هذه المقالة يتيمة. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها

ترميز الحمض النووي للطحالب

من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
اذهب إلى التنقل اذهب إلى البحث

يستخدم الرمز الشريطي للحمض النووي الطحالب بشكل شائع لتحديد الأنواع ودراسات [علم الوراثة | الطحالب تشكل مجموعة تطور جينيًا غير متجانسة ، مما يعني أن تطبيق رمز شريطي عالمي واحد / علامة لترسيم الأنواع أمر غير عملي ، وبالتالي مختلفة يتم تطبيق العلامات / الباركود لهذا الهدف في مجموعات الطحالب المختلفة.

الدياتومات[عدل]

Diatom شفرة الدنا الخيطية "" هي طريقة لتحديد التصنيف دياتوم حتى إلى الأنواع.  يتم إجراؤه باستخدام حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين أو حمض نووي ريبوزي متبوعًا بـ التضخيم و التسلسل الخاص المناطق المحفوظة في المشط الجينوم متبوعة بمهمة تصنيفية.
أحد التحديات الرئيسية لتحديد الدياتومات هو أنه يتم جمعها غالبًا كمزيج من الدياتومات من عدة أنواع.  عملية استقلاب الحمض النووي هي عملية تحديد الأنواع الفردية من عينة مختلطة من DNA البيئي (وتسمى أيضًا eDNA) والذي يتم استخلاصه مباشرة من البيئة كما في عينات التربة أو الماء.
Diatom DNA barcoding
الطريقة المطبقة حديثًا هي المشطورة DNA metabarcoding والتي تستخدم لتقييم الجودة البيئية للأنهار والجداول بسبب الاستجابة المحددة للدياتومات لظروف بيئية معينة.  نظرًا لأن تحديد الأنواع عبر علم التشكل أمر صعب نسبيًا ويتطلب الكثير من الوقت والخبرة ، [1][2] التسلسل عالي الإنتاجية (HTS) التمثيل الغذائي لحمض DNA يتيح التخصيص التصنيفي وبالتالي تحديد العينة الكاملة فيما يتعلق بالمجموعة المحددة [[Primer (biology (biology] | primers]] المختارة للحمض النووي السابق [[تفاعل البلمرة المتسلسل [التضخيم]].
حتى الآن ، تم تطوير العديد من DNA markers بالفعل ، وتستهدف بشكل رئيسي 18S rRNA.[3] باستخدام المنطقة V4 شديدة الاختلاف من الحمض النووي الصغير للوحدة الريبوزومية (SSU rDNA) ، تم العثور على تحديد قائم على DNA ليكون أكثر كفاءة ثم النهج القائم على التشكل الكلاسيكي  .[4] المناطق المحفوظة الأخرى في الجينومات التي يتم استخدامها كثيرًا كجينات علامة هي روبيسكو (rbcL) ، cytochrome oxidase I (cox1، COI)، [5] ITS [6] و [[28S ribosomal RNA | 28S]  ].[7] لقد ثبت مرارًا وتكرارًا أن البيانات الجزيئية المكتسبة بواسطة كود التعريف diatom eDNA تعكس بأمانة تمامًا مؤشرات التشعب الحيوي المستندة إلى مورفولوجيا وبالتالي تقدم تقييمًا مشابهًا لحالة النظام البيئي. [8][9] في هذه الأثناء ، يتم استخدام الدياتومات بشكل روتيني لتقييم الجودة البيئية في النظم البيئية الأخرى للمياه العذبة.[7] جنبًا إلى جنب مع [[اللافقاريات] المائية  ] تعتبر أفضل مؤشرات الاضطراب المتعلقة بالظروف الفيزيائية أو الكيميائية أو البيولوجية للمجاري المائية.  تستخدم دراسات عديدة دياتومات قاعية للرصد الحيوي.[10][11][12][13] نظرًا لأنه لم يتم العثور على رمز شريطي مثالي للحمض النووي المشع ، تم اقتراح استخدام علامات مختلفة لأغراض مختلفة.  في الواقع ، تم اعتبار جينات cox1 و ITS و 28S شديدة التباين أكثر ملاءمة للدراسات التصنيفية ، في حين أن المزيد من جينات 18S و rbcL المحفوظة تبدو أكثر ملاءمة للرصد البيولوجي.
=== مزايا ===
يعد تطبيق مفهوم الرمز الشريطي للحمض النووي على الدياتومات إمكانات كبيرة لحل مشكلة تحديد الأنواع غير الدقيقة وبالتالي تسهيل تحليلات التنوع البيولوجي للعينات البيئية.[14]
دائمًا ما تؤدي الأساليب الجزيئية القائمة على تقنية NGS إلى عدد أكبر من الأصناف المحددة التي يمكن التحقق من وجودها لاحقًا عن طريق الفحص المجهري.  تقدم نتائج هذه الدراسة دليلاً على أن شفرة eDNA  الدياتومات مناسبة لتقييم جودة المياه ويمكن أن تكمل أو تحسن الأساليب التقليدية.  Stoeck et al.[15] أظهر أيضًا أن الرمز الشريطي لـ eDNA يوفر رؤية أكثر في تنوع المشطرات أو المجتمعات البروتستانتية الأخرى ، وبالتالي يمكن استخدامه للإسقاط البيئي للتنوع العالمي.  أظهرت دراسات أخرى نتائج مختلفة.  على سبيل المثال ، كانت الجرد التي تم الحصول عليها من الطريقة القائمة على الجزيئات أقرب إلى تلك التي تم الحصول عليها بواسطة الطريقة القائمة على المورفولوجيا عندما تكون الأنواع الوفيرة في التركيز.[5]
