انتقل إلى المحتوى

ORF3a: الفرق بين النسختين

عدل الوصلات
هذه المقالة يتيمة. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها
من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة
تصفح التاريخ تفاعلياً
[نسخة منشورة][نسخة منشورة]
→ التعديل السابقالتعديل اللاحق ←
تم حذف المحتوى تمت إضافة المحتوى
مرئينص الويكي
سطر 36: سطر 36:


== التعبير والتموقع ==
== التعبير والتموقع ==
{{Infobox genome
| image = File:SARS-CoV-2 genome.svg
| caption = الترتيب [[علم الجينوم|الجينومي]] لمستخلصة Wuhan-Hu-1، وهي أول عينة من سارس-كوف-2 حُدد تسلسلها، توضح موقع ORF3a في الجينوم.
| taxId = 86693
| size = 29,903 bases
| year = 2020
| ucsc_assembly = wuhCor1
}}
يتواجد جين ORF3a مع جينات بروتينات ملحقة أخرى بجوار الجينات المشفرة للبروتينات البنيوية في [[النهاية 3']] الخاصة بالرنا الجينومي لفيروس كورونا. يقع ORF3a بين جيني [[البروتين الشوكي لفيروس كورونا|الشوكة]] (S) و[[البروتين الغلافي لفيروس كورونا|الغلاف]] (E)،<ref name=mcbride_2012 /> ويُعبر عنه من ثاني أكبر {{وإو|لغ=en|تر=Subgenomic mRNA|عر=رنا رسول جينومي فرعي|نص=رنا جينومي فرعي}}.<ref name=liu_2014 /> في سارس-كوف يتنوع تموقعه الخلوي، ويمكن العثور عليه في ال[[سيتوبلازم]] وفي [[الغشاء الخلوي]] وفي [[جهاز غولجي]].<ref name=mcbride_2012 /><ref name=liu_2014 /> يحتوي تسلسله على [[توجيه البروتين|إشارة توجيه]] توجهه إلى الغشاء البلازمي.<ref name=mcbride_2012 /> وفي فيروس NL63 يتم توجيهه إلى {{وإو|لغ=en|تر=Vesicular-tubular cluster|عر=عنقود حويصلي أنبوبي|نص=العنقود الحويصلي الأنبوبي}} (ERGIC).<ref name="muller_2010">{{cite journal |last1=Müller |first1=Marcel A |last2=van der Hoek |first2=Lia |last3=Voss |first3=Daniel |last4=Bader |first4=Oliver |last5=Lehmann |first5=Dörte |last6=Schulz |first6=Axel R |last7=Kallies |first7=Stephan |last8=Suliman |first8=Tasnim |last9=Fielding |first9=Burtram C |last10=Drosten |first10=Christian |last11=Niedrig |first11=Matthias |title=Human Coronavirus NL63 Open Reading Frame 3 encodes a virion-incorporated N-glycosylated membrane protein |journal=Virology Journal |date=December 2010 |volume=7 |issue=1 |pages=6 |doi=10.1186/1743-422X-7-6|pmid=20078868 |pmc=2819038 }}</ref>

== الوظيفة ==
== الوظيفة ==


نسخة 13:27، 19 ديسمبر 2021

Betacoronavirus viroporin
بنية البروتين المثنوي [الإنجليزية] الخاص بـORF3a الخاص بفيروس سارس-كوف-2 المحددة بواسطة المجهرالإلكتروني فائق البرودة. ببب: 6XDC​.[1]
معرف
رمز bCoV_viroporin
قاعدة بيانات عوائل البروتينات PF11289
إنتربرو IPR024407

ORF3a (المعروف سابقا بـX1 أو U274)[2] هو جين يتواجد لدى فيروسات كورونا التي تنتمي إلى الجنيس المسبب للسارس الذي يشمل سارس-كوف[3][2] وسارس-كوف-2.[1][4] ويشفر بروتينا ملحقا طوله حوالي 275 حمض أميني يُعتقد أن له وظيفة فيروبورين.[1] وهو أطول بروتين فيروسي ملحق [2][4] وكان أول البروتينات الملحقة التي تم تحديدها في فيروس سارس-كوف.[3]

علم مقارنة الجينومات

ORF3a محفوظ جيدا في الجنس الفرعي ساربيكوفيروس.[3][2] ويتماثل تسلسل بروتينه بنسبة 73% بين سارس كوف (274 حمض أميني) وسارس-كوف-2 (275 حمض أميني).[1] يتواجد داخل إطار القراءة المفتوح الخاص بـORF3a عدة جينات متداخلة: ORF3a وORF3b و(في سارس-كوف-2 فقط) ORF3c. يمثل التداخل بين ORF3a وORF3c وORF3d مثالا نادرا على أن جميع إطارات القراءة الثلاثة الممكنة لنفس التسلسل تشفر بروتينات وظيفية.[5][6]

رغم أن ORF3a متواجد في الجُنيس ساربيكوفيروس، إلا أنه غائب في جُنيس آخر من فيروسات كورونا بيتا وهو إمبيكوفيروس [الإنجليزية] الذي يشمل فيروسي كورونا البشريين: HKU1 وOC43، ويمكن أن يكون ذو صلة بعيدة مع الـORF5 في جنيس ميربيكوفيروس [الإنجليزية] الذي يشمل فيروس ميرس-كوف. تم تحديد نديد لـORF3a في فيروسات كورونا ألفا التي تشمل فيروسي كورونا البشريين 229E وNL63، ولم يتم تحديد نديد له في فيروسات كورونا غاما وفيروسات كورونا دلتا.[1]

