مستخدم:Moath Emad Abdoullah Alsoub

الحد الادنى من معاير المعلومات

معايير المعلومات الدنيا هي مجموعات من المبادئ التوجيهية والتنسيقات للإبلاغ عن البيانات المستمدة من طرق محددة عالية الإنتاجية. الغرض منها هو التأكد من أن البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة هذه الأساليب يمكن التحقق منها بسهولة وتحليلها وتفسيرها من قبل المجتمع العلمي الأوسع. في نهاية المطاف ، فإنها تسهل نقل البيانات من مقالات المجلات (البيانات غير المنظمة) إلى قواعد بيانات (بيانات منظمة) في نموذج يتيح استخراج البيانات عبر مجموعات بيانات متعددة. تتوفر معايير المعلومات الحد الأدنى لمجموعة واسعة من أنواع التجربة بما في ذلك ميكروأري (ميامي) ، RNaseq (Minseqe) ، الأيض (MSI) والبروتينات (MIAPE). [1]

الحد الأدنى لمعايير المعلومات لها جزأين. أولاً ، هناك مجموعة من متطلبات الإبلاغ - عادةً ما يتم تقديمها كجدول أو قائمة مراجعة. ثانياً ، هناك تنسيق بيانات. يجب تحويل المعلومات حول التجربة إلى تنسيق البيانات المناسب ليتم إرساله إلى قاعدة البيانات ذات الصلة. في حالة ميامي يتم تقديم معايير المعلومات الدنيا الفردية من قبل مجتمعات المتخصصين عبر التخصصات التي ركزت على مشكلة الطريقة المحددة المستخدمة في البيولوجيا التجريبية. ثم توفر المعايير مواصفات ما هي المعلومات المتعلقة بالتجارب (البيانات الوصفية) أمر بالغ الأهمية والمهمة التي يجب الإبلاغ عنها مع البيانات الناتجة لجعلها شاملة. [2] [3] إن الحاجة إلى هذا التقييس مدفوعة إلى حد كبير بتطوير طرق تجريبية عالية الإنتاجية توفر كميات هائلة من البيانات. يتم تنسيق تطوير الحد الأدنى لمعايير المعلومات للطرق المختلفة منذ عام 2008 من خلال "الحد الأدنى من المعلومات حول مشروع التحقيق الطبي الحيوي أو البيولوجي" (MIBBI) . معايير MI Miappe ، الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة النمط الظاهري للنبات يحرر Miappe هو مشروع مفتوح ومجتمعي لتنسيق البيانات من تجارب النمط الظاهري للنبات. تضم Miappe قائمة مراجعة مفاهيمية للبيانات الوصفية المطلوبة لوصف تجربة النمط الظاهري للنبات بشكل كاف. MIQE ، الحد الأدنى من المعلومات لنشر تجارب PCR في الوقت الحقيقي الكمي يحرر تم نشر هذه الإرشادات في عام 2009 على أساس المتطلبات من قبل العديد من المجلات عند تقديم بيانات QPCR ، للأسف لا يتم الالتزام بها بما يكفي ميامي ، ميكروأري التعبير الجيني يحرر مزيد من المعلومات: الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة البروتينات يصف الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة ميكروأري (ميامي) [3] الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة ميكروأري مطلوبة لتمكين تفسير نتائج التجربة بشكل لا لبس فيه وربما لإعادة إنتاج التجربة ويهدف إلى تسهيل نشر البيانات من البيانات تجارب ميكروأري. تم نشرها من قبل الجمعية المصورة في عام 2001 وكان أول معيار المعلومات المنشور للتجارب عالية الإنتاجية في علوم الحياة.