يمكن أيضًا أن يؤدي استقلاب الحمض النووي إلى زيادة الدقة التصنيفية وقابلية المقارنة عبر المناطق الجغرافية ، والتي غالبًا ما تكون صعبة باستخدام الأحرف المورفولوجية فقط.  علاوة على ذلك ، يسمح التحديد المعتمد على الحمض النووي بتوسيع نطاق المؤشرات الحيوية المحتملة ، بما في ذلك المجموعات التصنيفية غير الواضحة التي يمكن أن تكون شديدة الحساسية أو تتحمل بعض الضغوطات.  بشكل غير مباشر ، يمكن أن تساعد الطرق الجزيئية أيضًا في سد الفجوات في المعرفة ببيئة الأنواع ، من خلال زيادة عدد العينات المجهزة إلى جانب انخفاض وقت المعالجة (فعالية التكلفة) ، وكذلك عن طريق زيادة دقة ودقة الارتباط بين الأنواع  / MOTUs والعوامل البيئية.[16]
=== التحديات ===
ملف:Naviculoid diatom (3074442495) .jpg
مورفولوجيا الدياتوم
لا يوجد حاليًا توافق في الآراء بشأن طرق الحفاظ على DNA والعزل ، واختيار الباركود DNA و PCR التمهيدي ، ولا اتفاق بشأن معلمات تجميع MOTU وتعيينها التصنيفي.[16] الحاجة إلى أخذ العينات والخطوات الجزيئية  أن يتم توحيدها من خلال دراسات التنمية.[5] أحد القيود الرئيسية هو توفر الباركود المرجعية لأنواع الدياتومات.  إن قاعدة البيانات المرجعية لتصنيفات المؤشرات الحيوية بعيدة عن الاكتمال على الرغم من الجهود المستمرة للعديد من مبادرات الترميز الوطنية ، حيث لا يزال هناك الكثير من الأنواع التي تفتقر إلى معلومات الرمز الشريطي.  علاوة على ذلك ، فإن معظم البيانات الحالية الخاصة بعملية التمثيل الغذائي متاحة محليًا ومبعثرة جغرافيًا ، مما يعيق تطوير أدوات مفيدة عالميًا.[16] Visco et al.[17] قدر أنه لا يوجد حاليًا أكثر من 30٪ من أنواع الدياتومات الأوروبية ممثلة في قواعد البيانات المرجعية.  على سبيل المثال ، هناك نقص كبير في عدد من الأنواع من مجتمعات فنوسكانديا (خاصة الدياتومات الحمضية ، مثل "Eunotia incisa").  وقد ثبت أيضًا أن التحديد التصنيفي باستخدام الرمز الشريطي للحمض النووي ليس دقيقًا فوق مستوى الأنواع ، لتمييز الأصناف على سبيل المثال (المرجع مفقود).
هناك قيود أخرى معروفة للترميز الشريطي لتحديد التصنيف هي طريقة التجميع المستخدمة قبل التخصيص التصنيفي: غالبًا ما تؤدي إلى خسارة كبيرة في المعلومات الجينية والطريقة الوحيدة الموثوقة لتقييم آثار المجموعات المختلفة وعمليات التصنيف المختلفة هي المقارنة  قائمة الأنواع التي تم إنشاؤها بواسطة خطوط أنابيب مختلفة عند استخدام نفس قاعدة البيانات المرجعية.  لم يتم القيام بذلك بعد لمجموعة متنوعة من خطوط الأنابيب المستخدمة في التقييم الجزيئي لمجتمعات الدياتوم في أوروبا.[16] قواعد البيانات التي تم التحقق منها تصنيفيًا ، والتي تتضمن قسائم يمكن الوصول إليها تعتبر حاسمة أيضًا للتعرف على التصنيف الموثوق به عبر NGS. <  المرجع> Zimmermann, Jonas; Abarca, Nelida; Enk, Neela; Skibbe, Oliver; Kusber, Wolf-Henning; Jahn, Regine (2014-09-29).  Schierwater, Bernd (المحرر). "مكتبات مرجعية تصنيفية للتكويد البيئي: مثال على أفضل الممارسات من Diatom Research". PLoS ONE (باللغة الإنجليزية). 9 (9): e108793. doi:10.1371 / journal.pone.0108793 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1932-6203. PMC 4180937. PMID 25265556. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)</ref>
بالإضافة إلى ذلك ، غالبًا ما يتم العثور على التحيز التمهيدي كمصدر رئيسي للاختلاف في الباركود ويمكن أن تختلف كفاءة البادئات PCR بين أنواع الدياتومات ، أي أن بعض البادئات تؤدي إلى تضخيم تفضيلي لأصنف على آخر.[16]
