2803857. PMID:20003500.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  6. ^ Mandiwanza، Tafadzwa؛ Kaliaperumal، Chandrasekaran؛ Mulligan، Linda؛ Ryan، Elizabeth؛ Looby، Seamus؛ Caird، John؛ Brett، Francesca (20 فبراير 2017). "Child with radiologically recurrent thalamic tumor". Brain Pathology. ج. 27 ع. 2: 239–240. DOI:10.1111/bpa.12490. ISSN:1015-6305. PMC:8029015. PMID:28217956.
  7. ^ Nawrocki، Eric P.؛ Eddy، Sean R. (15 نوفمبر 2013). "Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches". Bioinformatics (Oxford, England). ج. 29 ع. 22: 2933–2935. DOI:10.1093/bioinformatics/btt509. ISSN:1367-4811. PMC:3810854. PMID:24008419.
  8. ^ Yao، Zizhen؛ Weinberg، Zasha؛ Ruzzo، Walter L. (15 فبراير 2006). "CMfinder--a covariance model based RNA motif finding algorithm". Bioinformatics (Oxford, England). ج. 22 ع. 4: 445–452. DOI:10.1093/bioinformatics/btk008. ISSN:1367-4803. PMID:16357030.
  9. ^ Rivas، Elena؛ Clements، Jody؛ Eddy، Sean R. (7 نوفمبر 2016). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. ج. 14 ع. 1: 45–48. DOI:10.1038/nmeth.4066. ISSN:1548-7105. PMC:5554622. PMID:27819659.
  10. ^ Weinberg، Zasha؛ Breaker، Ronald R. (4 يناير 2011). "R2R--software to speed the depiction of aesthetic consensus RNA secondary structures". BMC Bioinformatics. ج. 12: 3. DOI:10.1186/1471-2105-12-3. ISSN:1471-2105. PMC:3023696. PMID:21205310.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  11. ^ Washietl، Stefan؛ Findeiss، Sven؛ Müller، Stephan A.؛ Kalkhof، Stefan؛ von Bergen، Martin؛ Hofacker، Ivo L.؛ Stadler، Peter F.؛ Goldman، Nick (28 فبراير 2011). "RNAcode: robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data". RNA (New York, N.Y.). ج. 17 ع. 4: 578–594. DOI:10.1261/rna.2536111. ISSN:1469-9001. PMC:3062170. PMID:21357752.
  12. ^ Abeel، Thomas؛ Van Parys، Thomas؛ Saeys، Yvan؛ Galagan، James؛ Van de Peer، Yves (18 نوفمبر 2011). "GenomeView: a next-generation genome browser". Nucleic Acids Research. ج. 40 ع. 2: e12. DOI:10.1093/nar/gkr995. ISSN:1362-4962. PMC:3258165. PMID:22102585.
  13. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Greenlee، Etienne B.؛ Higgs، Gadareth؛ Yu، Diane؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Chen، Xi؛ King، Nicholas؛ White، Neil؛ Breaker، Ronald R. (10 مايو 2021). "Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes". RNA Biology. ج. 18 ع. 12: 2417–2432. DOI:10.1080/15476286.2021.1917891. ISSN:1555-8584. PMID:33970790. S2CID:234361097.
مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=اكتشاف_خط_أنابيب_الزخارف_الجينية&oldid=58208255»