مؤسس كنيسة الإسكندرية هو مرقس كما روى جيروم وأفسابيوس، هناك من يشك في ذلك لأن أكليمنضوس الإسكندري وأوريجينس لا يذكران ذلك. تعتبر كنيسة صغيرة بعد انفصال "اللاخلقدونيين" الرافضين لمجمع خلقدونية في القرن الخامس. كان عدد الخلقدونيين أكثر، مما هو عليه الآن، إذ أن عدد الكنائس الخلقدونية كانت سبعين كنيسة في القرن السابع بعد أن اعتلى يوحنا الرحيم الكرسي البطريركي.