يعتبر الاستدلال على الوفرة من بيانات التشفير هو أحد أصعب المشكلات في الاستخدام البيئي.[18] {ref> Edgar, Graham J.; Alexander, Timothy J.; Lefcheck, Jonathan  S.; Bates, Amanda E.; Kininmonth, Stuart J.; Thomson, Russell J.; Duffy, J.  Emmett; Costello, Mark J.; Stuart-Smith, Rick D. (2017). "وفرة وعمليات النطاق المحلي تساهم في تدرجات متعددة في التنوع البحري العالمي". Science  Advances (باللغة الإنجليزية). 3: e1700419. doi:10.1126 / sciadv.1700419 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 2375-2548. PMC 5647131. PMID 29057321. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)</ref> عدد التسلسلات التي تم إنشاؤها  بواسطة HTS لا يتوافق بشكل مباشر مع عدد العينات أو الكتلة الحيوية وأن الأنواع المختلفة يمكن أن تنتج كمية مختلفة من القراءات (على سبيل المثال ، بسبب الاختلافات في حجم البلاستيدات الخضراء مع علامة rbcL).  Vasselon et al.[19] أنشأ مؤخرًا عامل تصحيح حجم حيوي عند استخدام علامة rbcL.  على سبيل المثال ، يحتوي "Achnanthidium minutissimum" على حجم حيوي صغير ، وبالتالي سيولد نسخًا أقل من جزء rbcL (الموجود في البلاستيدات الخضراء) من الأنواع الأكبر حجمًا.  ومع ذلك ، فإن عامل التصحيح هذا يتطلب معايرة واسعة النطاق مع كل نوع حيوي خاص به وقد تم اختباره على عدد قليل من الأنواع حتى الآن.  لا يبدو أن تقلبات عدد النسخ الجينية للعلامات الأخرى ، مثل علامة 18S ، خاصة بالأنواع ، ولكن لم يتم اختبارها بعد.
=== المناطق المستهدفة المشطورة ===
عادة ما تجمع علامة الباركود بين المناطق شديدة التغير في الجينوم (للسماح بالتمييز بين الأنواع) مع منطقة محفوظة للغاية (لضمان خصوصية الكائن المستهدف).  العديد من علامات الحمض النووي ، تنتمي إلى الجينومات النووية والميتوكوندريا والبلاستيدات الخضراء (rbcL ، COI ، ITS + 5.8S ، SSU ، 18S ...) ، تم تصميمها واستخدامها بنجاح لتحديد هوية الدياتومات مع NGS.[6][20][21]
==== 18S و V4 الوحدة الفرعية ====
تم استخدام منطقة الجينات 18S على نطاق واسع كعلامة في المجموعات البروتستانية الأخرى [22][23] و Jahn et al.[24] كانوا أول من اختبر t  هو منطقة الجينات 18S للشفرات الباركود.  اقترح زيمرمان وآخرون.[7] جزءًا طوله 390-410 نقطة أساس من موضع الجين الوراثي 18S rRNA 1800 bp كمؤشر باركود لتحليل العينات البيئية باستخدام HTS.  ويناقش استخدامها والقيود لتحديد هوية المشطورة.  يتضمن هذا الجزء الوحدة الفرعية V4 التي تعد أكبر وأكثر المناطق تعقيدًا في موقع 18S.[25] سلطوا الضوء على أن هذه المنطقة شديدة الاختلاف من الجين 18S لديها إمكانات كبيرة لدراسة التنوع البروتستانتي على نطاق واسع ولكن لديها  كفاءة محدودة لتحديد أقل من مستوى الأنواع أو الأنواع المشفرة.
==== rbcL ====
يستخدم الجين rbcl في دراسات التصنيف (Trobajo et al. 2009) والتي تشمل الفوائد التي نادرا ما تكون أي اختلافات داخل الأجنة ويتم محاذاة ومقارنتها بسهولة.  مكتبة مرجعية مفتوحة الوصول تدعى R-Syst :: diatom تتضمن بيانات عن شريطين (18S و rbcL).  يمكن الوصول إليه مجانًا من خلال موقع ويب.[26] استخدم Kermmarec وآخرون [5] بنجاح جين rbcL للتقييم البيئي لـ  الدياتومات.  يتم أيضًا محاذاة علامة rbcL ومقارنتها بسهولة.
قام كل من Moniz و Kaczmarska [21] بالتحقيق في نجاح تضخيم علامات SSU و COI و ITS2 ووجدوا أن الجزء 300 - 400 bp ITS-2 + 5.8S قدم أعلى معدل نجاح  التضخيم وحل الأنواع الجيدة.  تم استخدام هذا المؤشر لاحقًا لفصل الأنواع المحددة شكليًا بمعدل نجاح 99.5 ٪.  على الرغم من نجاح التضخيم هذا ، انتقد زيمرمان وزملاؤه [7] استخدام ITS-2 بسبب عدم التجانس داخل الأفراد.  تم اقتراح أن SSU [7] أو علامات rbcL (Mann et al.، 2010) أقل تباينًا بين الأفراد وبالتالي أكثر فائدة عند التمييز بين الأنواع.
=== التطبيقات ===
==== أداة وراثية للمراقبة الحيوية والتقييم الحيوي ====

