تدور احداث الفيلم عام 2034، بعد سنتين من نهاية احداث الموسم الثاني من غوست إن ذا شيل: عقدة مستقلين. توغوسا الآن هو قائد فريق القسم التاسع في الأمن العامة الذي يشهد توسعة في الحجم. يحقق القسم التاسع في سلسلة من الحوادث المعقدة، منها حادثة انتحار كا روم الدكتاتور السابق لجمهورية سياك، الذي يؤدي إلى كشف مؤامرة إرهابية تستخدم الأطفال كناقلات لفيروس سيبراني. وتكشف التحقيقات أن هاكر يدعى «محرك الدمى» يقف خلف كل هذه الحوادث.