تحتوي ميامي على عدد من الامتدادات لتغطية المجالات البيولوجية المحددة ، بما في ذلك ميامي-ENV ، ميامي-نوت وميامي توكس ، تغطي الجينوم البيئي ، الجينوم الغذائي وعلمال السم ، على التوالي. ميني: الحد الأدنى من المعلومات حول التحقيق في علم الأعصاب يحرر Mini: الفيزيولوجيا الكهربية يحرر الفيزيولوجيا الكهربية هي تقنية تستخدم لدراسة الخواص الكهربائية للخلايا والأنسجة البيولوجية. تتضمن الفيزيولوجيا الكهربية عادة قياسات تغيير الجهد أو تدفق التيار الكهربائي على مجموعة واسعة من المقاييس من بروتينات قناة أيون واحدة إلى الأنسجة بأكملها. هذه الوثيقة عبارة عن وحدة واحدة ، كجزء من الحد الأدنى من المعلومات حول عائلة التحقيق في علم الأعصاب (MINI) من الوثائق التوجيهية للإبلاغ ، والتي تنتجها استشارات المجتمع ومتاحة باستمرار للتعليق العام. تمثل الوحدة المصغرة الحد الأدنى من المعلومات التي يجب الإبلاغ عنها حول مجموعة البيانات لتسهيل الوصول والتحليل الحسابي للسماح للقارئ بتفسير العمليات التي تم إجراؤها بشكل نقدي والاستنتاجات التي تم التوصل إليها ، ودعم التآكل التجريبي. في الممارسة العملية ، تضم وحدة مصغرة قائمة مرجعية للمعلومات التي يجب توفيرها ميار ، تجربة رني يحرر الحد الأدنى للمعلومات حول تجربة RNAi (MIARE) هي مبادئ توجيهية للإبلاغ عن البيانات التي تصف الحد الأدنى من المعلومات التي ينبغي الإبلاغ عنها حول تجربة RNAI لتمكين التفسير والتكاثر غير المبين للنتائج.

MIACA ، الفحص القائم على الخلية يحرر وقد مكنت التقدم في علم الجينوم والجينوم الوظيفي تحليلات واسعة النطاق لوظيفة الجينات والبروتين عن طريق التحليلات البيولوجية الخلوية عالية الإنتاجية. وبالتالي ، يمكن أن تكون الخلايا في الثقافة مضطربة في المختبر والتأثيرات المستحثة المسجلة وتحليلها. يمكن تشغيل الاضطرابات بعدة طرق ، على سبيل المثال مع الجزيئات (siRNAs ، بنيات التعبير ، المركبات الكيميائية الصغيرة ، الروابط للمستقبلات ، إلخ) ، من خلال الضغوط البيئية (مثل تحول درجة الحرارة ، نجح المصل ، حرمان الأكسجين ، إلخ) ، أو مجموعات منها. يتم تحليل الاستجابات الخلوية لمثل هذه الاضطرابات من أجل تحديد الأحداث الجزيئية في العمليات البيولوجية المعالجة ومقارنة ودمج البيانات التي تنشأ من الأساليب التكميلية المختلفة ، وإن كانت تكميلية ، وتوضيح مبادئ الترتيب الأعلى. تتوفر المستندات التي تصف MIACA وتوفر مزيد من المعلومات بالإضافة إلى قائمة مراجعة المصطلحات التي يجب الإبلاغ عنها. Miape ، التجارب البروتينية يحرر مزيد من المعلومات: الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة البروتينات يصف الحد الأدنى من المعلومات حول مستندات التجربة البروتينية المعلومات التي ينبغي تقديمها إلى جانب تجربة بروتينية. تصف المستند الأصل العمليات والمبادئ التي تقوم عليها تطوير سلسلة من المستندات المحددة للمجال التي تغطي الآن جميع جوانب سير عمل البروتينات المستندة إلى MS. Mimix ، التفاعلات الجزيئية يحرر تم تطوير هذه الوثيقة وصيانتها من خلال تراكب التفاعل الجزيئي لـ HUPO-PSI (www.psidev.info) وتصف الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة التفاعل الجزيئي. ميار ، الكواشف التقارب البروتين يحرر تم تطوير وصيانة الحد الأدنى من المعلومات حول كاشف تقارب البروتين من خلال سلسلة عمل التفاعل الجزيئي لـ Hupo-PSI (www.psidev.info) بالتزامن مع مبادرة الأجسام المضادة لـ Hupo واتحاد أوروبي من منتجي الموثق ويسعى إلى تشجيع المستخدمين على ذلك تحسين وصفها للكواشف الملزمة ، مثل الأجسام المضادة ، المستخدمة في عملية تحديد البروتين. ميابي ، الكيانات النشطة حيويا يحرر تم إنتاج الحد الأدنى من المعلومات حول كيان نشط حيوياً من قبل ممثلين من كل من الأدوية الكبيرة والأوساط الأكاديمية الذين يتطلعون إلى تحسين وصف الجزيئات الصغيرة عادةً التي ترتبط بنشاط أهداف محددة في الكائن الحي ، وربما يعدلونها ، وربما تعدل أهداف محددة في كائن حي. تشمل هذه الوثيقة جزيئات تشبه المخدرات وكذلك مبيدات الأعشاب والمبيدات الحشرية والمضافات الغذائية. يتم الحفاظ عليه بشكل أساسي من خلال برنامج صناعة EMBL-EBI (www.ebi.ac.uk/industry). MIGS/MIMS ، تسلسل الجينوم/metagenome يحرر يتم تطوير هذه المواصفات من قبل اتحاد المعايير الجينية miflowcyt ، التدفق الخلوي يحرر الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة التدفق الخلوي يحرر يعد الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة قياس التدفق الخلوي (Miflowcyt) معيارًا يتعلق بقياس التدفق الخلوي الذي يحدد معايير لتسجيل المعلومات حول نظرة عامة تجريبية وعينات وأجهزة وتحليل البيانات. [2] إنه يعزز شرحًا ثابتًا للقضايا السريرية والبيولوجية والتقنية المحيطة بتجربة التدفق الخلوي mirage ، glycomics يحرر مزيد من المعلومات: الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة حول تجربة Glycomics (Mirage) يتم دعم مشروع Mirage وتنسيقه من قبل Beilstein-Institut لإنشاء إرشادات للتعامل مع البيانات ومعالجتها في أبحاث Glycomics ميريام ، الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة في شرح النماذج يحرر الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة في شرح النماذج (MIRIAM) ، هي مجموعة من القواعد لتركيب وتوضيح النماذج الكمية للأنظمة البيولوجية. Strenda ، معايير الإبلاغ عن بيانات علم الإنزيم يحرر معايير بيانات الإبلاغ عن بيانات الإنزيم (Strenda) هي مبادرة تركز على وجه التحديد على تطوير إرشادات لتقارير التقارير (وصف البيانات الوصفية) بهدف تحسين جودة بيانات علم الإنزيم المنشورة في الأدبيات العلمية.