تُستخدم الدياتومات بشكل روتيني كجزء من مجموعة من أدوات المراقبة الحيوية التي يجب مراقبتها كجزء من توجيه إطار عمل المياه الأوروبي.[27] تُستخدم الدياتومات كمؤشر لصحة النظام البيئي في المياه العذبة لأنها منتشرة في كل مكان وتتأثر مباشرةً بالتغيرات في الفيزيائية الكيميائية المعلمات وإظهار علاقة أفضل مع المتغيرات البيئية من الأصناف الأخرى على سبيل المثال اللافقاريات ، مما يعطي صورة شاملة أفضل لجودة المياه.[28]

على مدى السنوات الأخيرة ، قام الباحثون بتطوير وتوحيد الأدوات الخاصة بتشفير الحروف وتسلسل الدياتومات ، لاستكمال التقييم التقليدي باستخدام الفحص المجهري ، وفتح طريق جديد للرصد البيولوجي للأنظمة المائية.[29] كشف استخدام الدياتومات القاعية من خلال طريقة تسلسل الجيل التالي للرصد البيولوجي للنهر عن احتمالية جيدة فيه. <  المرجع name = ": 0" /> أظهرت العديد من الدراسات أنه يمكن استخدام الترميز الأيضي و HTS (التسلسل عالي الإنتاجية) لتقدير حالة الجودة والتنوع في المياه العذبة.  كجزء من وكالة البيئة ، Kelly et al.[30] طور نهج التشفير المستندة إلى الحمض النووي لتقييم مجتمعات الدياتوم في الأنهار في المملكة المتحدة.  Vasselon et al.[31] مقارنة الطرق المورفولوجية و HTS للدياتومات ووجدت  أن HTS أعطت إشارة موثوقة لحالة الجودة لمعظم الأنهار من حيث مؤشر حساسية الملوثات المحددة (SPI).  Vasselon et al.[32] أيضًا عملية تشفير الحمض النووي لمجتمعات الدياتومات على شبكة مراقبة الأنهار في جزيرة مايوت الاستوائية (DOM-TOM الفرنسية).
Rimet et al.[33] كما استكشف إمكانية استخدام HTS لتقييم تنوع المشطورة وأظهر أن مؤشرات التنوع من كل من HTS والتحليل المجهري كانت مترابطة بشكل جيد على الرغم من أنها ليست مثالية.
يمكن استخدام الرمز الشريطي للحمض النووي والتشفير الأيضي لإنشاء مقاييس ومؤشرات جزيئية ، والتي من المحتمل أن تقدم استنتاجات مشابهة بشكل عام لتلك التي توصلت إليها المناهج التقليدية حول الحالة البيئية والبيئية للأنظمة البيئية المائية.[34]
==== الطب الشرعي ====
تستخدم الدياتومات كأداة لتشخيص الغرق في ممارسات الطب الشرعي.  يعتمد اختبار الدياتوم على مبدأ استنشاق الدياتوم من الماء إلى الرئتين وتوزيعه وترسبه حول الجسم.  يمكن استخدام طرق الحمض النووي لتأكيد ما إذا كان سبب الوفاة يغرق بالفعل وتحديد مكان الغرق.[35] Datom DNA metabarcoding ، يتيح الفرصة لتحليل مجتمع المشطورة الموجود داخل الجسم بسرعة و  حدد مصدر الغرق وتحقق مما إذا كان الجسد قد تم نقله من مكان إلى آخر.
==== الأنواع المشفرة والبيانات ====
قد يساعد ترميز الحروف المشطورة في تحديد الأنواع المشفرة التي يصعب التعرف عليها باستخدام الفحص المجهري ويساعد على إكمال قواعد البيانات المرجعية من خلال مقارنة التجميعات المورفولوجية ببيانات الترميز.[33] "" "

طحالب مجهرية أخرى[عدل]

تمتلك يخضورات قدماء ونسبًا متنوعًا جدًا من حيث التصنيف (فانغ وآخرون 2014) ، بما في ذلك النباتات الأرضية أيضًا.  على الرغم من أنه تم وصف أكثر من 14000 نوع بناءً على المعايير الهيكلية وفوق البنية التحتية (Hall et al. 2010) ، فإن تحديدها الصرفي غالبًا ما يكون محدودًا.
تم اقتراح العديد من الباركودات للكلوروفيتات لتحديد الهوية على أساس الحمض النووي من أجل تجاوز إشكاليات المورفولوجية.  على الرغم من أن جين ترميز السيتوكروم أوكسيديز I (COI ، COX) (رابط) هو رمز شريطي قياسي للحيوانات ، فقد ثبت أنه غير مرضٍ للكلوروفيت لأن الجين يحتوي على عدة إنترونات في هذه المجموعة من الطحالب (Turmel وآخرون 2002).  تم استخدام جينات العلامة النووية للكلوروفيت وهي SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA ITS (Leliaert et al. 2014).

الطحالب الكبيرة[عدل]

عشب بحري يمكن أن يكون من الصعب تحديده بسبب شكله البسيط ، اللدونة المظهرية ومراحل دورة الحياة البديلة.  وهكذا ، أصبحت منهجية الطحالب وتحديد الهوية تعتمد بشكل كبير على الأدوات الجينية / الجزيئية مثل DNA DNA barcoding.[36]إغلاق </ref> مفقود لوسم <ref> ومع ذلك ، فإن SSU rDNA هي منطقة محفوظة بشكل كبير وتفتقر عادةً إلى الدقة في تحديد الأنواع.
على مدار العقدين الماضيين ، تم تطوير معايير معينة لترميز الحمض النووي بهدف تحديد الأنواع لكل مجموعة رئيسية من الطحالب الكبيرة.[36][37][38][39][40] يتم استخدام الجين cytochrome c oxidase subunit I (COI) كرمز شريطي للطحالب الحمراء والبنية ، بينما tufA (عامل استطالة البلاستيد) ، rbcL (  الوحدة الفرعية الكبيرة لروبيسكو) و ITS (فاصل داخلي للنسخ) تُستخدم بشكل شائع في الطحالب الخضراء.[40] هذه  عادة ما تكون الباركود بطول 600-700 نقطة أساس.
عادةً ما تختلف الباركود بين المجموعات الرئيسية الثلاثة من الطحالب الكبيرة (الأحمر والأخضر والبني) لأن تراثها التطوري متنوع جدًا.[41] الطحالب الكبيرة هي مجموعة تعدد الأشكال ، مما يعني أنها لا تشترك في المجموعة في سلف مشترك حديث ، مما يجعل من الصعب العثور على جين محفوظ بين  جميعها متغيرة بما يكفي لتحديد الأنواع.

