انتهت الجمهورية الكورية الجنوبية الثانية بشكل عملي عقب الانقلاب العسكري الذي قاده اللواء (لاحقا جنرال) باك تشونغ هي في 16 مايو1961 . ورغم ان بارك كان من أعضاء المجموعة العسكرية التي كانت تدفع باتجاه إلغاء تسييس الجيش. الا ان عدم رضاهم عن تدابير التنظيف التي اتخذتها حكومة الجمهورية الثانية، جعل ضباط الجش يتخذون قرارا بان يستولوا على مقاليد السلطة في البلاد.
و في اعقاب حركتهم وعد القادة العسكريون باعادة الحكومة إلى نظام ديمقراطي في اقرب وقت ممكن. وفي 2 ديسمبر1962، تم إجراء استفتاء على العودة إلى نظام الحكم الرئاسي، وقد نجح الاستفتاء مع غالبية 78% مؤيدة لعودة النظام الرئاسي. ورغم ان بارك وغيره من القادة العسكريين تعهدوا بعدم الترشح في الانتخابات القادمة. الا انه قام بترشيح نفسه في انتخابات عام 1963. والتي فاز فيها بهامش ضئيل
يعتبر المجلس الاعلى أول حكومة كورية جنوبية بدأت بعملية التخطيط الاقتصادي. وقد قامت بوضع الاسس لأول خطة خمسية لكوريا الجنوبية وأدخلتها موضع التنفيذ في عام 1962. وعلى الرغم من أن حكومة الجمهورية الثانية قد أرست الأسس لتخطيط وتنفيذ الخطط الخمسية لادارة الاقتصاد الكوري، الا انها كانت فاشلة ولم تتمكن من وضعها موضع التنفيذ.