المراجع EMBL-EBI. "معايير الحد الأدنى من المعلومات | المعلوماتية الحيوية للمذعورين". تم الاسترجاع 2021/06/28. تتضمن هذه المقالة نصًا متاحًا بموجب ترخيص CC BY 4.0.

^ أ ب ج لي ، جيمي أ.  سبيدلين ، جوزيف ؛  بويس ، كيث  كاي ، جينيفر ؛  كروسبي ، نيكولاس.  دالفين ، مارك.  فورلونج ، جيف ؛  جاسباريتو ، ماورا ؛  غولدبرغ ، مايكل ؛  جورالتشيك ، إليزابيث م.  هيون ، بيل ؛  يانسن ، كيرستين ؛  كولمان ، توبياس.  كونغ ، ميغان ؛  ليف ، روبرت ؛  مكويني ، شانون ؛  مولوشوك ، توماس د.  مور ، واين.  نولان ، جاري ؛  نولان ، جون ؛  نيكوليتش تسوجيتش ، يانكو ؛  باريش ، ديفيد ؛  بورسيل ، باركلي ؛  تشيان ، يو ؛  سيلفراج ، بيرونثا ؛  سميث ، كلايتون.  تشوفاتكينا ، أولغا ؛  فيرتهايمر ، آن.  ويلكنسون ، بيتر ؛  ويلسون ، كريستوفر ؛  وود ، جيمس ؛  زيجون ، روبرت ؛  شويرمان ، ريتشارد هـ.  برينكمان ، ريان ر. (1 أكتوبر 2008).  "MIFlowCyt: الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة قياس التدفق الخلوي".  القياس الخلوي الجزء أ .73 (10): 926-930.  دوى: 10.1002 / cyto.a.20623.  PMC 2773297. PMID 18752282.
^ أ ب برازما ، ألفيس ؛  هينغام ، باسكال ؛  Quackenbush ، جون ؛  شيرلوك ، جافين ؛  سبيلمان ، بول ؛  ستويكرت ، كريس ؛  آخ ، جون ؛  أنسورج ، فيلهلم ؛  كرة ، كاثرين أ.  كاوستون ، هيلين سي ؛  جاسترلاند ، تيري ؛  جلينيسون ، باتريك ؛  هولستيج ، فرانك سي بي ؛  كيم ، إيرين ف.  ماركويتز ، فيكتور ؛  ماتيسي ، جون سي ؛  باركنسون ، هيلين.  روبنسون ، آلان ؛  سركان ، يوجيس ؛  شولز كريمر ، ستيفن ؛  ستيوارت ، جايسون.  تايلور ورونالد  فيلو ، جاك ؛  فينجرون ، مارتن (30 نوفمبر 2001).  "الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة ميكروأري (MIAME) - معايير مناسبة لبيانات ميكروأري".  علم الوراثة الطبيعة.  29 (4): 365-371.  دوى: 10.1038 / ng1201-365.  بميد 11726920. S2CID 6994467.
^ تايلور ، كريس ف (2008).  "تعزيز الحد الأدنى من المبادئ التوجيهية المتماسكة لإعداد التقارير للتحقيقات البيولوجية والطبية الحيوية: مشروع MIBBI".  التكنولوجيا الحيوية الطبيعة.  26 (8): 889-896.  دوى: 10.1038 / nbt.1411.  PMC 2771753. PMID 18688244.