المناطق المستهدفة[عدل]

مجموعة تصنيفية
جين ماركر - نووي الميتوكوندريا كلوروبلاستيد - كلوروفيت SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA ITS tuf rbcL - رودوفيت Phycoerythrin ، عامل استطالة ، LSU rDNA 'cox1،' cox2-3 spacer rbcL، فاصل Rubisco - فايتوفيت RDNA ITS "كوكس" 1 ، "كوكس" 3 psb rbcL، Rubisco spacer -
الكريسوفيت والسينوروفيت
SSU rDNA و rDNA ITS كوكس1 psa rbcL - الخلايا الخفية SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA ITS كوكس1 فاصل روبيسكو -
الفطريات العصوية
SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA ITS كوكس1 rbcL - Dinophytes LSU rDNA ، rDNA ITS cox cob PsbA ncr ، 23S rDNA - نباتات الهابتوب SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA و rDNA ITS cox1b - atp4 tufA - Raphidophytes SSU rDNA و LSU rDNA و rDNA و rDNA ITS كوكس1 psaA، rbcL - Xanthophytes RDNA ITS Rbc psbA - rbcL spacer - كلورالاتشنيوفيتس
النووية النووية الحمض النووي الريبي ، الحمض النووي الريبي الحمض النووي النووي
- فطريات Euglenophytes SSU rDNA ، LSU rDNA SSU rDNA ، LSU rDNA
مقتبس من

انظر أيضًا[عدل]

يمكن العثور على معلومات تفصيلية حول تشفير الحمض النووي للكائنات الحية المختلفة هنا:
تشفير الحمض النووي الميكروبي
DNA الباركود
تشفير الحمض النووي للأسماك
ترميز الحمض النووي في تقييم النظام الغذائي

المصادر[عدل]

