مستخدم:Eng kmar
سترينغ[عدل]
في البيولوجيا الجزيئية، سترينغ[1] (أداة البحث لاسترجاع الجينات / البروتينات المتفاعلة) هي قاعدة بيانات بيولوجية ومورد على شبكة الإنترنت من التفاعلات البروتينية المعروفة والمتوقعة. تحتوي قاعدة بيانات سترينغ على معلومات من مصادر متعددة، بما في ذلك البيانات التجريبية وطرق التنبؤ الحسابي ومجموعات النصوص العامة. ويمكن الوصول إليها بحرية ويتم تحديثها بانتظام. كما يخدم المورد لتسليط الضوء على التخصيب الوظيفي في القوائم المقدمة من قبل المستخدم من البروتينات، وذلك باستخدام عدد من أنظمة التصنيف الوظيفي مثل غو، بفام و كيغ. أحدث إصدار 10.0 يحتوي على معلومات حول حوالي 9.6 مليون البروتينات من أكثر من 2000 الكائنات الحية. وقد تم تطوير سترينغ من قبل مجموعة من المؤسسات الأكاديمية بما في ذلك سير، إمبل، كو، سيب، تود و أوز.
الاستخدام[عدل]
شبكات التفاعل البروتين البروتين هي عنصر مهم لفهم مستوى النظام من العمليات الخلوية. ويمكن استخدام هذه الشبكات لتصفية وتقييم بيانات الجينوم الوظيفية وتوفير منصة بديهية للتعليق على الخصائص الهيكلية والوظيفية والتطورية للبروتينات. استكشاف شبكات التفاعل المتوقعة يمكن أن تشير إلى اتجاهات جديدة للبحوث التجريبية في المستقبل وتوفير التنبؤات عبر الأنواع لتخطيط التفاعل الفعال
ميزات[عدل]
يتم ترجيح البيانات ومتكاملة ويتم احتساب درجة الثقة لجميع التفاعلات البروتين. ويمكن فحص نتائج التنبؤات الحسابية المختلفة من مختلف الآراء المعينة. هناك وضعين من سترينغ: وضع البروتين ووضع كوغ. وتنتشر التفاعلات المتوقعة إلى البروتينات في الكائنات الحية الأخرى التي تم وصف التفاعل عن طريق الاستدلال على علم العظام. واجهة ويب متاحة للوصول إلى البيانات وإعطاء لمحة سريعة عن البروتينات وتفاعلاتها. يتوفر المكون الإضافي ل سيتوسكيب لاستخدام بيانات سترينغ. إمكانية أخرى للوصول إلى البيانات سترينغ هي استخدام واجهة برمجة التطبيقات (أبي) من خلال إنشاء عنوان ورل يحتوي على الطلب.
مصادر البيانات[عدل]
مثل العديد من قاعدة البيانات الأخرى التي تخزن المعرفة جمعية البروتين سترينغ يستورد البيانات من تفاعلات البروتين البروتين المستمدة تجريبيا من خلال كرأيشن الأدب. وعلاوة على ذلك، يقوم سترينغ أيضا بتخزين التفاعلات المتوقعة حسابيا من: (1) استخراج النصوص من النصوص العلمية، (2) التفاعلات المحسوبة من السمات الجينية، و (3) التفاعلات المنقولة من الكائنات النموذجية القائمة على علم العظام. تم قياس كل التفاعلات المتوقعة أو المستوردة مقابل مرجع مشترك للشراكة الوظيفية كما هو مشروح من قبل كيغ (موسوعة كيوتو للجينات والجينوم)
البيانات المستوردة[عدل]
تستورد سترينغ معرفة ارتباطات البروتين من قواعد البيانات للتفاعل المادي وقواعد البيانات للمعرفة المسارات البيولوجية المنسقة (مينت و هرد و بيند و ديب و بيوغريد و كيغ و رياكتوم و إنتاكت و إكواك و نسي-ناتشر إنتيراكتيون داتاباس و غو). يتم توفير وصلات إلى البيانات الصادرة من المستودعات التجريبية المعنية وموارد قاعدة البيانات.
استخراج النصوص[عدل]
يتم تحليل مجموعة كبيرة من النصوص العلمية (سغد، أوميم، فليباس، بوبمد) للبحث عن حالات مشتركة ذات صلة إحصائيا من أسماء الجينات.
البيانات المتوقعة[عدل]
- الجوار: السياق الجيني مماثلة في أنواع مختلفة تشير إلى وظيفة مماثلة من البروتينات.
- لانصهار الانشطار الأحداث: البروتينات التي تنصهر في بعض الجينومات من المرجح جدا أن تكون مرتبطة وظيفيا (كما هو الحال في الجينومات الأخرى حيث لم يتم تنصهر الجينات).
- حدوث: يجب أن تعبر عن البروتينات التي لها وظيفة مماثلة أو حدوث في نفس المسار الأيضي معا، ولها ملف تطور النشوء مماثلة.
- كوكسبريسيون: الارتباط المتوقع بين الجينات استنادا إلى أنماط الملاحظة من التعبير المتزامن للجينات.
المراجع[عدل]
محدد غير صحيح في وسم <references>