تميّزت العلاقات المشتركة بأنها ذات تاريخ مشترك منذ التاريخ القديم حيث كانت الدولتان أرضاً واحدة في فترات كثيرة منذ عصر الدولة الحديثة الفرعونية حتى القرن التاسع عشر مع بدء انهيار وتفكك الدولة العثمانية. آخر مظاهر الوحدة بين البلدين تجلّت في اتحاد الدولتين في دولة واحدة باسم الجمهورية العربية المتحدة عام 1958 برئاسة جمال عبد الناصر؛ وتفككت هذه الوحدة من جانب سوريا عام 1961. حتى تولى الرئيس أنور السادات الحكم في مصر وحافظ الأسد في سوريا بالشراكة مع ليبيا برئاسة معمر القذافي عام 1971 ثم أعلن قيام اتحاد الجمهوريات العربية، وهو اتحاد يحفظ لكل دولة شخصيتها الاعتبارية ونظامها الداخلي، ولكن انهارت هذه الوحدة للاختلاف في بنود الوحدة بجانب اتخاذ مصر طريق مفاوضات السلام مع إسرائيل.