  1. ^ Lobo, Eduardo A.; Heinrich, Carla Giselda; Schuch, Marilia; Wetzel, Carlos Eduardo; Ector, Luc (2016), Necchi JR, Orlando (المحرر), "Diatoms as Bioindicators in Rivers", River Algae (باللغة الإنجليزية), Springer International Publishing, صفحات 245–271, doi:10.1007 / 978-3-319-31984 -1_11 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة), ISBN 9783319319834 الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); الوسيط |separator= تم تجاهله (مساعدة)CS1 maint: ref=harv (link)
  2. ^ {ref> {الاقتباس | الأخير = ستيفنسون | الأول = R. Jan | title = تقييم الظروف البيئية في الأنهار والجداول ذات الدياتومات | date = 2010 | work = The Diatoms | pages = 57–85 | editor-last = Smol | editor-first = John P. | edition = 2 | publisher = Cambridge مطبعة الجامعة | doi = 10.1017 / cbo9780511763175.005 | isbn = 9780511763175 | last2 = Pan | first2 = Yangdong | last3 = van Dam | first3 = Herman | editor2-last = Stoermer | editor2-first = Eugene F.}}
  3. ^ Taberlet, Pierre; Bonin, Aurélie; Zinger, Lucie; Coissac, Eric (2018-03-22). Environmental DNA (باللغة الإنجليزية). 1. مطبعة جامعة أكسفورد. doi:10.1093 / oso / 9780198767220.001.0001 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISBN 9780198767220. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  4. ^ Zimmermann, Jonas; Glöckner, Gernot; Jahn, Regine; Enke, Neela; Gemeinholzer, Birgit (2015). "Metabarcoding vs.phidical Identification لتقييم تنوع المشطورة في الدراسات البيئية". Molecular Ecology Resources (باللغة الإنجليزية). 15: 526–542. doi:10.1111 / 175 5-0998.12336 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 25270047. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  5. أ ب ت ث Kermarrec, Lenaïg; Franc, Alain; Rimet, Frédéric; Chaumeil, Philippe; Frigerio, Jean-Marc; Humbert, Jean-François; Bouchez, Agnès (2014). "نهج تسلسل الجيل التالي إلى المراقبة الحيوية للنهر باستخدام الدياتومات القاعية". Freshwater Science (باللغة الإنجليزية). 33: 349–363. doi:10.1086 / 675079 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 2161-9549. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  6. أ ب Hamsher, Sarah E.; Evans, Katharine M.; Mann, David G.; Poulíčková, Aloisie; Saunders, Gary W. (2011). "Barcoding Diatoms: استكشاف بدائل لـ COI-5P". Protis t (باللغة الإنجليزية). 162: 405–422. doi:10.1016 / j.protis.2010.09.005 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 21239228. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  7. أ ب ت ث ج Zimmermann, Jonas; Jahn, Regine; Gemeinholzer, Birgit (2011). "Barcoding diatoms: assessment من المنطقة الفرعية V4 الفرعية على الجين 18S rRNA ، بما في ذلك البادئات والبروتوكولات الجديدة". الكائنات الحية التنوع والتطور (باللغة الإنجليزية). 11: 173–192. doi:10.1007 / s13127-011-0050 -6 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1439-6092. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  8. ^ Apothéloz-Perret-Gentil, Laure; Cordonier, Arielle; Straub, François; Iseli, Jennifer; Esling, Philippe; Pawlowski, Jan (2017). "مؤشر الدياتوم الجزيئي الخالي من التصنيف لـ hig h-throughput eDNA biomonitoring". Molecular Ecology Resources (باللغة الإنجليزية). 17: 1231–1242. doi:10.1111 / 1755-0998.12668 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 28296259. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  9. ^ Pawlowski, J.; Lejzerowicz, F.; Apotheloz-Perret-Gentil, L.; Visco, J.; Esling, P. (2016). "التحويل البروتيني البروتوني والرصد البيولوجي البيئي: Time for change". European Journal of Protistology (باللغة الإنجليزية). 55: 12–25. doi:10.1016 / j.ejop.2016.02 .003 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  10. ^ Almeida, Salomé FP; Elias, Carmen; Ferreira, João; Tornés, Elisabet; Puccinelli, Camilla; Delmas, François; Dörflinger, Gerald; Urbanič, Gorazd; Marcheggiani, Stefania (2014). "تقييم جودة المياه لـ الأنهار التي تستخدم مقاييس المشطورة عبر أوروبا المتوسطية: تمرين معايرة الطرق". Science of the Total Environment (باللغة الإنجليزية). 476-477: 768–776. doi:10.1016 / j.scitotenv.2013.11.144 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  11. ^ Lavoie, Isabelle; Campeau, Stéphane; Darchambeau, François; Cabana, Gilbert; Dillon, Peter J. (2008). [http: //orbi.ulg.ac.be/handle/2268/62412 "هل الدياتومات تكامل جيد للتغير الزمني في جودة المياه المتدفقة؟"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة). Freshwater Biology (باللغة الإنجليزية). 53: 827–841. doi:10.1111 / j.1365-2427.2007.01935.x تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 0046-5070. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  12. ^ Martin, Gonzalo; Reyes Fernandez, Maria de los (2012-05-16), Voudouris, Kostas (المحرر), "Diatoms as Indicators of جودة المياه والحالة البيئية: أخذ العينات والتحليل وبعض الملاحظات البيئية", جودة المياه البيئية - معالجة المياه وإعادة استخدامها (باللغة الإنجليزية), InTech, doi:10.5772 / 33831 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة), ISBN 9789535105084 الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); الوسيط |separator= تم تجاهله (مساعدة)CS1 maint: ref=harv (link)
