قاعدة بيانات السرطان الكونية
 | هذه مقالة غير مراجعة. (ديسمبر 2023) |
| قاعدة بيانات السرطان الكونية | |
|---|---|
 |
|
تعديل مصدري - تعديل  |
قاعدة بيانات السرطان الكونية (بالإنجليزية: COSMIC) هو موقع بيانات على الإنترنت للطفرات المكتسبة جسديًا الموجودة في السرطان البشري.[1] الطفرات الجسدية هي التي تحدث في الخلايا غير الجرثومية التي لا يرثها الأطفال، من الآباء (COSMIC)، وهو اختصار لعبارة (كتالوج الطفرات الجسدية في السرطان)، تختص تلك الخصية بجمع البيانات من الأوراق البحثية في الأدبيات العلمية والشاشات التجريبية واسعة النطاق من مشروع جينوم السرطان في معهد سانجر البحثي . [2] [3] [4] قاعدة البيانات متاحة بشكل مجاني للباحثين الأكاديميين ومرخصة تجاريًا للآخرين. [5]
التاريخ
[عدل]تم تصميم قاعدة بيانات (COSMIC) (كتالوج الطفرات الجسدية في السرطان) لجمع وعرض المعلومات عن الطفرات الجسدية المسئولة في السرطان. تم إطلاقه في عام 2004، ببيانات من أربعة جينات فقط، وهي HRAS ، و KRAS2 ، و NRAS ، و BRAF . [6] ومن المعروف أن هذه الجينات الأربعة تتحور جسديًا في السرطان. منذ إنشائها، توسعت بسرعة. بحلول عام 2005، كان COSMIC يحتوي على 529 جينًا تم فحصها من 115327 ورمًا، ووصفت 20981 طفرة. [7] في أغسطس 2009، احتوى على معلومات أكثر من 1.5 مليون تجربة تم إجراؤها، وتشمل 13423 جينًا في ما يقرب من 370000 ورم ووصفت أكثر من 90000 طفرة. [8] يتضمن التجربة الثامنة والأربعين من (COSMIC)، الذي تم إصداره في يوليو 2010، بيانات الطفرة من p53 بالتعاون مع الوكالة الدولية لأبحاث السرطان . [9] بالإضافة إلى ذلك، فقد قدم إحداثيات جينية محدثة لأحدث تركيبات الجينوم البشري المرجعي . تتضمن تجربة البيانات من أكثر من 2.76 مليون تجربة على أكثر من نصف مليون ورم. [9] يبلغ عدد الطفرات الناجحة في هذه التجربة 141,212 طفرة. [9]
يركز الموقع الباحثي على تقديم بيانات الطفرة المعقدة الخاصة بالنمط الظاهري بطريقة رسومية. آلية العمل يحصل الباحث علي الجينات من البيانات الجنية المختارة، في البداية في تعداد جينات السرطان، بالإضافة إلى البحث في الأدبيات من PubMed .
مصادر
[عدل]- ^ Forbes SA، Bindal N، Bamford S، Cole C، Kok CY، Beare D، وآخرون (يناير 2011). "COSMIC: mining complete cancer genomes in the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer". Nucleic Acids Research. ج. 39 ع. Database issue: D945–D950. DOI:10.1093/nar/gkq929. PMC:3013785. PMID:20952405.Forbes SA, Bindal N, Bamford S, Cole C, Kok CY, Beare D, et al. (January 2011). "COSMIC: mining complete cancer genomes in the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D945–D950. doi:10.1093/nar/gkq929. PMC 3013785. PMID 20952405.
- ^ "The COSMIC homepage". مؤرشف من الأصل في 2023-12-08. اطلع عليه بتاريخ 2012-06-11.
- ^ Forbes SA، Bhamra G، Bamford S، Dawson E، Kok C، Clements J، Menzies A، Teague JW، Futreal PA، Stratton MR (2008). The Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC). ج. Chapter 10. ص. Unit 10.11. DOI:10.1002/0471142905.hg1011s57. ISBN:978-0471142904. PMC:2705836. PMID:18428421.
{{استشهاد بكتاب}}:|صحيفة=تُجوهل (مساعدة) - ^ Forbes S، Clements J، Dawson E، Bamford S، Webb T، Dogan A، وآخرون (يناير 2006). "COSMIC 2005". British Journal of Cancer. ج. 94 ع. 2: 318–322. DOI:10.1038/sj.bjc.6602928. PMC:2361125. PMID:16421597.
- ^ "The COSMIC licensing page". مؤرشف من الأصل في 2023-12-08. اطلع عليه بتاريخ 2017-09-06.
- ^ Bamford S، Dawson E، Forbes S، Clements J، Pettett R، Dogan A، وآخرون (يوليو 2004). "The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) database and website". British Journal of Cancer. ج. 91 ع. 2: 355–358. DOI:10.1038/sj.bjc.6601894. PMC:2409828. PMID:15188009.
- ^ Hu H، وآخرون (2008). Biomedical informatics in translational research. Artech House. ISBN:978-1-59693-038-4.Hu H, et al. (2008). Biomedical informatics in translational research. Artech House. ISBN 978-1-59693-038-4.
- ^ Forbes SA، Tang G، Bindal N، Bamford S، Dawson E، Cole C، وآخرون (يناير 2010). "COSMIC (the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer): a resource to investigate acquired mutations in human cancer". Nucleic Acids Research. ج. 38 ع. Database issue: D652–D657. DOI:10.1093/nar/gkp995. PMC:2808858. PMID:19906727.
- ^ ا ب ج "COSMIC v48 Release". Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer. Wellcome Trust Sanger Institute. 27 يوليو 2010. مؤرشف من الأصل في 2020-02-02. اطلع عليه بتاريخ 2010-09-01.
