النابوت الداخلي هو كائن فطري أو بكتيري يعيش بشكل تعايشي داخل النبات دون إظهار أعراض مرضية على الأقل لفترة من حياته. من أمثلته فطر المهماز أو إرغوت (بالإنكليزية: Ergot) الذي يصيب الفستوكة وبعض نباتات الفصيلة النجيلية.