  13. ^ Rimet, Frédéric; Bouchez, Agnès (2012). "المراقبة الحيوية للنهر الدياتومات: آثار القرار التصنيفي". Ecological Indicators (باللغة الإنجليزية). 15: 92–99. doi:10.1016 /j.ecolind.2011.09.014 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  14. ^ Vasselon, Valentin; Domaizon, Isabelle; Rimet, Frédéric; Kahlert, Maria; Bouchez, Agnès (2017). [https: //pub.epsilon.slu .se / 14206/1 / vasselon_v_et_al_170328.pdf "تطبيق الترميز عالي التسلسل (HTS) على المراقبة الحيوية المشطورة: هل استخراج الحمض النووي هل الأساليب مهمة؟"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة) (PDF). Freshwater Science (باللغة الإنجليزية). 36: 162–177. doi:10.1086 / 690649 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 2161-9549. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  15. ^ Stoeck, Thorsten; Behnke, Anke; Christen, Richard; Amaral-Zettler, Linda; Rodriguez- Mora, Maria J; Chistoserdov, Andrei; Orsi, William; Edgcomb, Virginia P (2009). "تسلسل العلامات الموازية بشكل كبير يكشف عن تعقيد مجتمعات البروتستان البحرية اللاهوائية". BMC Biology (باللغة الإنجليزية). 7: 72. doi:10.1186 / 1741-7007-7-72 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1741-7007. PMC 2777867. PMID 19886985. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  16. أ ب ت ث ج Pawlowski, Jan; Kelly-Quinn, Mary; Altermatt, Florian; Apothéloz -Perret-Gentil, Laure; Beja, Pedro; Boggero, Angela; Borja, Angel; Bouchez, Agnès; Cordier, Tristan (2018). [http: //repositori.irta.cat/bitstream/20.500.12327/138/1/Pawlowski_Future_2018.pdf "مستقبل المؤشرات الحيوية في العصر الإيكولوجي: دمج (e) استقلاب الحمض النووي في التقييم البيولوجي للأنظمة البيئية المائية"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة) (PDF). Science of the Total Environment (باللغة الإنجليزية): 1295–1310. doi:10.1016 / j.scitotenv.2018.05.002 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 29801222. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  17. ^ Visco, Joana Amorim; Apothéloz-Perret-Gentil, Laure; Cordonier, Arielle; Esling, Philippe; Pillet, Loïc; Pawlowski, يناير (2015-07-07). "المراقبة البيئية: استنتاج مؤشر المشطورة من بيانات تسلسل الجيل التالي". Environmental Science & Technology (باللغة الإنجليزية). 49 (13): 7597–7605. doi:10.1021 / es506158m تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 0013-936X. PMID 26052741. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  18. ^ Shaw, Jennifer LA; Weyrich, Laura; Cooper, Alan (2017). "استخدام تسلسل الحمض النووي البيئي (e) لمسوحات التنوع البيولوجي المائي: دليل المبتدئين". Marine and Freshwater Research (باللغة الإنجليزية). 68: 20. doi:10.1071 / MF15361 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1323-1650. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  19. ^ Vasselon, Valentin; Bouchez, Agnès; Rimet, Frédéric; Jacquet, Stéphan; Trobajo, Rosa; Corniquel, Méline; Tapolczai, Kálmán; Domaizon, Isabelle (2018). Mahon, Andrew (المحرر). "تجنب التحيز الكمي في metabarcoding: تطبيق عامل تصحيح الكتلة الحيوية للخلية في المراقبة الحيوية الجزيئية المشطورة" (باللغة الإنجليزية): 1060–1069. hdl:20.500.12327 / 161 تأكد من صحة قيمة |hdl= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); Cite journal requires |journal= (مساعدة)
  20. ^ Evans, Katharine M.; Wortley, Alexandra H.; Mann, David G. (2007). "تقييم جينات "الباركود" المشعة المحتملة (cox1، rbcL، 18S و ITS rDNA) وفاعليتهما في تحديد العلاقات في Sellaphora (Bacillariophyta)". Protist (باللغة الإنجليزية). 158: 349–364. doi:10.1016 / j.protis.2007.04.001 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 17581782. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  21. أ ب Moniz, Mónica BJ; Kaczmarska, Irena (2010). "تشفير الدياتومات: مراجعة ITS المشفرة النووية". Protist (باللغة الإنجليزية). 161: 7–34. doi:10.1016 / j.pr otis.2009.07.001 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 19674931. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  22. ^ Scicluna, Stephanie M.; Tawari, Blessing; Clark, C. Graham (2006). "DNA Barcoding of Blastocystis". Protist (باللغة الإنجليزية). 157: 77–85. doi:10.1016 / j.protis.2005.12.001 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 16431158. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  23. ^ Utz, Laura RP; Eizirik, Eduardo (2007). "Phylogenetics of Subclass Peritrichia (Ciliophora: Oligohymenophorea) بناءً على التوسيع تحليلات تسلسل 18S rRNA". مجلة علم الأحياء الدقيقة حقيقية النواة (باللغة الإنجليزية): 303–305. doi:10.1111 / j.1550-7408.2007.00260.x تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1066-5234. PMID 17552986. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  24. ^ Jahn, R. (2007-12-11). [http: //www.bgbm.org/bgbmpress/otherpubl/cediatom/contents.htm "Diatoms and DNA barcoding: a pilot دراسة عن عينة بيئية"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة). وقائع الاجتماع الأول لوسط أوروبا دياتوم 2007. حديقة نباتية ومتحف نباتي برلين-داهلم: 63–68. doi:10.3372 / cediatom.113 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISBN 9783921800638. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  25. ^ Nickrent, Daniel L.; Sargent, Malcolm L. (1991). "نظرة عامة على البنية الثانوية لمنطقة V4 من حقيقيات النوى الصغيرة الريبوسية الصغرى RNA". Nucleic Acids Research (باللغة الإنجليزية). 19. doi:10.1093 / nar / 19.2.227 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 0305-1048. PMC 333584. PMID 2014163. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  26. ^ Wilde, Erik (1999), Wilde's WWW, Springer Berlin Heidelberg, صفحات 53–135, doi:10.1007 / 978-3-642-95855-7_4 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة), ISBN 9783642958571 الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); الوسيط |separator= تم تجاهله (مساعدة)CS1 maint: ref=harv (link)
  27. ^ [http: //data.europa.eu/eli/dir/2000/60/oj/eng Directive 2000/60 / EC للبرلمان الأوروبي ومجلس 23 أكتوبر 2000 وضع إطار عمل المجتمع في مجال السياسة المائية] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة) (باللغة الإنجليزية), OJ L, 2000-12-22, اطلع عليه بتاريخ 28 مارس 2019 الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); الوسيط |separator= تم تجاهله (مساعدة)CS1 maint: ref=harv (link)