^ بوستين ، ستيفن.  بينيس ، فلاديمير ؛  جارسون ، جيريمي ؛  هيلرمانز ، جان ؛  هوجيت ، جيم ؛  كوبيستا ، ميكائيل ؛  مولر ، رينهولد ؛  نولان ، تانيا ؛  بفافل ، مايكل ؛  شيبلي ، جريجوري ؛  فانديسومبيلي ، جو ؛  ويتوير ، كارل (2009).  "إرشادات MIQE: الحد الأدنى من المعلومات لنشر تجارب PCR الكمية في الوقت الحقيقي".  الكيمياء السريرية.  55 (4).  دوى: 10.1373 / clinchem.2008.112797.
^ جيبسون ، فرانك ، أوفرتون ، بول ، سمولدرز ، توم ، شولتز ، سيمون ، إيجلين ، ستيفن ، إنجرام ، كولين ، بانزيري ، ستيفانو ، بريم ، فيل ، سيرناغور ، إيفلين ، كننغهام ، مارك ، آدامز ، كريستوفر ، إيكترماير ، كريستوف ، سيمونوتو  ، جينيفر ، كايزر ، ماركوس ، سوان ، دانيال ، فليتشر ، مارتي ، ولورد ، فيليب.  الحد الأدنى من المعلومات حول علم الأعصاب (MINI) الفيزيولوجيا الكهربية.  متاح من Nature Preedings <http://hdl.handle.net/10101/npre.2008.1720.1> (2008)
^ "MIFlowCyt - FICCS Wiki".  2007-05-20.  مؤرشفة من الأصلي في 20 مايو 2007.  تم الاسترجاع 2021-04-21.
^ "معيار MIFlowCyt - توصية ISAC - معايير المعلوماتية الحيوية لقياس التدفق الخلوي".  flowcyt.sourceforge.net.  تم الاسترجاع 2021-04-21.
^ ليبنس ماك ، ياء ؛  الرؤية ، T.  برينر ، إي.  باورز ، ج.  كانون ، س.  كليمان ، إم جيه ؛  كننغهام ، سي دبليو ؛  Depamphilis ، سي ؛  Desalle، R.؛  دويل ، ج.  آيزن ، ج.  قو ، العاشر ؛  هارشمان ، ياء ؛  يانسن ، ر.ك.  Kellogg ، E. A. ؛  كونين ، إي ف.  ميشلر ، ب.  فيليب ، هـ.  بيريس ، جي سي ؛  Qiu ، Y.L. ؛  ري ، إس واي ؛  شولاندر ، ك.  Soltis ، D.E. ؛  Soltis ، P. S.  ستيفنسون ، دي دبليو.  الجدار ، ك.  وارنو ، تي.  زمسيك ، سي (2006).  "اتخاذ الخطوات الأولى نحو معيار للإبلاغ عن الأنساب: الحد الأدنى من المعلومات حول تحليل النشوء والتطور (MIAPA)".  OMICS: مجلة علم الأحياء التكاملي.  10 (2): 231-7.  دوى: 10.1089 / omi.2006.10.231.  PMC 3167193. PMID 16901231.
^ Struwe ، WB ؛  وآخرون.  (2016).  "الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة لمشروع تجربة glycomics (MIRAGE): إرشادات إعداد العينة لإعداد تقارير موثوقة لمجموعات بيانات glycomics".  بيولوجيا السكر.  26 (9): 907-910.  دوى: 10.1093 / جليكوب / cww082.  PMC 5045532. PMID 27654115.
^ يورك ، و.  وآخرون.  (2014).  "MIRAGE: الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة لتجربة glycomics".  بيولوجيا السكر.  24 (5): 402-406.  دوى: 10.1093 / جليكوب / cwu018.  PMC 3976285. PMID 24653214.