البنية

بروتين ORF3a هو بروتين عبر غشائي يحتوي ثلاث نطاقات عبر غشائية، ويملك نطاق خارجي بالنهاية الأمينية ونطاق داخلي بالنهاية الكربوكسيلية والذي تفصله عن النطاق عبر الغشائي منطقة غنية بالسيستئين.[3][2] يُعتقد أنه يعمل كثنائي أو رباعي قسيمات يتم تجميعه عند الغشاء البلازمي، كما يمكن أن يشكل قليل قسيمات أكبر ذو تأثيرات وظيفية غير معروفة.[3][2][1]

تعديلات ما بعد الترجمة

في تعديلات ما بعد الترجمة، لوحظت غلكزة-O في سارس-كوف،[3][7] ولوحظت غلكزة-N في فيروس NL63.[8]

التعبير والتموقع

معلومات جينوم
الترتيب الجينومي لمستخلصة Wuhan-Hu-1، وهي أول عينة من سارس-كوف-2 حُدد تسلسلها، توضح موقع ORF3a في الجينوم.
معرف الجينوم في NCBI86693
حجم الجينوم29,903 bases
مشروع الجينوم2020

يتواجد جين ORF3a مع جينات بروتينات ملحقة أخرى بجوار الجينات المشفرة للبروتينات البنيوية في النهاية 3' الخاصة بالرنا الجينومي لفيروس كورونا. يقع ORF3a بين جيني الشوكة (S) والغلاف (E)،[3] ويُعبر عنه من ثاني أكبر رنا جينومي فرعي.[2] في سارس-كوف يتنوع تموقعه الخلوي، ويمكن العثور عليه في السيتوبلازم وفي الغشاء الخلوي وفي جهاز غولجي.[3][2] يحتوي تسلسله على إشارة توجيه توجهه إلى الغشاء البلازمي.[3] وفي فيروس NL63 يتم توجيهه إلى العنقود الحويصلي الأنبوبي [الإنجليزية] (ERGIC).[8]

الوظيفة

مراجع

  1. ^ ا ب ج د ه و Kern، David M.؛ Sorum، Ben؛ Mali، Sonali S.؛ Hoel، Christopher M.؛ Sridharan، Savitha؛ Remis، Jonathan P.؛ Toso، Daniel B.؛ Kotecha، Abhay؛ Bautista، Diana M.؛ Brohawn، Stephen G. (يوليو 2021). "Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a in lipid nanodiscs". Nature Structural & Molecular Biology. ج. 28 ع. 7: 573–582. DOI:10.1038/s41594-021-00619-0. PMID:34158638. S2CID:235609553.
  2. ^ ا ب ج د ه و ز ح Liu، Ding Xiang؛ Fung، To Sing؛ Chong، Kelvin Kian-Long؛ Shukla، Aditi؛ Hilgenfeld، Rolf (سبتمبر 2014). "Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses". Antiviral Research. ج. 109: 97–109. DOI:10.1016/j.antiviral.2014.06.013. PMC:7113789. PMID:24995382.
  3. ^ ا ب ج د ه و ز ح ط McBride، Ruth؛ Fielding، Burtram (7 نوفمبر 2012). "The Role of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)-Coronavirus Accessory Proteins in Virus Pathogenesis". Viruses. ج. 4 ع. 11: 2902–2923. DOI:10.3390/v4112902. PMC:3509677. PMID:23202509.
  4. ^ ا ب Redondo، Natalia؛ Zaldívar-López، Sara؛ Garrido، Juan J.؛ Montoya، Maria (7 يوليو 2021). "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns". Frontiers in Immunology. ج. 12: 708264. DOI:10.3389/fimmu.2021.708264. PMC:8293742. PMID:34305949.
  5. ^ Nelson، Chase W؛ Ardern، Zachary؛ Goldberg، Tony L؛ Meng، Chen؛ Kuo، Chen-Hao؛ Ludwig، Christina؛ Kolokotronis، Sergios-Orestis؛ Wei، Xinzhu (1 أكتوبر 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. ج. 9: e59633. DOI:10.7554/eLife.59633. PMC:7655111. PMID:33001029.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  6. ^ Jungreis، Irwin؛ Nelson، Chase W.؛ Ardern، Zachary؛ Finkel، Yaara؛ Krogan، Nevan J.؛ Sato، Kei؛ Ziebuhr، John؛ Stern-Ginossar، Noam؛ Pavesi، Angelo؛ Firth، Andrew E.؛ Gorbalenya، Alexander E.؛ Kellis، Manolis (يونيو 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. ج. 558: 145–151. DOI:10.1016/j.virol.2021.02.013. PMC:7967279. PMID:33774510.
  7. ^ Oostra، M.؛ de Haan، C. A. M.؛ de Groot، R. J.؛ Rottier، P. J. M. (مارس 2006). "Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M". Journal of Virology. ج. 80 ع. 5: 2326–2336. DOI:10.1128/JVI.80.5.2326-2336.2006. PMC:1395384. PMID:16474139.
  8. ^ ا ب Müller، Marcel A؛ van der Hoek، Lia؛ Voss، Daniel؛ Bader، Oliver؛ Lehmann، Dörte؛ Schulz، Axel R؛ Kallies، Stephan؛ Suliman، Tasnim؛ Fielding، Burtram C؛ Drosten، Christian؛ Niedrig، Matthias (ديسمبر 2010). "Human Coronavirus NL63 Open Reading Frame 3 encodes a virion-incorporated N-glycosylated membrane protein". Virology Journal. ج. 7 ع. 1: 6. DOI:10.1186/1743-422X-7-6. PMC:2819038. PMID:20078868.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
أيقونة بذرة

هذه بذرة مقالة بحاجة للتوسيع. فضلًا شارك في تحريرها.

مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=ORF3a&oldid=56215144»