  28. ^ Rimet, Frédéric (2012-03-01). "المشاهدات الأخيرة حول تلوث الأنهار والدياتومات". Hydrobiologia (باللغة الإنجليزية). 683 (1): 1–24. doi:10.1007 / s10750-011-0949-0 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1573-5117. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  29. ^ Kermarrec, L.; Franc, A.; Rimet, F.; Chaumeil, P.; Humbert, J. F.; Bouchez, A. (2013). "تسلسل الجيل التالي لجرد التنوع التصنيفي في المجتمعات حقيقية النواة: اختبار لذوات المياه العذبة". Molecular Ecology Resources (باللغة الإنجليزية). 13: 607–619. doi:10.1111 / 1755-0998.12105 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 23590277. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  30. ^ [https: //assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/684493/A_DNA_based_metabarcoding_approach_to_assess_divers_to_assess_inivers_to_assess_inivers_to_assess_inivers -_report.pdf "Kelly et al"] تحقق من قيمة |url= (مساعدة) (PDF). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  31. ^ Vasselon, Valentin; Domaizon, Isabelle; Rimet, Frédéric; Kahlert, Maria; Bouchez, Agnès (2017). [https: //pub.epsilon.slu.se/14206/1/vasselon_v_et_al_170328.pdf "تطبيق كود التعريف للتسلسل عالي الإنتاجية (HTS) على المراقبة الحيوية المشطورة: هل طرق استخراج الحمض النووي مهمة؟"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة) (PDF). علوم المياه العذبة (باللغة الإنجليزية) (1): 162–177. doi:10.1086 / 690649 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 2161-9549. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  32. ^ Vasselon, Valentin; Rimet, Frédéric; Tapolczai, Kálmán; Bouchez, Agnès (2017). "تقييم الحالة البيئية باستخدام كودات الحمض النووي الدياتومات: التوسع في شبكة رصد WFD (جزيرة مايوت ، فرنسا)". Ecological Indicators (باللغة الإنجليزية). 82: 1–12. doi:10.1016 / j.ecolind. طبقت 2017.06.024 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  33. أ ب Rimet, Frédéric; Vasselon, Valentin; A.-Keszte, Barbara; Bouchez, Agnès (2018). "هل نقوم بالمثل بتقييم التنوع مع الفحص المجهري والتسلسل عالي الإنتاجية؟ حالة الطحالب الدقيقة في البحيرات". Organisms Diversity & Evolution (باللغة الإنجليزية). 18 (1): 51–62. doi:10.1007 / s13127-018-0359-5 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 1439-6092. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  34. ^ Hering, Daniel; Borja, Angel; Jones, J.Iwan; Pont, Didier; Boets, Pieter; Bouchez, Agnes; Bruce, Kat; Drakare, Stina; Hänfling, Bernd (2018). [http: //qmro.qmul.ac.uk/xmlui/handle/123456789/36293 "خيارات التنفيذ للتحديد المستند إلى الحمض النووي في تقييم الحالة البيئية بموجب التوجيه الإطاري الأوروبي للمياه"] تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة) (باللغة الإنجليزية). 138: 192–205. doi:10.1016 / j.watres.2018.03.003 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 29602086. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); Cite journal requires |journal= (مساعدة)
  35. ^ Seo, Yasuhisa; Ichida, Daisuke; Sato, Shingo; Kuroki, Kohji; Kishida, Tetsuko (2014). "طريقة محسنة لاختبار الدياتوم باستخدام DNA Binding Ability of Silica". Journal of Forensic Sciences (باللغة الإنجليزية): 779–784. doi:10.1111 / 1556-4029.12390 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). PMID 24502836. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  36. أ ب Saunders, Gary W (2005-10-29). "تطبيق الرمز الشريطي DNA على الطحالب الكبيرة الحمراء: التقييم الأولي يبشر بالخير للتطبيقات المستقبلية". المعاملات الفلسفية للمجتمع الملكي B: العلوم البيولوجية (باللغة الإنجليزية). 360 (1462): 1879–1888. doi:10.1098 / rstb.2005.1719 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 0962-8436. PMC 1609223. PMID 16214745. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  37. ^ McDevit, Daniel C.; Saunders, Gary W. (2009). "حول فائدة تشفير الحمض النووي لتمييز الأنواع بين الطحالب الكبيرة البنية (Phaeophyceae) بما في ذلك بروتوكول استخراج جديد". Phycological Research (باللغة الإنجليزية). 57 (2): 131–141. doi:10.1111 / j.1440-1835.2009.00530.x تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  38. ^ Saunders & Kucera (2010). "تقييم rbcL و tufA و UPA و LSU و ITS كعلامات للباركود DNA للطحالب الخضراء البحرية". Cryptogamie Algologie. 31. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  39. ^ Valero, Myriam; Küpper, Frithjof C.; Tsiamis, Konstantinos; Couceiro, Lucía; Peters, Akira F. (2015). "الرمز الشريطي للمراحل المشفرة لما الطحلب البني المعزول من طبقة تحتية محتضنة يكشف عن تنوع كبير في Acinetosporaceae". ISSN 0181-1568. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); Cite journal requires |journal= (مساعدة)
  40. أ ب Saunders, Gary W.; McDevit, Daniel C. (2012), Kress, W. John; Erickson, David L. (المحررون), "طرق لـ DNA Barcoding Photosynthetic Protists التي تؤكد على الطحالب الكبيرة و Diatoms", DNA Barcodes, Humana Press, 858, صفحات 207–222, doi:10.1007 / 978-1-61779-591-6_10 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة), ISBN 9781617795909, PMID 22684958 الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة); الوسيط |separator= تم تجاهله (مساعدة)CS1 maint: ref=harv (link)
  41. ^ Baldauf, S. L. (2003-06-13). "جذور حقيقيات النوى". Science (باللغة الإنجليزية). 300: 1703–1706. doi:10.1126 / science.1085544 تأكد من صحة قيمة|doi= (مساعدة). ISSN 0036-8075. PMID 12805537. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
الفئة: طرق المصادقة
الفئة: المعلوماتية الحيوية
الفئة: القياسات الحيوية
الفئة: علم الوراثة الجزيئي